本文对蒺藜苜蓿叶绿体基因组全序列密码子进行分析，筛选出50条CDS（coding DNA sequence）利用Codo-nW软件进行分析其密码子使用模式。结果显示，蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26．9％，即第3位密码子富含A和U，ENC值在37．11～51．91之间密码子偏好性较弱。相对同义密码子使用度分析显示RSCU值大于1的密码子有23个，其中以A和U为结尾20个。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0．341，相关性不显著，回归系数为0．4843；单基因ENC比值多分布在-0．05～0．05，即大部分基因ENC值离ENC期望值较近；对应性分析，第一轴显示了12．50％的差异为主要影响因素，第一轴与ENC和GC。的相关系数分别为0．091和-0．092，均相关不显著。综合这几项分析发现蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子偏好性主要受到突变的影响，但是并不是唯一的影响因素，其他因素对密码子偏好性也可能有一定的影响。最终通过高表达优越密码子方法确定得出UUA、UUG、CCU等23个密码子为最优密码子，为之后对外源基因进行改造，提高其在叶绿体中的表达效率奠定了基础。
