黄丽丽
- 作品数：11 被引量：23H指数：2
- 供职机构：海南省农业科学院畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：海南省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目海南省重点科技计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 寡糖的生物学功能及其在猪生产中的应用被引量：1
- 2013年
- 寡糖是一类具有特殊生物学功能的低聚糖,在动物生产中具有重要的作用。从寡糖的定义、种类、生物学功能、作用机制及在猪生产中的应用等方面进行综述,并展望其应用前景。
- 郑心力刘圈炜黄丽丽谭树义
- 关键词：寡糖生物学功能
- 五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析被引量：4
- 2022年
- 旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA:PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36961902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16729364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。
- 任钰为王峰王成张艳孙瑞萍刘海隆乔传民邢漫萍黄丽丽曹宗喜晁哲
- 关键词：五指山猪脂类代谢
- 海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析
- 2023年
- 为了研究海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)皮下脂肪组织的遗传差异,本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对2种山羊皮下脂肪组织进行转录组测序分析,运用DESeq鉴定2种山羊皮下脂肪组织间差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达的mRNAs进行GO功能、KEGG通路富集分析,同时对差异表达的lncRNAs进行靶基因预测分析。结果显示:海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪间存在330个差异表达的mRNAs,其中4个基因在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、1个基因在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达,在330个差异表达的mRNAs中,根据差异倍数大小,排名前10位的基因分别是PLXDC1、AOC1、SHROOM3、NTS、SPATS2、LOC102181165、BDKRB2、GSDMA、ETNK2、EPOR;存在138个差异表达的lncRNAs,其中9个在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、5个在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达。此外,本研究共获得143个差异表达lncRNAs顺式作用靶基因和135个差异表达lncRNAs反式作用靶基因。本研究为进一步研究山羊皮下脂肪沉积的遗传机理提供科学依据。
- 晁哲任钰为孙瑞萍魏立民刘海隆邢漫萍黄丽丽郑心力
- 关键词：海南黑山羊皮下脂肪信使RNA
- 临高猪选育提纯与开发利用研究
- 郑心力孙瑞萍魏立民王峰晁哲刘圈炜刘海隆曹宗喜黄丽丽
- 纯种临高乳猪在海南具有巨大消费市场，是传统出口产品，但因受外来猪冲击，纯种临高猪已处于濒危状态，现存临高猪生产性能也逐渐衰退。项目通过研究，取得以下成果：提纯的临高猪的体型外貌等种质特性符合海南省地方标准“临高猪品种”的...
- 关键词：
- 关键词：乳猪饲养管理疫病防治
- 海南地方优质肉猪杂交组合研究与示范推广
- 王峰魏立民孙瑞萍郑心力王平刘圈炜郑小安黄丽丽昌儒刘海隆关居雄王启存李刚
- 项目主要针对地方猪种肉质好，产品质量高，海南人民的需求量大，地方猪肉在海南呈现了供不应求的趋势等现状，与海南地方猪生长速度慢，饲料报酬低和经济效益差等几个制约海南地方猪产业发展的关键因素，根据供求之间的矛盾，利用现代动物...
- 关键词：
- 关键词：肉猪杂交繁殖饲养管理遗传育种学
- 鸡HSP90AA1基因SNP检测及启动子区CpG岛的甲基化研究被引量：2
- 2019年
- 试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA1基因组序列;通过基因测序寻找该基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点;使用在线软件MethPrimer预测鸡HSP90AA1基因中CpG岛的位置;应用MassArray质谱法检测鸡胸肌中HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化水平,比较分析文昌鸡和北京油鸡HSP90AA1基因的甲基化差异。结果显示,在鸡HSP90AA1基因组中共发现7个SNPs位点,分别位于启动子区(A-189G,C-109T)、第1外显子(A+6G)、第2外显子(C+343T)、第2内含子(A+634G、A+836G)和第7内含子(A+3449G);鸡HSP90AA1基因包含10个外显子和9个内含子,其启动子区存在1个CpG岛,位于-1 802～-469bp处;在HSP90AA1基因启动子区共检测了42个CpG位点的甲基化水平,文昌鸡和北京油鸡中分别有9个(CpG_16.17.18、CpG_21.22.23、CpG_32.33和CpG_57)和4个CpG位点(CpG_1、CpG_5.6和CpG_57)在胸肌生长发育过程中发生甲基化改变。结果表明,文昌鸡与北京油鸡HSP90AA1基因序列信息和启动子区CpG岛的甲基化水平不同,这可能导致两种鸡对于应激反应具有不同的耐受程度。以上试验结果将为文昌鸡和北京油鸡生长发育规律、系统选育等方面的研究提供表观遗传学依据。
- 晁哲吴望军邢漫萍黄丽丽孙瑞萍刘海隆郑心力
- 关键词：文昌鸡北京油鸡甲基化
- 文昌鸡与北京油鸡肌肉组织DNA甲基化的MSAP分析被引量：1
- 2018年
