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寨卡病毒全基因组多序列比对及遗传进化分析被引量：3: 2017年; 目的分析寨卡病毒不同毒株分离的时间、地区以及基因型分布,基因序列的相似性,核苷酸的变异及遗传进化趋势,为寨卡的防控提供生物信息学方面的依据。方法应用Bio Edit Sequence Alignmemt Editor软件,DNAStar 7.1及Mega 7.0软件对NCBI-Nucleotide中收录的85条寨卡病毒全基因组核苷酸序列及遗传进化进行分析,探索寨卡的起源及传播过程。结果寨卡病毒组内核苷酸序列最低相似性为94.5%,最高相似性为100%;65株全基因序列中,共有765处碱基发生变异,组内变异率在0.00%~24.44%;在所有的碱基突变中,碱基转换占84.32%,而碱基颠换占15.68%;分离时间、地区相近的菌株,其遗传距离较近。结论寨卡病毒存在较高变异,这些变异可能在寨卡病毒本身的毒力、致病性及传播方式的改变中发挥重要作用。; 刘兰兰郭小芹吴建勇郭中敏陆家海; 关键词：遗传进化格林-巴利综合征

中东呼吸综合征流行现状与防控新理念被引量：3: 2015年; 中东呼吸综合征(Middle East respiratory syndrome,MERS)是由一种新型冠状病毒引起的呼吸系统疾病,2012年首次报道,病死率较高,且近年来发病例数明显上升,范围也逐步扩大,引起了广泛的关注。2015年5月26日,中国出现了首例输入性MERS病例,建立相应的防控体系刻不容缓。作者对目前MERS的流行现状进行概述,结合"One Heal"理念,阐述针对MERS等人兽共患病的防控策略,为新发传染病的防控提供新的思路。; 黄嘉炜郭小芹陆家海

1953-2016年基孔肯雅病毒的系统进化及蛋白质多样性分析被引量：2: 2017年; 目的对1953-2016年基孔肯雅病毒的主要流行株进行分子进化特征和氨基酸位点变异情况分析,为防控基孔肯雅病毒的流行提供理论依据。方法在NCBI数据库检索1953-2016年基孔肯雅流行株,按照暴发情况筛选代表性毒株35株,使用Scan Prosite软件对基孔肯雅病毒蛋白的功能区域进行预测,用Clustal X和Mega 6.06生物软件对于筛选的35株代表株的核苷酸和氨基酸序列进行分析,构建种系进化树并分析氨基酸变异情况析。结果进化树显示35株基孔肯雅病毒对应其3个基因型分支为3簇,分别对应基孔肯雅病毒的3个基因型:东/中/南非型(19株)、亚洲型(13株)和西非型(3株),各蛋白同源计分比值均为0.96以上。E2关键抗原表位(共19个氨基酸)也有变异,其中19株东/中/南非型毒株序列有1处位点(H18Q)发生替换,西非型毒株未发生变化,13株亚洲型毒株也显示有1处位点(N5H)变化。结论基孔肯雅病毒进化较为保守,但在其重要功能区域出现一些位点的突变,关注其进化情况对于基孔肯雅防控工作有积极意义。; 聂恩琼郭小芹张应涛陆家海; 关键词：基孔肯雅病毒

GFP评价Non-stop变异对蛋白的影响: 2018年; 目的通过构建的non-stop绿色荧光蛋白(GFP)质粒,了解non-stop变异对GFP的影响。方法使用T4连接酶将合成的含有点突变的DNA短片段插入质粒pEGFP-C1生成non-stop GFP。通过荧光显微镜及Western blot观察non-stop GFP的变化。结果 non-stop GFP蛋白量少于正常GFP蛋白量,只有正常GFP条带蛋白量的12.6%。同时,non-stop GFP蛋白分子量约大于正常GFP 8 000 Mr。结论 non-stop变异使GFP持续翻译至poly(A),同时加速了蛋白的衰减。; 袁贵丽聂恩琼陆家海郭小芹

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郭小芹