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肺炎克雷伯临床菌株新基因组岛KpGI-2的鉴定: 2009年; 目的研究肺炎克雷伯临床耐药菌株新基因组岛KpGI-2的结构和功能。方法采用PCR方法自一株肺炎克雷伯耐药菌株HS04160扩增得到新的插入序列KpGI-2，通过测序以及生物信息学方法分析其序列结构并推测其生物学功能，采用细菌生长试验证实其生物学功能。结果phe55 tRNA基因位点处PCR扩增得到的6．4kb的插入序列KpGI-2，序列分析发现其GC含量为38．03％，明显低于肺炎克雷伯菌株基因组平均的GC含量（57．5％）。KpGI-2中含有163bp的重复序列，可以确定为一个新的基因组岛。KpGI-2携带有5个orf，其中orf5与沙门菌属中的Fic（filamentation induced by cAMP）蛋白具有高度相似性。肺炎克雷伯临床菌株普遍携带有一个高度保守的fic基因以及一个相对保守的fic基因，携带有KpGI-2的临床菌株HS04160丢失了相对保守的fic基因。通过细菌生长试验分析发现orf5以及KpGI-2在cAMP诱导下对细胞生长具有调节作用，KpGI-2的功能可能与细菌生长的调节相关。结论KpGI-2是位于肺炎克雷伯临床菌株基因组岛插入热点phe55 tRNA基因位点上的一个新基因组岛，其携带的基因与细胞生长相关。; 陈楠蒋晓飞李敏魏取好陈晓耘欧兹宇吕元; 关键词：肺炎克雷伯菌细胞生长 FIC

NaHCO_3对发状念珠蓝细菌光合作用及生长的影响被引量：3: 2012年; 研究不同浓度的NaHCO3对液体悬浮培养发状念珠蓝细菌(Nostoc flagelliforme)生长,光合作用以及营养盐吸收的影响。在BG-11培养基中培养15d,结果表明,添加NaHCO3浓度为15mmol/L时,对发状念珠蓝细菌细胞生长有明显的促进作用,细胞生物量达到1.03g/L,胞外多糖含量为43.23mg/L,与空白对照(不加NaHCO3)相比分别提高了28%、52%,吸收NO3-和PO34-为0.91g/L、6.30mg/L。对数生长期时,真正的光合速率(净光合速率与呼吸速率之和)为103.84μmo(lO2)(/mg(Chl).h),与空白对照相比,提高39%。随着添加NaHCO3浓度升高,反而抑制了发状念珠蓝细菌细胞的光合作用以及生长。由此可知,培养基中加入适量NaHCO3能够促进发状念珠蓝细菌细胞生长。; 袁南南贾士儒戴玉杰陈楠丁振谭宁; 关键词：NAHCO3 光合作用

利用表型筛选法测定整合子对耐药性基因盒的整合频率被引量：4: 2008年; 目的建立一种利用表型筛选的方法来测定整合子对耐药性基因盒的整合频率。方法将整合子和aadA2耐药性基因盒克隆到同一质粒pACYC184的不同位点，该重组质粒和高表达整合酶的重组质粒分别转化大肠杆菌B121（DE3），挑选阳性克隆过夜培养后，取适量菌液涂布含有链霉素的LB琼脂平板，同时取适量菌液涂布不含链霉素的LB琼脂平板，过夜培养后计数菌落个数，用以计算整合频率。同时以链霉素平板上的阳性克隆为模板，进行PCR扩增。对扩增产物切胶回收纯化，然后进行测序，以确定aadA2耐药性基因盒整合位点。结果在大肠杆菌B121（DE3）宿主中，整合子对aadA2耐药性基因盒的整合频率为1．1×10^-3，主要的整合位点为attI。结论该系统可以用于整合子对基因盒捕获频率的测定。; 杨泽华蒋晓飞魏取好陈楠吕元; 关键词：整合子整合酶耐药性基因重组

