黄勇
- 作品数：16 被引量：46H指数：3
- 供职机构：军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学理学更多>>
- 利用基因组比对方法寻找大肠杆菌DH1基因组中的非必需序列被引量：2
- 2014年
- 目的:寻找大肠杆菌DH1基因组中的非必需序列。方法:采用基因组比对的方法,通过软件MAUVE分别对大肠杆菌DH1与miniMG1655、miniW3110进行基因组比对,筛选得到大肠杆菌DH1基因组中的候选非必需序列,进而以基因必需性评分的方法确定非必需序列。结果与结论:通过基因组比对及基因必需性评分的方法,确定了大肠杆菌DH1基因组中64个非必需序列区域,占全基因组的26.3%。非必需序列区域的确定,为后续构建基因组减小的大肠杆菌miniDH1提供了基础。
- 虞剑黄勇周长林童贻刚方宏清
- 从大容量噬菌体抗体库中筛选抗Acr蛋白人源单链抗体
- 2012年
- 目的:从天然的大容量噬菌体抗体库中筛选特异的抗结核分枝杆菌晶体蛋白(alpha-crystallin Acr)的人源抗体。方法:以结核分枝杆菌Acr蛋白包被免疫管,通过对噬菌体抗体库进行4轮"吸附-洗脱-扩增"的过程从大容量抗体库中筛选特异性抗结核分枝杆菌Acr蛋白的抗体,并对可变区序列进行了测序分析。将特异性的噬菌体抗体感染HB2151菌,经IPTG诱导表达,制备了抗结核分枝杆菌Acr蛋白的可溶性单链抗体;对其序列和抗原结合活性进行分析鉴定。结果:经过4轮筛选,获得了43个与结核分枝杆菌Acr蛋白结合的阳性克隆,其中29个特异结合的克隆;测序分析有26不同的可变区片段;通过可溶性单链抗体(scFv)表达筛选到14株特异性结合Acr蛋白的可溶性单链抗体克隆;经过基因测序,分析了可变区基因的亚群。成功制备了可溶性单链抗体。Westren blotting分析证实筛选的人源单链抗体能与天然蛋白结合。结论:利用单链大容量抗体库获得抗结核分枝杆菌Acr蛋白的噬菌体抗体并且成功制备抗结核分枝杆菌Acr天然蛋白的可溶性单链抗体,为今后的研究和应用奠定基础。
- 王晓娜米志强安小平李建彬范华昊张文慧张博黄勇周丽君童贻刚
- 关键词：ACR蛋白噬菌体抗体库单链抗体
- 微生物全基因组测序组装中的gap填补方法被引量：1
- 2013年
- 目的:研究和开发高通量测序全基因组组装过程中的填补gap的方法。方法:研究组装软件的算法,使用Perl语言编写自动填补gap的程序,并建立全基因组组装的流程。结果:提出了填补gap的末端延伸法,并使用Perl语言进行了编程;在对立克次体高通量测序的组装过程中,这些方法能大大减少gap的数量。结论:本研究提出的末端延伸法能够高效填补全序列组装过程中出现的gap,具有很强的实用性。
- 黄勇范航张志毅童贻刚周育森
- 关键词：测序
- 利用小RNA高通量测序筛查媒介昆虫携带的病原体被引量：1
- 2013年
- 高通量测序方法筛查媒介昆虫携带病原体是一种新的重要方法。研究表明小RNA高通量测序可用于昆虫携带病毒的检测。本工作尝试用小RNA高通量测序法筛查昆虫携带的病毒，发现该方法不仅可用于媒介昆虫携带病毒的检测，也可以用于原核和真核病原体的筛查。用该方法对野外采集的3种蚊虫和3种蜱进行分析，用blast程序对NCBI核酸序列库（nt）进行比对搜索，从测序结果中查找到多种病毒、原核及真核的病原体。上述结果表明，小RNA高通量测序可以用于各种病原体的发现，有望发展成为一种通用的病原体筛查技术。
- 张志毅安小平庄璐马麦卷米志强黄勇范航刘玮童贻刚
- 关键词：小RNA高通量测序媒介昆虫病原体
- 我国人群感染指环病毒的高通量测序分析被引量：2
- 2016年
- 目的分析我国人群感染指环病毒的多样性,为研究指环病毒科的感染与不同疾病发生以及宿主免疫状态之间的关系提供基础资料。方法从33份血液标本中提取病毒核酸,使用多重置换扩增技术富集指环病毒核酸,然后使用Ion Torrent PGM平台进行高通量测序,并进行生物信息学分析。结果共得到226个新的指环病毒序列,包括130条全序和96个ORF1。受检血液标本均检出包括TTV,TTMDV和TTMV等指环病毒;测序显示指环病毒中81.9%为TTV,48.5%的标本感染两个属以上的指环病毒。指环病毒ORF1至少81.13%发生变异,其中TTV属内也存在75.66%的变异,13.27%的序列在NCBI的核酸数据库中同源比对未成功。进化分析显示TTV基因3型又可分为3.1、3.2、3.3等3个亚型,以往命名的基因2型是基因3.3型的一个子分枝。新型TTV中51.9%属于基因3型。结论我国人群普遍感染指环病毒,以基因3型感染居多且基因组多样性高。
- 程实范航孙强裴广倩安小平米志强张湘莉兰黄勇童贻刚
- 一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体IME-CF2的分离、测序及全基因组分析被引量：3
- 2016年
