郑丽洁
- 作品数：2 被引量：23H指数：2
- 供职机构：石河子大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 小拟南芥双键还原酶基因OpDBR的克隆及表达分析被引量：7
- 2016年
- 从小拟南芥,又名无苞芥(Olimarabidopsis pumila,异种名Arabidopsis pumila)幼苗叶片c DNA文库中获得1条与拟南芥烯醛双键还原酶基因At DBR1(Gen Bank登录号为NP_197202.2)高度相似的EST序列,该序列包含1个1041 bp的最大开放阅读框(ORF),推测编码346个氨基酸(Gen Bank登录号为KU845686)。利用RT-PCR技术从小拟南芥叶片的c DNA中克隆了该基因,命名为Op DBR。比对分析结果表明,该基因属于中链还原/脱氢酶(medium chain reductase/dehydrogenases,MDR)超级家族,具有double bond reductase-like保守蛋白结构域;该蛋白的二级结构包含106个α-螺旋和48个β-转角。系统进化树分析结果表明,Op DBR编码产物与预测的亚麻芥烯醛双键还原酶(Gen Bank登录号为XP_010492631.1)遗传关系最为接近,属于同一进化分支。实时荧光定量RT-PCR(q RT-PCR)结果显示,Op DBR在小拟南芥的不同组织中都有表达,茎中表达量最高,根中最低。其在200 mmol/L Na Cl、4℃、100μmol/L ABA、20%PEG-6000处理下的表达结果分析显示,该基因可能在小拟南芥应对逆境胁迫时起着重要作用。
- 郑丽洁林军黄先忠
- 关键词：小拟南芥DBR抗逆基因表达
- 小拟南芥实时荧光定量PCR(qRT-PCR)内参基因的筛选被引量：16
- 2017年
- 小拟南芥(Arabidopsis pumila),又名无苞芥(Olimarabidopsis pumila),为拟南芥的近缘物种。选择合适的内参基因对于提高实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)分析基因表达的准确性至关重要。本研究在分析小拟南芥叶片转录组数据的基础上,筛选了12个表达稳定的候选内参基因,包括肌动蛋白1(actin-1,ACT-1)、α-微管蛋白1(α-tubulin,TUA1)、β-微管蛋白6(β-tubulin,TUB6)、翻译起始因子(translation initiation factor 2,IF2)、延伸因子1-α(elongation factor 1-alpha,EF1-α)、聚泛素14(polyubiquitin 14,UBQ14)、UBQ9、泛素连接酶35(ubiquitin-conjugating enzyme 35,UBC35)、转录起始因子1(transcription initiation factor,HAF1)、FK506结合蛋白62(FK506 binding protein 62,FKBP62)、miR319a和醛脱氢酶(aldehyde dehydrogenase,ALDH)。我们分别利用Norm Finder、Genorm和Bestkeeper软件分析了这12个基因在dH_2O、NaCl处理下及小拟南芥不同组织中的表达稳定性。研究表明,在dH_2O处理条件下表达稳定的基因为TUB6和FKBP62,在Na Cl处理条件下为EF1-α和IF2,在组织器官中为HAF1,这些基因适合作为相应试验条件下小拟南芥的内参基因。本研究为小拟南芥基因表达分析提供了可靠的内参基因,具有重要的参考价值。
- 郑丽洁林军黄先忠
- 关键词：小拟南芥盐胁迫实时荧光定量PCR内参基因