利用酵母同源重组系统克隆肺炎克雷伯菌基因组岛: 2009年; 利用酵母同源重组系统克隆耐药性条件致病菌肺炎克雷伯菌的基因组岛.具体方法为:对20株从临床中分离的肺炎克雷伯菌进行体外tRIP PCR扩增以搜索外源基因组岛;利用酵母同源重组系统构建作用于arg6 tRNA基因位点的酵母捕捉载体YCV6并克隆该位点的基因组岛.结果表明:在该20株肺炎克雷伯菌中,arg6 tRNA基因位点的tRIP PCR结果都是1.2 kb,没有筛选到大基因组岛插入;所构建的酵母捕捉载体YCV6携带了2个1.8 kb的靶序列,分别与肺炎克雷伯菌arg6 tRNA基因位点两侧的保守序列同源;将线性化的载体YCV6与肺炎克雷伯菌临床株HS04044的总DNA一起转入酵母细胞,利用酵母同源重组克隆临床菌株HS04044染色体上插入arg6位点的小基因组岛.该位点特异性的捕捉载体YCV6可用于克隆肺炎克雷伯菌临床株染色体插入arg6位点的外源DNA序列.; 易梅陈楠张杰贺新义蒋晓飞贾士儒邓子新秦广雍欧竑宇; 关键词：重组克隆肺炎克雷伯菌

不同DEAE离子交换树脂纯化发菜多糖的比较研究被引量：4: 2009年; 用DEAE01﹑DEAE52﹑DEAE-Cellulose﹑DEAE-SephroseCL-6B离子交换树脂对发菜粗多糖进行纯化,多糖含量采用苯酚-硫酸法测定,并用考马斯亮蓝染色法测定多糖中的蛋白含量。4种树脂纯化后多糖的含量分别为64.7%﹑62.4%﹑80.0%和60.8%,而蛋白分别为1.911g/mL、2.397g/mL、1.938g/mL和2.959μg/mL。实验结果表明:DEAE-Cellulose纯化后发菜多糖不仅蛋白含量较低,且多糖含量最高。因此4种树脂中DEAE-Cellulose纯化发菜多糖的效果最好。; 戴玉杰秦韶燕贾士儒郭伟陈楠白晓波; 关键词：发菜多糖离子交换树脂纯化

膀胱移行细胞癌A激酶锚定蛋白12基因转录表达与其启动子区甲基化状态的相关性被引量：1: 2008年; 目的探讨膀胱移行细胞癌组织中A激酶锚定蛋白12（A-kinase anchoring protein 12，AKAPl2）基因mRNA表达水平和基因启动子区CpG岛甲基化程度及其与临床病理参数之间的关系。方法用荧光定量逆转录PCR（FQ-RT-PCR）和甲基化特异性PCR（MSP）检测30份膀胱移行细胞癌组织及其癌旁组织中AKAPl2基因mRNA的表达水平及其启动子区CpG岛甲基化状态。并用亚硫酸盐修饰后PCR产物进行克隆测序。结果在30份膀胱移行细胞癌患者组织标本中，AKAPl2在癌组织中表达下调比率为73．3％（22／30），在病理Ⅱ和Ⅲ级膀胱移行细胞癌中下调比率明显高于Ⅰ级（P=0．02）。MSP检测结果显示，膀胱移行细胞癌甲基化比率为53．3％（16／30），且与膀胱移行细胞癌TNM分期（r=0．52，Prs=0．03）和病理分级（r=0．61，Prs=0．01）有明显的相关性。结论AKAPl2基因启动子区出现的异常甲基化可导致其在膀胱移行细胞癌中的表达沉默，且与膀胱移行细胞癌的发生有关。; 刘维薇关明张华巍姜昊文杨泽华魏取好陈楠林勇吕元; 关键词：膀胱肿瘤移行细胞细胞周期蛋白质类

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陈楠