孙艾明
- 作品数：6 被引量：19H指数：4
- 供职机构：云南省寄生虫病防治所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市“科技创新行动计划”云南省应用基础研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 云南省恶性疟原虫青蒿素耐药性相关基因K13 kelch结构域序列多态性的分析被引量：10
- 2016年
- 目的 分析云南省恶性疟现症病例中恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）K13基因kelch结构域的序列多态性，为掌握云南省恶性疟青蒿素耐药性提供依据。 方法 2013年1月-2015年12月，从云南省16个州（市）收集恶性疟现症病例的滤纸血样和相关信息，通过流行病学调查判定其感染来源，根据中国疾病预防控制信息系统疫情登记确认病例发现地。使用巢式PCR扩增恶性疟原虫K13基因kelch结构域并测序，与恶性疟原虫标准株3D7（PF3D7_1343700）序列进行比对。使用Mega 5.04分析序列多态，计算序列间变异位点、遗传距离等，计算氨基酸突变位点构成比并进行χ^2检验。 结果 2013-2015年共收集恶性疟现症病例血样202例，190例为输入性病例，12例为云南本地感染病例，各年的病例构成比分别为30.7％（62/202）、34.2％（69/202）和35.1％（71/202），呈逐年增多趋势。192例血样K13基因kelch结构域巢式扩增阳性，190例测序成功，66例存在K13基因错义突变，突变率为34.7%（66/190）。各年的突变病例检出构成比分别为40.9%（27/66）、37.9%（25/66）和21.2%（14/66），呈逐年减少趋势。共检出F446I、A578S、N458Y、P574L、A676D、G449A、C469Y、V566I、E556D和S16L等10种突变型，突变率最高的为F446I，占72.7%（48/66）。F446I突变型在18~56岁、农民、感染地为东南亚等病例中的检出比例分别为58.3%（28/48）、70.8%（34/48）和91.7%（44/48），高于同组其他病例的41.7%（20/48）、29.2%（14/48）和8.3%（4/48）（χ2=4.633、5.556、5.152，P＜0.05）。190例K13基因kelch结构域的同源性片段为248 bp，其中保守位点占94.8％（235/248），变异位点占5.2％（13/248），简约信息位点占2.0％（5/248），单态位点占3.2％（8/248）。190例DNA序列间遗传距离为0.000~0.036，平均为（0.001±0.001）。 结论 云南省恶性疟现症病例的K13基因kelch结构域存在10种突�
- 孙艾明董莹陈梦妮徐艳春邓艳毛祥华王剑
- 关键词：恶性疟原虫青蒿素耐药性多态
- 云南省疟疾报告病例恶性疟原虫PfKelch13基因突变与青蒿素耐药性的关联性分析被引量：1
- 2018年
- 对缅甸境内恶性疟病例的Pf Kelch13基因突变与青蒿素耐药的关联性及Pf Kelch13基因在种群间的分化差异进行了分析。结果表明云南省疟疾报告病例Pf Kelch13基因序列中,单倍型共有13种,He为0.0481,错义突变序列占34.7%(66/190),F446I的突变率最高,为25.3%(48/190);缅甸境内病例基因序列中,单倍型共有19种,He为0.0440,错义突变序列占58.8%(114/194),F446I的突变率最高,为43.3%(84/194),云南恶性疟种群Pf Kelch13基因kelch结构域遗传多样性相对较高,两个种群的遗传分化指数Fst=0.0410(P<0.05),群体内、群体间的变异分别占95.90%和4.10%,以缅甸境内病例推算的青蒿素耐药性产生与Pf Kelch13基因kelch结构域446位点突变的OR值为1.640(95%CI:1.284~2.095),与12种位点突变的OR值为1.840(95%CI:1.412~2.398)。研究结果表明,云南省疟疾报告病例与缅甸境内病例的恶性疟原虫分离株种群在Pf Kelch13基因kelch结构域上的分化程度低,以缅甸病例分离株推算出的Pf Kelch13基因突变与青蒿素耐药性产生的遗传关联程度适用于云南报告病例的恶性疟原虫种群。
