朱宝利
- 作品数：105 被引量：321H指数：11
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学轻工技术与工程更多>>
- 2020微生物组测序与分析专题序言
- 2020年
- 微生物是人体、动植物、土壤、沉积物、水体、空气等生境中最重要的生命体。对这些生境中微生物的分析已经成为一项基础的研究技术。微生物组测序与分析作为近年来快速发展的技术,已经在人类健康、环境污染治理、食品工业以及农牧业等领域得到了广泛应用。为了梳理和总结微生物组测序与分析技术的现状、发展状况和应用前景,本专题收录了16篇本领域的论文,分别从样本保存和处理、单菌基因组测序与分析、特殊生境中的微生物组特征分析、微生物组相关数据库和算法以及微生物组测序与分析专家共识等方面,详细介绍了微生物组测序与分析领域的发展态势,为推动我国微生物组测序与分析产业和科研的快速发展、促进微生物组相关产业的良性发展提供必要的参考。
- 段云峰朱宝利
- 关键词：基因测序RRNA
- 微生物组测序与分析专家共识被引量：5
- 2020年
- 在过去的十几年,微生物组相关研究和应用持续升温。微生物组逐渐成为生命科学、环境科学和医学等领域的研究焦点。与此同时,全球多个国家和组织也都积极发起各自的微生物组计划,进行多方面的布局,力争在这一具有广阔前景的领域获得战略地位。此外,无论是科研还是产业应用已经迎来了研究高潮和投融资热潮,微生物组相关产品和服务也不断出现。然而,行业在快速发展的同时,也存在一些不足。由于微生物组测序和分析相关技术和方法发展迅速,各国研究和应用尚未在技术、方案和数据等标准上达成统一,国内行业参与者对微生物组也存在认识不足,对微生物组相关新方法、新技术、新理论等还未能充分掌握和使用。除此之外,已有的一些标准和指南,内容过于简单,实操性也不足,这不仅给科研数据的整合造成了困难和资源浪费,还给相关企业进行不良竞争、以次充好提供了机会。更重要的是,我国尚缺乏微生物组相关的国家标准,国家微生物组计划仍处于筹备过程。在此背景下,中国生物工程学会、中国科学院微生物研究所于2019年6月至2020年3月,共同设立了“微生物组测序与分析专家共识”专项研究课题。中国生物工程学会组织了微生物组相关领域的27位专家以及来自行业内的30多位专业人员,通过分成4个项目小组、召开4轮研讨会后,最终形成了涵盖从微生物采集与保存、DNA提取与建库、高通量基因测序和数据分析以及质控标准品等全流程的“微生物组测序与分析专家共识”。本专家共识具有较强可参考性和可操作性,不仅能指导国内科研和产业机构规范进行微生物组相关产、学、研,还能为国家相关职能部门提供可参考的技术依据,保障规模型和规范化的企业利益,加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,最终促进微生物组相关产业的良
- 段云峰王升跃陈禹保杨瑞馥李后开朱怀球童贻刚杜文斌付钰胡松年王军辛玉华赵方庆鲍一明张雯李娟曾明牛海涛周欣李岩崔生辉袁静李俊桦王加义刘东来倪铭孙青邓晔朱宝利
- 不同保存液和保存期限下肠道微生物组的变化
- 2020年
- 肠道菌群与人体健康的关系密切,通过检测肠道菌群可以获得有关健康的信息。新鲜粪便不易获得,很难做到快速低温冷冻,在进行标准化和大规模人群采样时,可用于常温条件下采集和保存样本的保存液可以弥补采集样本数量多、地域分布广、现场采样条件多样、工作量大、运输条件差等条件不足。本研究招募了5名健康志愿者,采集他们的粪便样本后,通过对比不同市售微生物样本采集常温保存液对新鲜粪便样本的影响,评估了各类保存液的保存效果。在室温下把粪便放置于5种保存液,在第0、1、3、7、15、30天提取元基因组DNA,进行16S rRNA V3–V4区高通量测序,来分析不同保存液,在不同时间段对肠道菌群组成的影响。结果显示,不同保存液对肠道菌群的影响存在差异,与对照组相比,不同保存液对样本中的OUT数量影响不大;保存液A、B和C在菌群构成上更接近对照组,保存液D会明显改变肠道菌群组成,使放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)增加;随着时间延长,各类保存液都有降低菌群多样性趋势,保存液E降低菌群多样性更明显;第30天时,5种保存液都会改变肠道菌群构成;肠道菌群组成存在个体差异,是影响各样本相似性的主要因素,来自不同志愿者的粪便样本,无论何种保存液和保存时间,彼此之间更接近。