余庆
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：北京蛋白质组研究中心更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 利用串联质谱鉴定氨基酸突变的生物信息学算法被引量：2
- 2014年
- 氨基酸突变能够改变蛋白的结构和功能,影响生物体的生命过程.基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学是目前大规模研究蛋白质组学的主要方法,但是现有的质谱数据鉴定流程为了提高鉴定结果的灵敏度往往会有意压缩数据库中的氨基酸突变信息.因此,如何挖掘数据中的氨基酸突变信息成为当前质谱数据鉴定的一个重要部分.当前应用于氨基酸突变鉴定的串联质谱鉴定方法大致可以分为3大类:基于序列数据库搜索的方法、基于序列标签搜索的算法以及基于图谱库搜索的算法.本文首先详细介绍了这3种氨基酸突变鉴定算法,并分析了各种方法的特点和不足,然后介绍了氨基酸突变鉴定的研究现状和发展方向.随着基于串联质谱的蛋白质组学的不断发展,蛋白序列中的氨基酸突变信息将被更好地解析出来,从而得以深入探讨由氨基酸突变引起的蛋白结构和功能改变,为揭示氨基酸突变的生物学意义奠定基础.
- 余庆吴松锋马洁朱云平舒坤贤
- 关键词：串联质谱
- Optimization of Multi-Level Protein Sequence Database Search Strategy
- Background:In recent years, mass spectrometry-based shotgun proteomics has become the major method for large-s...
- 余庆常乘吴松锋马洁朱云平舒坤贤
- 关键词：SHOTGUNPROTEOMICSPROTEINSEQUENCEDATABASEPEPTIDE
- 利用文本数据挖掘研究p53基因表达调控网络被引量：1
- 2012年
- 为了研究p53基因与其下游/靶基因的关联性,以了解p53基因表达调控网络,采用文本数据挖取方法,利用自编的Perl 5.10程序,对PubMed文献数据库中p53基因相关文献及人类基因本体数据库进行数据挖掘,并利用连锁聚类法构建p53基因表达调控网络图。结果发现,目标基因的频率分布同文本中所有基因本体的频率分布存在一定的关联性,低频基因的文本挖掘比例明显低于高频基因的文本挖掘比例。从而说明,p53基因表达调控网络中各基因的分布情况与基因频率有较大关系,而文本数据量对文本数据挖掘的准确率也有重要影响。
- 舒坤贤余庆李津臣吴咏竹
- 关键词：文本数据挖掘P53基因基因本体
