牛红
- 作品数：9 被引量：33H指数：3
- 供职机构：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 利用混合线性模型和BayesCPi进行QTL-MAS2011公共数据集的全基因组关联分析被引量：1
- 2014年
- 本研究利用MTDFREML对QTL-MAS2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计,遗传力估计约为0.29。主成分分析显示,群体内不存在显著的群体分层现象,然后用2种模型进行全基因组关联分析研究。利用GAPIT程序包中的混合线性模型对QTL-MAS2011公共数据进行全基因组关联分析,共得到10个显著的单核苷酸(SNP)位点(P<0.05),其中,4个显著的SNPs在1号染色体上,4个显著的SNPs在3号染色体上,2个显著的SNPs在5号染色体上。使用HAPLOVIEW软件对1~3号染色体上88个SNPs进行连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)分析,确定2个QTLs(QTL1和QTL5)分别在1号和3号染色体上,2、4、5号染色体没有检测到QTL。利用BayesCPi模型进行全基因组关联分析研究,通过基因组窗口效应方差图谱确定1个QTL在1号染色体上,2个QTL在2号染色体上,1个QTL在3号染色体上。
- 朱波吴洋齐欣牛红张静静王延晖陈燕张路培高会江高雪李俊雅孙少华
- 关键词：混合线性模型贝叶斯模型全基因组关联分析单核苷酸多态性
- 全基因组选择在畜禽育种中的应用进展
- 梁永虎朱波高会江徐凌洋常天鹏张文刚夏江威牛红李俊雅
- 利用流式细胞术测定大额牛基因组大小的研究被引量：2
- 2018年
- 运用流式细胞术(FCM)测定大额牛基因组大小,并比较大额牛和普通牛基因组大小,为大额牛基因组学研究及其分类地位提供科学依据。分别提取人白细胞和鸡红细胞作为待选内参,用FCM测定经碘化丙啶(PI)染色的待选内参与大额牛白细胞的混合样品,通过比较大额牛与待选内参的荧光强度和DNA含量峰值的倍数关系,筛选出测定大额牛基因组大小最佳的标准内参,以此测定计算大额牛基因组大小;并比较大额牛和普通牛基因组大小关系。研究结果表明鸡红细胞是测定大额牛基因大小最佳的标准内参;以鸡红细胞(2C=2.5pg)为参照,大额牛细胞核DNA含量C=2.7809pg,基因组大小为2.7197×10^9bp;大额牛与普通牛测定结果比较发现,大额牛基因组比普通牛基因组小。本研究筛选出测定大额牛基因组大小的最佳标准内参,并运用流式细胞术首次测定了大额牛基因组大小,证明了大额牛基因组较普通牛基因组小。本研究的结论将为后续大额牛De novo测序组装以及基因组学相关研究提供参考,也为确定大额牛进化提供科学依据。
- 贤明陈燕梁永虎宋禹昕牛红张文刚夏江威张天留许尚忠张路培高会江李俊雅高雪
- 关键词：大额牛基因组大小流式细胞术
- 中国西门塔尔牛肉用群体重要经济性状遗传参数估计被引量：12
- 2016年
- 本研究旨在对出生于2008-2013年的中国西门塔尔牛肉用群体的重要经济性状进行遗传参数和方差组分估计,该群体大小为2 939头。采用非求导约束最大似然法估计遗传力、遗传相关和方差组分。结果显示,初生重、断奶重、出栏重、胴体重、屠宰率和净肉率的遗传力估计值分别为0.48、0.44、0.43、0.38、0.31、0.39。其中,初生重和断奶重的遗传相关估计结果为0.57,出栏重和胴体重的遗传相关为0.94,屠宰率和净肉率的遗传相关为0.89。该群体的生长和屠宰相关性状均属于中高遗传力性状,且性状之间具有较高的遗传相关。本研究对中国西门塔尔牛肉用群体重要经济性状的遗传参数做了系统评估分析,为将来制定育种方案和遗传评估奠定基础。
- 牛红宝金山吴洋朱波张文刚夏江威宋禹昕郭鹏徐凌洋陈燕高雪张路培高会江李俊雅
- 关键词：方差组分
- 畜禽基因组选择中贝叶斯方法及其参数优化策略被引量：6
- 2014年
