雷鸣
- 作品数：16 被引量：34H指数：4
- 供职机构：西藏大学理学院更多>>
- 发文基金：西藏自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学化学工程更多>>
- 白草种子基因组DNA五种提取方法的比较被引量：2
- 2016年
- 用5种方法 (传统CTAB法、改良CTAB法、高盐低p H法、改良SDS法、试剂盒法)对白草种子基因组DNA进行提取,分别用紫外分光光度计法、琼脂糖凝胶电泳法、PCR扩增检测提取的DNA的质量。结果表明,传统CTAB法提取的DNA浓度低,含有较多杂质,抑制PCR反应;改良SDS法和改良CTAB法提取的DNA纯度低,不符合检测要求;高盐低pH法和试剂盒法提取的DNA纯度高、完整性好,但试剂盒法成本高、DNA得率低。所以高盐低pH法为5种方法中最经济、效果最好的白草种子DNA提取方法。
- 郝豆豆田志华雷鸣武俊喜拉多张勇群
- 关键词：基因组DNADNA提取方法
- 超临界CO_2萃取菊叶香藜精油工艺研究被引量：3
- 2016年
- 采用超临界流体萃取技术对菊叶香藜精油的提取工艺进行研究。结果表明,在40℃,15 MPa,1.5 h时精油量最高,为31.26 g/kg,是传统水蒸气法的20倍,并且其气味更接近天然的菊叶香藜;超临界CO_2提取法比水蒸气法优越,精油量高,时间短。此方法可为菊叶香藜精油快速提取和开发利用提供参考,并为其向工业化方向发展提供理论依据。
- 何花雷鸣薛金彪郝豆豆拉多张勇群
- 关键词：精油超临界CO_2萃取
- 菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析被引量：4
- 2019年
- 为深入了解菊叶香藜法尼基焦磷酸合酶基因,该研究对菊叶香藜转录组数据库进行挖掘,获取了两条FPPS基因序列(DsFPPS1和DsFPPS2),并对DsFPPS1和DsFPPS2编码蛋白的理化性质、结构、功能、系统进化进行了分析。结果表明:DsFPPS1和DsFPPS2基因分别包含1029bp和969bp的开放阅读框,分别编码342个(DsFPPS1)和322个(DsFPPS2)氨基酸。DsFPPS1和DsFPPS2位于线粒体内,未发现信号肽和跨膜结构,DsFPPS1为稳定蛋白,DsFPPS2为不稳定蛋白。氨基酸序列比对发现DsFPPS1和DsFPPS2序列相似性为60.53%,均含有5个保守结构域和2个天冬氨酸富集区域。DsFPPS1和DsFPPS2二级结构主要由α-螺旋构成,三级结构为由8个α-螺旋形成的α-螺旋束,但DsFPPS2的三级结构中缺少一个α-螺旋A。系统进化树中DsFPPS1与藜科植物聚为一枝,与藜科植物遗传距离较近,而DsFPPS2单独聚为一枝。通过对菊叶香藜转录组数据库中FPPS基因的挖掘与生物信息学分析,为菊叶香藜FPPS的功能研究及其倍半萜类化合物的生物合成研究奠定了一定的理论基础。
- 付苏宏雷鸣张勇群施静郝豆豆
- 关键词：转录组基因挖掘生物信息学
- 拉萨蒲公英基因组DNA不同提取方法的比较及PCR检测被引量：6
- 2016年
- 目的比较不同研磨方式、不同提取方法提取的拉萨蒲公英叶片基因组DNA的效果。方法分别用液氮和提取缓冲液两种研磨方式对拉萨蒲公英叶片进行研磨处理,用5种方法提取拉萨蒲公英叶片基因组DNA,分别用紫外分光光度计法、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增检测DNA的质量。结果用提取液研磨可以充分除去色素、酚类、蛋白质等物质,提取的DNA纯度高,降解少,用液氮研磨提取的DNA杂质多,降解严重;高盐低p H法提取的DNA的A260/A280接近1.8,A260/A230为1.93,Ezup柱式试剂盒法提取的DNA的A260/A280为2.01,A260/A230大于2.0,说明这两种方法提取的DNA的纯度比较高,其余3种方法提取的DNA的纯度都比较低。结论用提取缓冲液研磨提取的DNA的质量高于液氮研磨,并且缓冲液研磨能降低DNA提取成本,操作安全,因此是一种经济适用的方法;Ezup柱式试剂盒法操纵简单,但是价格昂贵,且DNA的得率低,高盐低p H法成本低,但是提取时间比试剂盒长,两种方法提取的DNA的PCR效果相差不大,高盐低p H法适用于需要大批量提取拉萨蒲公英叶片DNA的研究。
- 郝豆豆雷鸣武俊喜拉多张勇群
- 关键词：PCR扩增
- 10种藏药材ccmFN基因片段密码子偏好性分析被引量：1
- 2018年
- 目的分析苞叶雪莲、砂生槐、西藏大戟、拉萨小檗、桃儿七、樱草杜鹃、大花黄牡丹、总状绿绒蒿、拉萨蒲公英、藏橐吾10种藏药材的ccmFN基因片段密码子偏好性。方法运用Codon软件对ccmFN基因部分片段密码子组成、密码子使用性各参数和同义密码子相对使用度进行计算和统计分析,从而分析密码子的使用情况;利用ENC绘图、PR2绘图推测影响密码子偏性的因素。结果 ccmFN基因部分片段共同的偏好密码子为GCU、GAU、GAG、GGA、AUU、UUA、CUA、AAU、CCC、CAG、CGU、CGG,且偏好使用以U/A结尾的密码子。ENC绘图表明,10种单子叶植物受自然选择作用的影响比10种双子叶植物和10种藏药材大;PR2绘图表明,密码子第3位的碱基A和T使用不对称,从而影响密码子的偏好使用。结论 ccmFN基因部分片段密码子使用偏好性在苞叶雪莲等10种藏药材、10种双子叶植物、10种单子叶植物中差异不大,表明此区域在植物中具有保守性,突变作用是导致密码子偏好的主要因素。