- 为了获得鸡不同肌肉组织基因组DNA甲基化水平、模式等表观遗传信息,试验以文昌鸡、北京油鸡及其杂交F1代基因组为试验材料,采用甲基敏感扩增多态性(methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术检测了鸡胸肌和腿肌2个组织基因组在CCGG位点的甲基化状态,分析了不同组织的DNA甲基化水平及特异性甲基化模式。结果表明:文昌鸡、北京油鸡及其正交F1代和反交F1代鸡的DNA甲基化程度均较高,其中胸肌基因组DNA的总甲基化水平分别是(53.56±2.40)%、(52.82±0.85)%、(53.67±2.24)%、(54.82±2.42)%,腿肌基因组DNA的总甲基化水平分别是(52.85±2.37)%、(53.48±0.96)%、(51.87±2.85)%、(53.15±0.96)%;胸肌和腿肌组织中全甲基化条带数均高于半甲基化条带数,非甲基化条带数均高于全甲基化、半甲基化条带数;在4个不同鸡群间,基因组甲基化程度差异不显著(P>0.05);对部分甲基化位点进行回收,鉴定出6个存在甲基化修饰的基因(ADAMTS5基因、ATP2A2基因、C8H1ORF27基因、C-SNO基因、FAM91A1基因、FBXO33基因)。说明鸡肌肉组织甲基化多态性丰富,且不同遗传背景会造成部分基因甲基化的差异。
- 晁哲邢漫萍孙瑞萍刘海隆黄丽丽林哲敏王峰
- 关键词：文昌鸡北京油鸡胸肌腿肌甲基化
- 海南文昌鸡生长激素基因克隆测序及生物信息学分析被引量：2
- 2018年
- 为了克隆文昌鸡的生长激素（growth hormone,GH）基因,获得该基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,采用PCR方法扩增GH基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,利用PCR产物直接测序检测GH基因的多态性。结果显示：在鸡GH基因组中共发现7处碱基突变位点,分别位于GH基因的5＇端、第1内含子、第4外显子和第4内含子中;多态性分析发现,在GH基因-391 bp处的A/G突变位点、-360bp处的A/G突变位点、-121 bp处的C/T突变位点上,文昌鸡的优势基因型分别是AA、GG和CC;鸡GH基因启动子区域发现多种潜在的转录因子结合位点,如GATA序列结合因子1（GATA-binding factor 1,GATA-1）、环磷酸腺苷应答元件结合蛋白（c AMP response element-binding protein,CREB）、核因子1（nuclear factor 1,NF-1）、上游刺激因子（upstream stimulatory factor,USF）、增强子结合蛋白α（CCAAT/enhancer binding protein alpha,C/EBPalp）等。本试验为进一步研究文昌鸡GH基因的功能提供了参考。
- 邢漫萍黄丽丽王峰郑心力林哲敏晁哲
- 关键词：文昌鸡多态性生物信息学分析
- 海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌转录组测序比较分析
- 2023年
- 为了鉴定和分析海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)背最长肌中差异表达的mRNA和lncRNA,试验以6月龄海南黑山羊及其F1代杂交羊公羊为试验动物,逐头采集背最长肌样品,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对两种山羊背最长肌进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定两种山羊背最长肌组织间差异表达的mRNA和lncRNA,对差异表达基因进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析,同时对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明:海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌间存在276个差异表达的mRNA,其中1个mRNA只在海南黑山羊背最长肌中表达,2个mRNA只在F1代杂交羊背最长肌中表达;在273个共同表达的mRNA中,根据差异倍数大小,排名前10位的分别是NDUFB5、TMEM237、LOC102170968、TXLNB、GPR63、OSBPL1A、KERA、LOC108638040、BMF、HSP70.1。存在145个差异表达的lncRNA,其中16个只在海南黑山羊背最长肌中表达,7个只在F1代杂交羊背最长肌中表达。276个差异表达基因共富集在50个GO功能条目上,主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能,富集的KEGG信号通路主要包括PI3K-AKI、细胞因子与细胞因子受体相互作用、趋化因子、MAPK和黏着斑信号通路。获得197个差异表达lncRNA顺式作用靶基因和142个差异表达lncRNA反式作用靶基因。说明海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌具有不同表达水平的mRNA和lncRNA,两种山羊肌肉组织中均存在特异性表达的mRNA和lncRNA。
- 晁哲任钰为孙瑞萍魏立民刘海隆邢漫萍黄丽丽王峰
- 关键词：海南黑山羊背最长肌基因靶基因
- 海南黑山羊GDF9和BMP15基因多态性与初胎产羔数间的关系被引量：13
- 2021年
- 为了探究海南黑山羊生长分化因子9(GDF9)和骨形态发生蛋白15(BMP15)基因多态性与初胎产羔数间的关系,采用PCR扩增海南黑山羊GDF9和BMP15基因序列,通过基因测序检测2个基因中SNP位点的多态性分布情况,并与初胎产羔数进行关联分析。结果:在海南黑山羊GDF9基因中共发现3处碱基突变,分别位于GDF9基因的第1外显子、第2外显子和3′端,在BMP15基因中共发现2处碱基突变,分别位于BMP15基因的5′端和第2外显子;在GDF9基因+183处的A/C突变位点、+2 082处的A/C突变位点、+2 541处的C/T突变位点上,海南黑山羊的优势基因型分别是CC、AA和CT,在BMP15基因-519处的A/G突变位点、+6 124处的C/G突变上,海南黑山羊的优势基因型分别是AG和CC;GDF9基因+2 541处的C/T突变与初胎产羔数呈显著相关,TT基因型个体的产羔数显著高于CC基因型个体(P<0.05)。本试验为通过基因标记辅助选择提高海南黑山羊的产羔数奠定基础。
- 晁哲邢漫萍黄丽丽孙瑞萍刘海隆魏立民刘圈炜郑心力
- 关键词：海南黑山羊多态性产羔数
