赵方庆
- 作品数：26 被引量：155H指数：7
- 供职机构：中国科学院北京生命科学研究院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院知识创新工程更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生化学工程环境科学与工程更多>>
- 微生物组测序与分析专家共识被引量：4
- 2020年
- 在过去的十几年,微生物组相关研究和应用持续升温。微生物组逐渐成为生命科学、环境科学和医学等领域的研究焦点。与此同时,全球多个国家和组织也都积极发起各自的微生物组计划,进行多方面的布局,力争在这一具有广阔前景的领域获得战略地位。此外,无论是科研还是产业应用已经迎来了研究高潮和投融资热潮,微生物组相关产品和服务也不断出现。然而,行业在快速发展的同时,也存在一些不足。由于微生物组测序和分析相关技术和方法发展迅速,各国研究和应用尚未在技术、方案和数据等标准上达成统一,国内行业参与者对微生物组也存在认识不足,对微生物组相关新方法、新技术、新理论等还未能充分掌握和使用。除此之外,已有的一些标准和指南,内容过于简单,实操性也不足,这不仅给科研数据的整合造成了困难和资源浪费,还给相关企业进行不良竞争、以次充好提供了机会。更重要的是,我国尚缺乏微生物组相关的国家标准,国家微生物组计划仍处于筹备过程。在此背景下,中国生物工程学会、中国科学院微生物研究所于2019年6月至2020年3月,共同设立了“微生物组测序与分析专家共识”专项研究课题。中国生物工程学会组织了微生物组相关领域的27位专家以及来自行业内的30多位专业人员,通过分成4个项目小组、召开4轮研讨会后,最终形成了涵盖从微生物采集与保存、DNA提取与建库、高通量基因测序和数据分析以及质控标准品等全流程的“微生物组测序与分析专家共识”。本专家共识具有较强可参考性和可操作性,不仅能指导国内科研和产业机构规范进行微生物组相关产、学、研,还能为国家相关职能部门提供可参考的技术依据,保障规模型和规范化的企业利益,加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,最终促进微生物组相关产业的良
- 段云峰王升跃陈禹保杨瑞馥李后开朱怀球童贻刚杜文斌付钰胡松年王军辛玉华赵方庆鲍一明张雯李娟曾明牛海涛周欣李岩崔生辉袁静李俊桦王加义刘东来倪铭孙青邓晔朱宝利
- Novel Algorithms for Structural Variation Detection in Human Genomes
- Background: Extensive studies reveal that cancer genomes are frequently altered in their chromosomal structure...
- 赵辉赵方庆
- 关键词：BIOINFORMATICSGENOMICVARIATIONINDEL
- 关于中国微生物组数据中心建设的思考被引量：3
- 2017年
- 近年来,美国、欧盟都陆续启动了微生物组相关的研究项目。但微生物组大数据的收集、存储、功能挖掘和开发利用一直是制约微生物组发展的核心问题。文章分析了我国目前在微生物组数据管理中存在着标准不统一、缺乏跨领域的数据整合、高质量的参考数据库和数据的深度挖掘技术等问题,提出适时启动"中国微生物组"计划,建立中国微生物组数据中心,在微生物组数据标准化的基础上,建立微生物组大数据计算、存储和共享平台,开发微生物组大数据挖掘的新方法,实现我国微生物组数据资源的系统管理和高效利用。
- 马俊才赵方庆苏晓泉徐健吴林寰
- 关键词：大数据
- Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs
- 赵方庆
- 胶州湾产蓝色素海洋链霉菌的初步研究被引量：3
- 2007年
- 在胶州湾沿海采取泥样和水样，从中分离了300余株海洋链霉菌（marine Streptomyces），并对其生理生化性质作了初步研究，建立了胶州湾海洋链霉菌菌种库。在该菌种库中，约有3％的菌株可产生天然蓝色素。其中一株海洋链霉菌（marine Streptomyces sp．）M259能够高产天然蓝色素。M259对绿脓杆菌（Pseudomonas areuginosa）、隐球菌（Crytococcal meningitis）有较强的抑菌活性。对其生理生化性质进行了鉴定，结果表明它可以利用可溶性淀粉、甘油、蔗糖、甘露醇、葡萄糖、D-半乳糖、果糖、阿拉伯糖、肌醇、木糖、D-甘露糖、核糖等碳源；能利用大部分氮源，尤其对酵母粉的利用很显著；最适生长pH为7．0～7．4；最适培养温度为28～30℃。结果提示它属于蓝色类群，并与天蓝色链霉菌（Streptomyces cyanogenus）和产蓝链霉菌（Streptomyces ceolicolor）亲缘关系最为密切。此外还优化了M259的发酵培养基和培养条件，使得蓝色素在摇瓶条件下，OD590达到7．74。通过对M259所产蓝色素性质的研究，发现此色素水溶性较强，耐热性较好，在酸性条件下呈红色，在碱性条件下呈蓝色。此外，毒性实验的结果表明所提纯的蓝色素没有毒性，为进一步开发和利用该色素提供了可能。
- 侯竹美王淑军赵方庆王宏华秦松崔洪霞
- 关键词：蓝色素毒性实验
- 重组藻胆蛋白及其制备方法和应用
- 本发明涉及基因工程领域，具体化地说是一种利用基因工程技术生产的重组藻胆蛋白及其制备方法和应用。基因重组藻胆蛋白是含有藻胆蛋白亚基氨基酸序列的多肽或其衍生物。制备方法是使用分子克隆手段从藻类中克隆藻胆蛋白基因；利用基因工程...