- 品种选育在畜禽育种中占十分重要的地位,基因组选择作为畜禽育种的新兴技术手段而备受关注。其优点为可以缩短世代间隔,加快遗传进展,可以不依赖于表型进行选择。2001年,Meuwisen提出基因组选择的概念后,基因组选择首先应用于奶牛育种,至2014年8月,国际公牛组织已有34个成员国在其国家奶牛育种群中应用基因组选择。随着基因组选择的不断推广应用,提高基因组育种值估计准确性的问题有待于解决,当前对基因组选择方法的研究和探讨正在不断深入,有效的模型及算法对提高基因组育种值估计的准确性具有重大现实意义。至今已有17种贝叶斯方法相继被提出,本文简要介绍了基因组选择中的经典Bayes A和Bayes B方法,其中Bayes A假设所有位点都有效应,Bayes B假设部分位点有效应,且这部分有效应的位点所占的比例很小,它们的假设模型和算法都不相同。Meuviwisen提出经典贝叶斯方法后,其它贝叶斯方法犹如雨后春笋般涌出,这些新方法的提出,都是基于经典贝叶斯方法原理,对假设模型和算法进行适当改进,以期对模型中的参数进行优化。如Bayes C方法在Bayes B的基础上对模型中的π值进行优化,Bayes Cπ和Bayes Dπ是在Bayes C的基础上进行改进,这两种方法假设各位点的效应方差是相同的,而Bayes C假设各位点的效应方差是不同的,Bayes Dπ又是在Bayes Cπ基础上对效应方差服从尺度逆卡方分布中的尺度参数进行优化。Bayes Lasso的思想和Bayes A一样,不同之处在于它假设标记效应服从另一种分布-拉普拉斯分布,所以标记效应的后验分布也随之改变。Bayes RS方法假设各位点的效应方差是按占一定比例的总遗传方差分配的。其它的贝叶斯方法也都是在前人研究的基础之上对模型中的先验假设进行变换和模型中的参数进行优化,以期寻找最适合群体的假设模型和参数。目前广泛应
- 朱波王延晖牛红陈燕张路培高会江高雪李俊雅孙少华
- 关键词：贝叶斯方法参数优化
- 中国肉牛育种新技术研究的进展
- 随着人民生活水平的提高,膳食结构得到很大改善,人们对肉牛育种的需求已经不仅仅满足于过去的量的提高,追求牛肉品质已经成当今肉牛育种产业一个重要的主题,这对保持社会安定团结具有重要的战略意义.本文对我国现阶段肉牛育种相关技术...
- 薛景龙吴洋朱波牛红高会江李俊雅
- 关键词：肉牛转基因克隆技术分子标记全基因组
- 文献传递
- 基于牛低密度SNP芯片分析我国黄牛品种种间关系和遗传进化
- 本研究利用Illumina Bovine(26K)和Illumina Bovine(19K)低密度基因分型芯片,检测了6个本地黄牛品种、6个杂交品种和2个培育品种共计848个样本.通过主成分分析(PCA),研究样本大致分...
- 张文刚吴洋张静静牛红高雪张路培高会江陈燕李俊雅
- 关键词：黄牛亲缘关系
- 文献传递
- 一步法进行表型缺失数据的基因组育种值估计研究
- 随着大数据时代的到来,基因组选择作为一种取代传统动物育种工作的新兴育种技术,引起全世界动物育种界的广泛关注.相对于奶牛基因组选择,由于我国奶牛DHI报告的实施以及中国荷斯坦青年公牛联合后裔测定规程的发布,奶牛表型数据的采...
- 朱波吴洋牛红张静静陈燕张路培高雪高会江李俊雅
- 关键词：肉牛基因组育种值估计一步法
- 文献传递
- 肉用西门塔尔牛与和牛杂交群体的肉品质分析被引量：12
- 2018年
- 本研究旨在对肉用西门塔尔牛与杂交和牛两试验群体进行肉质性状比较,以期为肉品质性状遗传机制剖析及优质肉牛培育提供理论指导。收集肉用西门塔尔牛与杂交和牛两试验群体肉质性状表型数据,包括眼肌面积、剪切力、系水力、pH、肉色、脂肪颜色和大理石花纹等指标,进行相关性及差异性分析,从而综合评价两群体的肉品质。结果显示,两群体的脂肪颜色、系水力及剪切力呈现两两正相关;肉色与脂肪颜色、pH呈正相关,且肉色与pH呈显著相关(P<0.05),而系水力与pH、肉色和大理石花纹呈负相关。在两试验群体间,和牛杂交群体的大理石花纹、眼肌面积、pH性状表现为极显著优于肉用西门塔尔牛(P<0.01)。从性别比较来看,肉用西门塔尔牛母牛在大理石花纹、pH、剪切力等性状上极显著或显著优于公牛(P<0.01;P<0.05);而和牛杂交群体母牛的肉色和剪切力性状表现为显著或极显著高于公牛(P<0.05;P<0.01)。总体而言,和牛杂交群体的肉质性能优于肉用西门塔尔牛;群体内比较表明,肉用西门塔尔牛群体母牛肉质性能优于公牛,而和牛杂交群体母牛肉质性能低于公牛。
- 史新平史新平陈燕金生云宝金山牛红牛红李俊雅李俊雅
- 关键词：肉质性状
