黄明辉
- 作品数：35 被引量：188H指数：9
- 供职机构：香港城市大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 应用高密度基因芯片筛选中枢神经系统发育和损伤相关基因的研究被引量：6
- 2004年
- 目的 探讨中枢神经系统 (CNS)发育、损伤相关基因 ,为基因工程治疗CNS损伤提供以一些可能的靶基因。方法 采用高密度的发育表达谱基因芯片 ,检测了在视神经发育、损伤共 8个不同的时相点上视神经的第一级投射站———外侧膝状体的基因表达情况。结果 以正常成年小鼠作为对照 ,共找到差异表达基因 2 0 41个 :高表达 (ratio≥ 2 )的基因 10 95个 ,其中在发育期间高表达的基因 5 60个 ,在损伤后高表达的基因 416个 ,在发育期间和损伤后均有高表达的基因119个 ;低表达 (ratio≤ 0 5 )的基因 946个 ,其中在发育期间低表达的基因 2 75个 ,在损伤后低表达的基因 45 8个 ,在发育期间和损伤后均有低表达的基因 2 13个。对高表达的 10 95个基因进行了功能检索、分组 ,共分为转录调节、信号转导、代谢和物质转运等 17组 ,其中在发育阶段数量最多的功能组是转录调节组和信号转导组 ,在损伤过程数量最多的功能组是代谢组和物质转运组。一些和轴突生长、导向、突触形成相关的基因Efnb3、Ptn、Nrp、Dbn1只在发育期间表达 ,抑制轴突生长的基因Rtn4只在损伤后表达 ,一个和神经元的迁移、轴突的生长相关的基因———Mdk在发育和损伤过程中均有高表达。结论 上述这些基因可能是视神经发育以及损伤。
- 刘运来黄明辉姚忠祥袁碧波孙榆张彦琦伍亚洲杨梦苏蔡文琴
- 关键词：基因芯片中枢神经系统发育
- 四环素致BALB/c小鼠肝脏毒性的基因表达谱研究被引量：5
- 2006年
- 目的利用毒理基因芯片技术研究四环素肝脏毒性效应的分子机制。方法利用本室构建的小鼠毒理基因芯片和四环素致BALB/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同剂量和时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,利用Gene OntologyConsortium分析系统并结合层次聚类对差异表达基因进行初步功能分析。结果四环素作用后引发肝脏多种基因表达改变,聚类分析发现高、低剂量四环素作用的表达谱明显差异,高剂量各时相点差异基因聚类分为4类,涉及的分子机制包括能量代谢抑制,蛋白质合成和降解增加,抗氧化体系受损,信号转导基因表达改变促进凋亡发生,以及药物代谢相关酶系基因抑制等。结论毒理基因芯片技术能够为我们在分子水平上提供四环素对小鼠肝脏毒性损伤机制的众多线索,为进一步生物学效应研究奠定基础。
- 高利宏敖林胡冉刘晋祎黄明辉杨梦苏曹佳
- 关键词：四环素基因表达谱肝脏小鼠基因芯片
- 深圳地区结核分枝杆菌耐利福平株rpoB基因突变分布被引量：3
- 2004年
- 目的 :调查深圳地区结核分枝杆菌耐利福平 (RFP)株rpoB基因突变的分布情况 ,建立结核分枝杆菌耐药基因快速检测的方法。方法 :对 5 5株结核分枝杆菌临床分离株的rpoB基因 2 80个碱基 (包括其核心区 75个碱基 )应用PCR 直接测序法 (PCR DS)测定序列 ,其中耐利福平株 5 1株 ,敏感株 4株。结果 :4株敏感株无突变 ,92 2 % (47/ 5 1)耐利福平临床分离株存在rpoB基因突变。基因突变导致 5 31位氨基酸突变率为 4 1 2 % (2 1/ 5 1) ;导致 5 2 6位氨基酸突变率为 2 9 4 % (15 / 5 1) ;导致 5 16位氨基酸突变率为 13 7%(7/ 5 1)。联合突变发生率为 2 0 % (1/ 5 1)。未检测到发生缺失或插入碱基突变的菌株。结论 :深圳地区结核分枝杆菌耐利福平株发生rpoB基因突变最常见的是 5 31位丝氨酸、5 2 6位组氨酸和 5 16位天冬氨酸的基因突变 ,三者突变率之和为 84 3% (43/ 5 1)。PCR DS方法可快速测定结核分枝杆菌RFP耐药基因突变。
- 单金岚单万水詹能勇黄慧平廖生赟向筑张旭黄明辉蔡佩欣杨梦甦
- 关键词：结核分枝杆菌利福平耐药基因RPOB基因DNA序列分析
- 云南石仙桃氯仿萃取物活性部位对人肝癌细胞HepG2的周期抑制作用被引量：6
- 2006年