- 孙艾明孙艾明王剑董莹陈梦妮徐艳春邓艳
- 关键词：关联性分析
- 云南省恶性疟原虫氯喹及青蒿素抗性相关基因的联合突变分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析云南省恶性疟原虫抗氯喹转运蛋白(Plasmodium falciparum chloroquine resistant transporter,Pfcrt)基因和青蒿素抗性相关(K13)基因的联合突变特性。方法收集2012年8月-2015年12月寄生虫病防治信息管理系统登记和报告的云南省恶性疟病例滤纸血样和流行病学史等相关信息,提取疟原虫DNA,巢式PCR扩增恶性疟原虫Pfcrt基因exon2区和K13基因kelch结构域并测序,测序序列与2655199、PF3D7_1343700参比序列进行比对,用MEGA 5.04、Arlequin 3.01软件分析Pfcrt基因exon2区、K13基因kelch结构域的单倍型、单倍型间期望杂合度(He)及其群体间的遗传分化指数(Fst)等,用Network 4.6.0软件制作单倍型中介网络进化图,采用Epi Data 3.1软件建立数据库,SPSS 21.0统计学软件进行数据分析。结果共收集恶性疟病例血样234份,Pfcrt基因exon2区、K13基因kelch结构域巢式PCR扩增产物同时成功测序192份。其中,云南省本地感染病例血样12份,自非洲、缅甸感染的病例血样分别为30和150份。218份血样的Pfcrt基因exon2区DNA序列有7种单倍型,He为0.238 5,错义突变序列占83.0%(181/218),72~76位点呈单重突变(CVMNT)、双重突变(SVMNT)、三重突变(CVIET)的比例分别为1.8%(4/218)、6.4%(14/218)和74.8%(163/218),7种单倍型以氯喹敏感型CVMNK为起始,再按单重、双重及三重突变的路径逐步进化。192份血样的K13基因kelch结构域DNA序列有21种单倍型,He为0.044 9,错义突变序列占35.9%(69/192),在16、446、676等9个位点均只发生单重突变,F446I的突变率最高,为25.0%(48/192),21种单倍型的中介网络图显示"星状"布局。云南省本地恶性疟原虫种群与缅甸种群间的Fst最小,为0.020 3。Pfcrt基因的氯喹敏感型CVMNK血样中,K13基因kelch结构域位点突变的比例为20.6%(7/34),氯喹抗性型CVMNT、CVIET血样中的检出比例分别为1/4和36.4%(51/140)。结论云南省疫情报告病例中恶性疟原虫的氯喹、青蒿素相关抗性基�
- 董莹孙艾明邓艳陈梦妮徐艳春毛祥华
- 关键词：氯喹抗性联合突变
- 云南省输入性及本地感染间日疟原虫裂殖子表面蛋白1基因5区序列的多态性分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析云南省输入性及本地感染间日疟病例的疟原虫裂殖子表面蛋白1(Plasmodium vivax merozoite surface protein-1,Pv MSP-1)基因5区序列及其等位基因的多态性。方法 2012年8月-2015年9月,收集云南省输入性及本地感染间日疟病例的滤纸血样和流行病学史等相关信息。提取疟原虫DNA,PCR扩增Pv MSP-1基因5区并测序,与M75674、AAN86237、M60807、ABJ53045、AAN86238、BAA18977等参比序列进行比对,用Mega 5.04、Arlequin3.5.1软件分析Pv MSP-1基因5区的序列多态性,计算序列间保守位点、遗传距离和多样性指数,并根据氨基酸序列间的遗传距离绘制聚类树状图。结果 2012年8月-2015年9月,共收集间日疟病例血样847份。其中,云南省本地感染61份,非洲、缅甸感染的分别为66和720份。847份血样中278份扩增出Pv MSP-1基因5区片段,206份测序成功。Pv MSP-1基因5区片段编码氨基酸长193~222 aa。氨基酸序列比对分析显示,Sal-1、Belem和Recombine基因型分别占59.2%(122/206)、23.3%(48/206)和17.5%(36/206),缅甸、非洲感染和云南本地感染血样中Sal-1基因型分别占58.8%(104/177)、11/15和7/14。