- 郝豆豆张勇群雷鸣拉多
- 关键词：藏药材密码子偏好性
- 菊叶香藜psbA基因生物信息学分析
- 2018年
- 目的本研究主要是了解菊叶香藜psbA基因的分子结构,以及为菊叶香藜的分类学提供分子数据。方法文章通过生物信息学分析软件,对菊叶香藜psbA基因全序列进行分析,预测出氨基酸序列、统计序列组分、编码蛋白理化性质、亲疏水性、跨膜区域、二级结构、三级结构、密码子偏好性等。结果菊叶香藜psbA基因编码序列长度为1059bp,GC含量为41%,共编码353个氨基酸,最多的为丙氨酸(A),为35个(9.9%),不含有赖氨酸,符合psbA基因的特征。二级结构包含α-螺旋(57.51%),β-折叠(4.82%),β-转角(37.68%)。psbA基因编码蛋白为疏水性蛋白,包含7个跨膜区域,是非酶类转运蛋白。psbA基因密码子偏好性水平相对较弱,主要受到选择作用、表达水平和蛋白质长度的影响。psbA系统发生树结果显示,菊叶香藜未与藜属其它植物归为一类。结论因此,根据菊叶香藜生物信息学特征和系统发生树结果,支持将菊叶香藜归到刺藜属中。
- 雷鸣任海龙
- 关键词：PSBA生物信息学
- 西藏高原人群铁调素基因hamp密码子偏好性分析
- 2018年
- 目的:通过对西藏高原人群及平原人群、恒河猴等其他5种物种的密码子使用进行分析,从而得出西藏高原人群铁调素基因(hamp)的密码子偏好性。方法:采用PCR技术获得西藏高原人群铁调素全基因序列,利用在线软件CodonW进行密码子偏好性分析,通过在线软件PredictProtein以及Signal P等软件进行西藏高原人群铁调素基因的结构分析,比较与GenBank数据库中选取的平原人群、恒河猴等其他5种物种的密码子偏好性的差异。结果:西藏高原人群的铁调素基因全长为2681 bp,由3个外显子和2个内含子组成,编码84个氨基酸的铁调素前体肽,包含信号肽、中间肽与成熟肽,其密码子偏好性与平原人群、恒河猴等其他5个物种的密码子偏好性均有不同程度的差异。结论:西藏高原人群铁调素基因hamp密码子偏好性与其他物种的密码子偏好性均有不同程度的差异。
- 施静雷鸣张勇群孙舒遥李明霞孙曾梅邬云红
- 关键词：密码子偏好性
- 整粒和半粒青稞种子DNA的提取及RAPD检测被引量：3
- 2017年
- 【目的】从青稞种子中提取高质量的基因组DNA。【方法】以半粒无胚青稞种子和整粒青稞种子为材料,用6种不同的方法提取基因组DNA,用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性,紫外分光光度计法检测DNA的浓度和纯度,并对提取的DNA进行了RAPD-PCR扩增检测,同时将剩下的半粒有胚青稞种子进行萌发实验。【结果】从半粒和整粒青稞种子中都可以提取到高质量的DNA,用提取的DNA作为RAPD-PCR扩增检测模板,得到的扩增产物条带清晰,多态性条带丰富,其质量满足RAPD分子标记的要求。【结论】高盐低p H法提取的DNA质量最好,是这6种方法中的最佳方法;半粒青稞有胚种子也能够正常生根发芽,可作为遗传实验的材料。
- 郝豆豆张勇群高玉花雷鸣武俊喜拉多
- 关键词：基因组DNA
- 基于ITS2 DNA条形码的苞叶雪莲分子鉴定
- 2018年
- 【目的】基于ITS2条形码技术鉴定藏药材苞叶雪莲,以保证药材质量,确保用药安全。【方法】对采自西藏林芝的苞叶雪莲进行DNA提取,PCR扩增得到ITS序列并测序;所有样品的ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(HMM)的注释方法获得,使用MAGE6.0进行多重序列比对,并构建进化树,同时预测苞叶雪莲ITS2序列的二级结构。【结果】苞叶雪莲及其近缘物种的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及ITS2二级结构能将苞叶雪莲及其近缘物种区分开。【结论】ITS2序列可以有效的鉴别苞叶雪莲及其近缘物种,可以为苞叶雪莲的安全用药及合理开发利用提供依据。
- 郝豆豆张勇群雷鸣拉多
- 关键词：ITS2DNA条形码
- 燕麦种子基因组DNA不同提取方法的比较被引量：2
- 2015年
- 为缩短DNA提取时间,省去种子萌发到幼苗培养等一系列过程,以燕麦种子为材料,用5种方法提取其基因组DNA,通过紫外分光光度法检测DNA的浓度和纯度,琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性,以ITS2为引物将燕麦种子基因组DNA进行PCR扩增。结果表明:5种方法中除了传统CTAB法,其余方法都可以提取到燕麦种子基因组DNA,但不同方法提取到的基因组DNA的纯度、浓度存在差异,试剂盒法提取的DNA质量最好、纯度最高,但提取的DNA量少且成本高,改良CTAB法和高盐低pH法提取的DNA的纯度相近,都有少量的蛋白质和糖类的污染,改良SDS法提取的DNA纯度最低。
- 郝豆豆朱勇雷鸣武俊喜拉多张勇群
- 关键词：燕麦种子PCR扩增