- 目的通过体外实验研究云南石仙桃氯仿萃取物活性部位对人肝癌细胞株HepG2的细胞增殖抑制作用,并进一步研究其作用机理。方法采用噻唑兰(MTT)比色法测定对HepG2细胞生长增殖的影响;采用流式细胞仪技术和蛋白质电泳技术检测对HepG2细胞的细胞周期及相应的细胞周期蛋白表达的影响。结果云南石仙桃氯仿层活性部位通过下调周期蛋白Cyclin B1及其蛋白激酶p34cdc2的表达将HepG2细胞阻滞在G2/M期。结论云南石仙桃氯仿层活性部位对人肝癌细胞HepG2的细胞周期具有阻断作用。
- 王光辉郭晓宇王乃利黄明辉杨梦甦姚新生
- 关键词：云南石仙桃MTT比色法
- 神经网络方法在5,7,8位取代的喹诺酮类化合物定量构效关系中的应用被引量：2
- 2005年
- 目的探讨神经网络方法应用于5,7,8位取代的喹诺酮类化合物定量构效关系研究的效果。方法利用Matlab软件包构建一个三层的BP神经网络,对数据集进行计算,并将结果与线性回归进行比较。结果神经网络法的误差平方和为0.3042, 小于线性回归法,预测的相关系数为0.86。结论神经网络方法获得了比回归模型更精密的拟合。
- 郭波涛黄明辉柏干荣张彦琦杨梦苏易东
- 关键词：喹诺酮类化合物定量构效关系构效关系研究神经网络法软件包
- 4种药物致小鼠肝脏毒性的基因表达谱聚类分析被引量：2
- 2008年
- 目的在基因表达谱水平上观察红霉素、四环素、环磷酰胺、异环磷酰胺4种药物对Balb/c小鼠肝脏毒性效应。方法利用本室构建的小鼠毒理基因芯片和4种药物致Balb/c小鼠肝毒性动物模型,观察在药物作用不同时相点和剂量点上小鼠肝脏基因表达谱变化,结合层次聚类等手段对差异表达基因的生物学功能进行初步信息分析。结果共筛选出差异表达基因302个,其中282个参加了聚类分析。结果表明,环磷酰胺和异环磷酰胺组归为一类,红霉素和四环素归为另一类,不同时相和剂量组存在不同的聚类特征,一些差异表达基因在各药物组呈现共同上调或下调趋势。所有差异基因经genecards分析表明涉及脂肪代谢、蛋白质应激合成、抗氧化、炎症发生、细胞周期调控及药物代谢等多种生理功能。结论本研究揭示了与4种药物致Balb/c小鼠肝脏毒性相关的基因表达谱模式和特征基因群,为深入分析药物致小鼠肝毒性效应分子机制提供线索。
- 高利宏敖林胡冉刘晋祎曹佳黄明辉杨梦苏
- 关键词：基因芯片肝脏四环素环磷酰胺异环磷酰胺
- 基因芯片法诊断地中海贫血被引量：7
- 2003年
- 李明蔡佩欣聂李平黄明辉陶小梅李玉珠王晓玲向筑汪明春杨梦苏
- 关键词：基因芯片法地中海贫血
- 神经网络法在喹诺酮类化合物定量构效关系中的应用被引量：2
- 2005年
- 目的:以神经网络法研究喹诺酮类化合物定量构效关系。方法:利用Matlab软件包构建一个3层BP神经网络,对数据集进行计算,并将结果与线性回归法的计算结果进行比较。结果:神经网络法的误差平方和为0 .3042 ,小于线性回归法,预测的相关系数为0. 86。结论:神经网络法在喹诺酮类化合物定量构效关系研究中获得了比回归法更精密的拟合结果。
- 郭波涛黄明辉柏干荣杨梦苏易东
- 关键词：BP神经网络定量构效关系MATLAB
- 23-O-乙酰升麻醇-3-O-β-D-木糖苷对HepG2细胞的细胞毒性及其作用机制
- 目的研究23-O-乙酰升麻醇-3-O-β-D-木糖苷对HepG2细胞的细胞毒性及其作用机制。方法利用MTT法进行细胞毒活性初筛;用荧光染色细胞形态学观察法、流式细胞术和蛋白质杂交技术从细胞和分子水平研究该化合物的细胞毒作...
- 田泽斯建勇黄明辉柏干荣王婷杨梦甦肖培根
- 关键词：细胞形态
- 文献传递
- 基因表达数据聚类分析结果的评价方法研究被引量：12
- 2002年
- 目的 本文探讨基因表达数据聚类分析结果的评价方法 ,提供一种最佳聚类结果的判别准则。方法 从数据结构 (内部信息 )和功能分类 (外部信息 )两个方面对聚类结果进行评判。即一方面 ,采用Entropy(信息熵 )评判法 ,考察聚类结果与部分已知功能基因分类的符合程度 ;另一方面 ,采用adjust- FOM评价法 ,从数据结构的本身进行评价。我们综合两种方法得到一种新的评价方法 ,并称此方法为Entropy- FOM评价方法。结果 将该方法应用于Lyer的血清数据集和Ferea的酵母数据集对聚类分析结果进行了评价 ,给出了六种聚类方法的adjust- FOM图和Entropy- FOM图。结论 通过大量计算结果提示 。
- 易东杨梦苏李辉智黄明辉王文昌
- 关键词：基因表达聚类分析
