邵建林
- 作品数：5 被引量：41H指数：2
- 供职机构：中国计量学院生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划浙江省自然科学基金浙江省教育厅科研计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学一般工业技术机械工程更多>>
- 贝叶斯神经网络及其在蛋白质二级结构预测中的应用
- 借助计算机工具从氨基酸序列直接预测蛋白质三维结构,对于缩小蛋白质序列数据与结构数据数量之间的差距至关重要.蛋白质二级结构预测作为蛋白质三维结构预测的一种简化和过渡,继续得到广泛关注.通常,蛋白质二级结构预测的研究领域包括...
- 邵建林
- 关键词：蛋白质二级结构预测贝叶斯神经网络
- 文献传递
- 一种新的预测蛋白质二级结构的模型—贝叶斯神经网络被引量：2
- 2006年
- 提出了一种新的基于贝叶斯神经网络(BNN)的蛋白质二级结构预测方法。计算结果表明,BNN的性能优于反向神经网络(BPNN),平均Q3精度在四组交叉证实数据集与测试数据集下分别提高了3.65%和4.01%;还提出了一种有效缩短马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)模拟过程中“burn in”阶段的交叉证实初值选取方法。
- 邵建林徐东王兰州王翼飞
- 关键词：计量学蛋白质二级结构贝叶斯神经网络
- 贝叶斯神经网络在生物序列分析中的应用被引量：1
- 2004年
- 生物序列分析在生物信息学中占有重要地位 .本文对贝叶斯神经网络 (Bayesianneuralnetworks)及其在生物序列分析中的应用作了评述 .首先 ,简要地介绍了生物序列分析的重要性并对分析方法作了回顾 ;然后着重介绍了神经网络的贝叶斯学习及算法 ,并分析了算法的优点 ,同时介绍了贝叶斯神经网络在生物序列分析中应用的一个实例 ;最后展望了用贝叶斯神经网络进行生物序列分析的前景及面临的问题 .
- 邵建林史定华王翼飞
- 关键词：贝叶斯神经网络生物序列分析生物信息学过拟合数据挖掘基因序列
- 基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测被引量：1
- 2006年
- 蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.
- 刘阳张冬宁邵建林沈称意汤正诠王翼飞
- 关键词：支持向量机剖面
- 缺钾对水稻不同品种光合和能量耗散的影响被引量：37
- 2007年
- 试验测定了钾敏感型(二九丰)和钾钝感型(原丰早)两个水稻品种在缺钾处理41 d后其剑叶的生长、光合—光响应曲线、叶绿素荧光参数—光响应曲线和暗弛豫动力学曲线。结果表明,缺钾降低了水稻剑叶的光合作用,显著抑制了生长。但是缺钾条件下导致两个水稻品种净光合速率(Pn)下降的主导因子并不相同。在缺钾条件下,原丰早(YFZ)剑叶的Pn随气孔导度(Gs)和胞间CO2浓度(Ci)的下降而下降,但叶绿素荧光参数和叶绿素含量几乎没有变化,说明其Pn下降主要归于气孔的限制。缺钾处理41 d后,二九丰(EJF)在低光强下[<500μmol/(m2.s)],Pn随Gs和Ci下降,但在更强的光强下,Pn和Gs继续下降,而Ci开始上升,并在1200μmol/(m2.s)处超越了对照,说明此时主导因子不单受气孔限制,还受非气孔因子限制;它的光饱和点从1200μmol/(m2.s)下降到大约500μmol/(m2.s);同时,其荧光参数F’v/F’m、ФPSII、qP和ETR随光强上升而迅速下降,而L(PFD)、E和PP迅速增加,NPQ在<1200μmol/(m2.s)光强下上升,但是在高光强下却迅速降低,甚至低于对照,而且Fm、Fv/Fm下降,Fo上升,均说明缺钾处理可能使光合机构受到了伤害,发生了光抑制。对非光化学猝灭的分析得到其中间组分qNm可能起了更大的能量耗散作用,部分激发能从PSⅡ转移到PSⅠ,降低了PSⅡ耗散能量的压力。以上结果表明,两品种对钾敏感性不同极可能也与缺钾条件下光保护能力的差异有关。
- 孙骏威翁晓燕李峤邵建林
- 关键词：水稻缺钾光合作用能量耗散