不同保存液对革兰氏阳性杆菌、革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性菌的含量存在不同影响,保存液C、E会降低双歧杆菌(Bifidobacterium)丰度,而保存液D则相对升高;除保存液E相对降低乳酸杆菌(Lactobacillus)丰度之外,保存液A、B、C、D与对照都相当。各类保存液对链球菌(Streptococcus)的影响,除保存液D差异较大之外,保存液C与对照组最接近;保存液D比对照组降低瘤胃球菌科UCG 003(Ruminococcaceae UCG 003),其他各类保存液与对照组差异不大;不同保存液都比对照组增加大肠-志贺�
- 段云峰律娜蔡峰朱宝利
- 关键词：粪便肠道菌群保存液
- 用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物
- 本发明公开了用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物。本发明提供了引物对Ⅱ。本发明还提供了引物组合，由引物对Ⅰ和引物对Ⅱ组成。本发明还提供了引物对Ⅰ。引物对Ⅱ由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序...
- 朱宝利毛梦雨律娜张瑞芬
- 文献传递
- 市售酸奶中乳酸菌的鉴定与耐药性被引量：26
- 2013年
- 【目的】检测市售酸奶中乳酸菌的种类及其耐药情况。【方法】收集10种来自5个不同厂家的酸奶,通过细菌基因组重复基因外回文序列-PCR(repetitive extragenic palindromic-PCR,rep-PCR)结合16S rRNA同源性分析的方法对分离的乳酸菌进行基因分型和菌种鉴定。利用药敏纸片扩散法(K-B法)对分离的乳酸菌进行针对7种抗生素的药敏实验,用PCR特异性扩增结合测序的方法检测每个样品中不同基因型菌株的耐药基因(包括红霉素耐药基因erm A、erm B和四环素耐药基因tet M、tet K、tet S、tet Q、tet O、tet L、tet W)。【结果】10种市售酸奶中分离到100株乳酸菌。其中,德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii ssp.bulgaricus)23株,干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)26株,嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)30株,嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)5株,植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)6株,副干酪乳杆菌(Lactobacillusparacasei)10株。药敏实验发现所有100株乳酸菌均对链霉素和庆大霉素耐药,42株对万古霉素耐药,没有菌株对头孢氨苄,四环素,红霉素以及土霉素耐药。在28株经过16S rRNA测序的乳酸菌中检测到5种不同的耐药基因,在8株乳酸菌中检测到erm B基因,4株检测到tet K基因,2株菌检测到tet L基因,4株菌检测到tet M基因,2株菌检测到tet O基因,没有检测到erm A,tet S,tet Q,tet W基因。28株乳酸菌中有15株(53.57%)检测到耐药基因,其中有4株L.delbrueckii ssp.bulgaricus检测到2-3种不同的耐药基因。【结论】本研究在市售酸奶中除了检测到商品标签上标注的L.delbrueckii ssp.bulgaricus和S.thermophilus以外,还检测到商标上没有标注的乳酸菌;作为常用发酵剂的德氏乳杆菌保加利亚亚种和嗜热链球菌更容易检测到耐药基因;分离得到的乳酸菌均对红霉素和四环素敏感却检测到相应的耐药基因,再一次证明了没有耐药表型的菌株也可能携带耐药基因�
- 秦宇轩李晶王秋涯高可心朱宝利律娜
- 关键词：酸奶乳酸菌基因分型分子鉴定耐药基因
- 一株弯曲乳杆菌及其应用
- 本发明公开了一株弯曲乳杆菌及其应用。本发明公开一株弯曲乳杆菌(Lactobacillus crispatus)，其保藏编号为CGMCC No.9388。本发明公开的弯曲乳杆菌(Lactobacillus crispatu...