- 目的从医院污水中分离一株能裂解弗氏柠檬酸杆菌的噬菌体,观察其形态,并进行全基因组测序和全基因组分析,为治疗和控制弗氏柠檬酸杆菌感染提供基础。方法以弗氏柠檬酸杆菌为宿主,从医院污水分离噬菌体,用透射电镜观察其形态;使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。结果成功分离一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体,命名为IME-CF2;电镜观察显示,该噬菌体具有二十面体的头部,形态类似肌尾噬菌体科;IME-CF2核酸类型为DNA,基因组全长为177 685 bp,GC含量为43.2%;编码267个编码区(CDS),2个tRNA;进化分析表明,IME-CF2属于T4类噬菌体,全基因组比较分析表明,IME-CF2与柠檬酸杆菌噬菌体Miller同源性最高。结论分离鉴定了一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体,进行了全基因组测序和分析,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。
- 刘小东王伟黄勇张湘莉兰孙强安小平米志强童贻刚
- 关键词：噬菌体全基因组测序基因组分析
- Autodock Vina与Discovery Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较被引量：16
- 2012年
- 随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定,从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物,成为了药物发现的一个标准途径。虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验成本。本文介绍了Autodock Vina和Discovery Studio在基于分子对接法的虚拟筛选中的使用,并对比分析其对β-内酰胺酶活性位点的筛选结果。希望通过这种比较促进虚拟筛选在药物设计领域中的应用,提高耐药基因抑制剂的发现速度。
- 黄勇陈晨张志毅童贻刚赵勇
- 关键词：分子对接AUTODOCKVINADISCOVERYSTUDIO抑制剂
- 含有CRISPR序列的噬菌体耐受菌的筛选被引量：1
- 2014年
- 人工设计合成规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)序列特异性引物,将从临床分离的大肠埃希菌株作为模板,采用PCR扩增方法筛选含有CRISPR系统的大肠埃希菌;利用噬菌斑法从医院未经消毒处理的污水中分离大肠埃希菌噬菌体,经过PEG沉淀的方法浓缩得到高滴度的噬菌体,再用该筛选噬菌体感染上述含有CRISPR的大肠埃希菌以筛选耐受该噬菌体的大肠埃希菌菌株。最后从70株大肠埃希菌中筛选到42株含有CRISPR序列的菌株,然后采用噬菌斑法分离到1株大肠埃希菌E.coli 147-30的裂解性噬菌体IME-EC1,在此基础上利用E.coli 147-30筛选到1株耐受噬菌体IME-EC1的大肠埃希菌菌株,命名为E.coli 147-30R1。
- 滑玉会黄勇张志毅安小平米志强尹秀云陈建魁童贻刚
- 关键词：大肠埃希菌噬菌体
- 粪肠球菌噬菌体IME-EF3的分离及其治疗优势的发掘被引量：4
- 2014年
- 目的利用医院污水分离到临床耐药粪肠球菌的噬菌体IME-EF3，分析其生物学特性，发掘其治疗特性，为噬菌体制剂个体化治疗耐药粪肠球菌感染及利用噬菌体消除耐药粪肠球菌污染提供应用基础。方法利用医院污水,经污水富集法分离噬菌体,以粪肠球菌临床耐药分离株为宿主菌。经双层平板法确定噬菌斑形态及大小，纯化后测定其宿主谱范围、最佳感染复数（MOI）、一步生长曲线，并检测温度、紫外线照射对IME-EF3活性的影响。取适量噬菌体液，利用蛋白酶K俗DS法提取其基因组,对其进行酶切处理．确定其遗传物质的组成及形态。用酶切法进行了随机克隆，测序结果进行在线Blastx，并构建系统进化树分析与已知噬菌体的进化关系。结果成功分离到一株噬菌体斑．边缘清晰，斑体透明的裂解性粪肠球菌噬菌体IME-EF3热稳定性较好．对紫外线敏感。一步生长曲线显示IME-EF3的潜伏期为10～20min，呈爆发性增长，裂解量为75。其遗传物质为双链DNA,通过Blastx结果初步确定IME-EF3为尾病毒目，长尾噬菌体科。通过系统进化树可看出IME—EF3与其他噬菌体的亲缘关系较远。结论从医院废水成功分离到裂解性噬菌体IME-EF3，其爆发力强、潜伏期短、高裂解性、较好的热稳定性、与已知噬菌体远缘性等一系列的优良特点，为其噬菌体个体化治疗及与药物的联合使用提供了依据。
- 李晓玉丁鹏韩传银米志强安小平黄勇郑旺良冯福民童贻刚
- 关键词：DSDNA进化树
- The Applications of Large-scale Database Management Solutions in the Field of High-throughput Sequencing and Bioinformatics Analysis
- Background: High-throughput sequencing has become a basic source of bioinformatics data analysis.Better high-t...
- 范航黄勇张志毅徐晓蒙王伟米志强安小平童贻刚
- 关键词：DATAHIGH-THROUGHPUTSEQUENCINGDATA