- 秦松林凡葛保胜唐志红赵方庆
- 文献传递
- 转化生物信息学研究前沿及挑战被引量：7
- 2015年
- 得益于高通量测序技术的长足发展,基因组、表观组和转录组等组学数据呈现出了爆炸式的增长,并且这一趋势将随着技术的发展而进一步延续。目前,全世界每年的生物数据产生总量已经高达EB级。如此海量的数据为我们深入了解生物学过程、疾病机理等多方面提供了前所未有的机遇。与此同时,生命科学研究领域的数据分析的挑战也日益严峻,多种不同维度数据的整合分析又使得这一挑战的形势更加急迫和严峻。
- 赵方庆方向东李亦学
- 关键词：生物信息学生物数据测序技术通信工程计算机科学基因组学
- 螺旋藻基因组结构分析和藻胆蛋白的适应性进化
- 螺旋藻(Spirulina，或称节旋藻Arthrospiral)是一类丝状不形成异型胞的蓝藻，常分布于湖泊、池塘和半咸水中。作为目前利用最广泛的经济微藻，螺旋藻的规模培养、生理生化以及分子遗传等都受到了广泛的关注。但由于...
- 赵方庆
- 关键词：螺旋藻藻胆蛋白基因组序列适应性进化
- 文献传递
- 牙菌斑生物膜的形成与控制被引量：22
- 2018年
- 牙菌斑生物膜是附着于牙釉质表面,由复杂的微生物群落构成的一种聚集体。牙菌斑生物膜的形成与生长对口腔健康有着直接或间接的影响,许多研究证实口腔疾病如龋齿和牙周病都与细菌的积累及牙菌斑的形成有关。在牙菌斑生物膜形态建成过程中,牙齿表面最初的定殖菌对生物膜的微生物组成和结构至关重要,这些初级定殖菌决定了后续与之结合形成共生体的微生物种类和数量。不同的微生物组成可能在与生物膜形成相关的口腔病理状况中发挥不同的作用。因此,本文就牙菌斑生物膜的生长及控制进行综述,介绍其微生物的早期定殖和成熟过程、以及通过物理和化学方法对牙菌斑生物膜的控制,以期为了解牙菌斑生物膜的形成机制及相关口腔疾病的预防和治疗提供有价值的参考。
- 乌日汉郭小娟王怡王金锋赵方庆
- 关键词：微生物牙菌斑生物膜龋病牙周病
- 胶州湾海洋链霉菌的初步鉴定及抑菌活性的研究被引量：9
- 2006年
- 对从胶州湾沿海泥样和水样中分离、纯化的297株海洋链霉菌进行了初步的生理生化鉴定,并采用牛津杯法检测了对大肠杆菌(Escherichia coli)、绿脓杆菌(Pseudomonas areugi-nosa)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、八叠球菌(Sarcinasp.)、隐球菌(Crypto-coccal meningitis)、白色念球菌(Candida albicans)、毛霉(Mucor miehei)和链霉菌Tu57(Streptomyces vividochromosenes)8株受试菌的抑制活性。结果表明,约有42.1%的菌株可抑制至少一种受试菌。结合16S rRNA鉴定,提示了部分活性菌株的分类地位,其中M165属于蓝色类群,M245属于白孢类群,M189属于青色类群,M239独立构成一个分支,有可能是新种。结果提示了胶州湾海洋链霉菌在抑菌活性物质研究开发方面的潜力。
- 侯竹美崔洪霞赵方庆高全秦松
- 关键词：抑菌活性RRNA