Sal-1、Belem、Recombine基因型分别有51、9和6个亚型。这66个亚型的Shannon-wiener指数(H’)和期望杂合度(He)分别为0.955和0.567。206条DNA序列的同源位点为665 bp、保守位点为11.3%(75/665)、变异位点为88.7%(590/665),不同感染来源地的分离株与不同的氨基酸参比序列的遗传距离均小于0.4。聚类分析显示,206条Pv MSP-1基因5区氨基酸序列按基因型聚类成2个大类,有3个次级分支,其中,Recombine与Belem基因型的相似度为91%~92%,高于与Sal-1基因型的82%~83%。结论云南省输入性及本地感染的间日疟原虫分离株Pv MSP-1基因5区存在多种亚型,在Sal-1、Belem、Recombine等3种基因型中,Sal-1型占优势。
- 董莹孙艾明陈梦妮徐艳春毛祥华邓艳
- 关键词：间日疟原虫裂殖子表面蛋白1多态性
- 云南省卵形疟原虫的实验室诊断研究被引量：4
- 2016年
- 目的通过实验室综合诊断一例卵形疟原虫感染,为云南省鉴别当地罕见疟原虫虫种提供借鉴。方法对一例尼日利亚务工回国疟疾病例采血,制作厚、薄血涂片,经Giemsa染色后在油镜下观察薄血膜疟原虫形态,鉴定虫种。针对P.v、P.f、P.m、P.o 4种疟原虫的18SrRNA基因进行巢式PCR扩增并测序,在GenBank分别与P.f的M19172和P.o的KC866363、HQ697267、KF192072、KF192073、KJ871672、AF145337、KC633223、L48987参比虫株进行Blast比对,应用MEGA5.1软件进行DNA序列同源性比较并绘制系统进化树。结果显微镜下可观察到成熟度各异的卵形疟原虫滋养体和裂殖体,薄血膜中被寄生的红细胞大小正常或稍胀大,变形,边缘呈伞矢状或锯齿状,并有凹凸、拖尾、毛刺等卵形疟特征性形态,经巢式PCR扩增出约800bp的卵形疟特异性基因片段,经Blast比对与GenBank中已知卵形疟部分参比虫株18SrRNA的同源性为89%～91%。结论经镜检、巢式PCR、测序及同源性分析,基本证实该例自尼日利亚务工回国的疟疾病例为卵形疟原虫感染。
- 徐艳春陈梦妮毛祥华邓艳孙艾明董莹
- 关键词：形态学巢式PCR测序同源性分析
- 云南恶性疟病例疟原虫Pfhrp2基因序列多态性分析被引量：1
- 2016年
- 目的：分析云南省恶性疟病例疟原虫虫株的富组氨酸蛋白Ⅱ（Histidine？rich protein？2，HRPⅡ）基因（Pfhrp2）序列的多态性，为研究疟原虫抗原基因缺失奠定基础。方法搜集2012年8月-2015年9月云南省恶性疟现症病例的滤纸血样和相关信息，用PCR技术扩增血样中恶性疟原虫Pfhrp2基因exon2区并测序，测序成功序列与AY816237、AY816240、AY816301参比序列比对；用Mega 5.04分析Pfhrp2基因exon2区序列多态性，计算序列间保守位点、遗传距离等；根据氨基酸序列间遗传距离绘制聚类树状图。结果共收集云南省15个州（市）的恶性疟现症病例血样218份，病例感染来源地包括云南本地、非洲、缅甸等流行区。其中155份Pfhrp2基因exon2区扩增阳性和测序成功，编码氨基酸数在115～298之间，平均为239.7 aa，非洲（239.9 aa）、缅甸（239.5 aa）、云南（241.6 aa）感染虫株的氨基酸残基均数差异无统计学意义（F=0.025，P＆gt;0.05）。所有氨基酸残基序列均以12型重复作为结尾，以1型、2型重复为起始，比例各占98.1%（152/155）和1.9%（3/155），2型重复次数最多，为12.9次。155条Pfhrp2基因exon2区DNA序列的同源位点为894 bp，保守位点占20.8%（186/894），变异位点占78.2%（699/894），非洲虫株序列间遗传距离为0.000～0.741，缅甸为0.000～0.948，云南为0.000～0.750。所有155条序列按氨基酸序列大小聚类成3个大类，同一个层级的序列具有近似的序列长度和氨基酸重复类型。结论云南省恶性疟现症病例所感染疟原虫的Pfhrp2基因exon2区存在高度多态性，恶性疟原虫株主要按Pfhrp2基因exon2区的氨基酸序列长度进行聚类。
- 董莹孙艾明陈梦妮徐艳春毛祥华邓艳杨恒林
- 关键词：恶性疟恶性疟原虫多态