- 朱宝利张瑞芬李晶王江
- 文献传递
- 食品用乳酸杆菌和双歧杆菌泛基因组多态性及菌株间功能基因差异分析被引量：1
- 2023年
- 益生菌是一类有益于人体健康的微生物,主要包括细菌和真菌.益生菌的鉴定一直是学界亟需解决的技术问题,传统的分类学方法只能做种属水平的鉴定,而基于基因组学分析可鉴定到种或株水平.本研究对公共数据库中记载的我国《可用于食品的菌种名单》中的16种乳酸杆菌和5种双歧杆菌的基因组数据进行了全基因组比对分析,并应用核心基因平均核苷酸相似性(core genes average nucleotide identity,cANI)进行了物种的重新分类和鉴定方法探索.结果显示,乳酸杆菌和双歧杆菌的cANI值具有种属特异性,其中乳酸杆菌的cANI值在93.6%~99.6%之间,双歧杆菌的c ANI值在94.9%~98.1%之间,同时发现25株乳酸杆菌和1株两歧双歧杆菌有分类学错误.对247株乳酸杆菌和113株双歧杆菌基因组完成图的比对分析结果显示,乳酸杆菌和双歧杆菌菌株间的差异基因数目最多可达436个,菌株间的cANI相似值最小可达1个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).针对乳酸杆菌和双歧杆菌的毒力基因和耐药基因分析显示,在目前用于食品生产的菌株中均未发现毒力相关基因,同时发现有20%以上的菌株携带不同种类的耐药基因.结论:乳酸杆菌和双歧杆菌不同种的cANI值差异较大,有种属特异性,可用于益生菌的种属鉴定;同一物种不同菌株间的基因和SNP数目差异可用于菌株鉴定.
- 陈楠陈楠律娜李凤琴律娜向雪松陈历俊刘烈刚王红伟智发朝王欣陈卫刘烈刚朱宝利
- 关键词：毒力相关基因
- 益生菌与健康专题序言被引量：1
- 2022年
- 益生菌作为促进人体健康的微生物制剂,具有维持肠黏膜屏障功能,调节免疫功能和促进营养物质的代谢吸收等重要作用,因此,适当的饮用益生菌产品对肠道菌群紊乱、功能性消化不良、肠胃炎、腹泻、便秘、肠绞痛、肠易激综合征、炎症性肠病以及幽门螺旋杆菌感染等胃肠道疾病具有良好的应用。联合国粮农组织(FAO)和世界卫生组织(WHO)的联合专家委员会在2001年首次明确了益生菌的科学定义,即益生菌是指当摄取足够数量时,对宿主健康有益的活的微生物。
- 朱宝利杨瑞馥
- 关键词：肠黏膜屏障功能幽门螺旋杆菌感染肠绞痛胃肠道疾病肠道菌群紊乱
- 病毒感染性疾病与肠道微生物关系研究进展被引量：4
- 2021年
- 肠道微生物影响着人体的营养、代谢、免疫等多种生理活动,对人体健康有非常重要的影响。目前的研究表明,肠道微生物在病毒感染性疾病的感染及预后过程中发挥着重要的作用。本文分别总结了肠道病毒感染、非肠道病毒感染与肠道微生物的相互作用关系以及微生态调节干预病毒感染等内容,以期为相关研究的进一步深入和病毒感染性疾病的防治提供新思路。
- 曹德民宋晓峰朱宝利
- 关键词：肠道微生物病毒感染性疾病免疫系统抗病毒
- 益生菌促进胃肠道健康的机制及应用被引量：23
- 2022年
- 人体胃肠道内生活着大量微生物,它们影响着宿主的健康。益生菌是一种活的微生物,对维持肠黏膜屏障功能、调节免疫功能和促进营养物质的代谢吸收等具有重要作用;对肠道菌群紊乱、功能性消化不良、肠胃炎、腹泻、便秘、肠绞痛、肠易激综合征、炎症性肠病以及幽门螺杆菌感染等胃肠道疾病具有良好的应用。本文对益生菌与胃肠道健康的影响作简要概述,为普通消费者和专业人士了解和使用益生菌及其在日常胃肠道健康方面的作用提供支持。
- 段云峰蔡峰律娜朱宝利
- 关键词：益生菌乳酸杆菌双歧杆菌胃肠道肠胃炎幽门螺杆菌
