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徐奎栋: 作品数：124 被引量：406H指数：15; 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学农业科学天文地球环境科学与工程更多>>

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深海“铠甲勇士”——多鳞虫: 2019年; 多鳞虫是深海十分常见的多毛类,具有很强的生存和适应能力。鳞片是它们与生俱来的'铠甲',可保护柔软的身体不受恶劣环境和天敌的侵害。它们既是身披'铠甲'、威风凛凛、来去自如的'勇士',也是'任凭风浪起,稳坐钓鱼台'的隐士。; 吴旭文徐奎栋; 关键词：多毛类深海环境多毛纲热液喷口

海山不同水层的八放珊瑚多样性分布格局及驱动因素研究: 2024年; 海山是深海生物多样性的集聚地,而八放珊瑚是其中多样性高且占优势的类群,是海山脆弱海洋生态系统的指标类群,但迄今对其在全球海山的分布格局及驱动因素尚未报道。研究整理分析了全球341座海山的24352条八放珊瑚记录,探讨了八放珊瑚在200~1000 m和1000 m以深的分布格局及驱动因素。研究表明,200~1000 m水层八放珊瑚属级记录最多的网格分布在夏威夷群岛海域,1000 m以深为夏威夷群岛海域和西北大西洋。使用层级聚类分析海山群落相似性与Infomap Bioregions网络分析,可将200~1000 m的八放珊瑚划分为9个生物地理区,且阿拉斯加-加利福尼亚州海域、夏威夷群岛海域与热带太平洋海域分区明显;1000 m以深的水层可划分为11个生物地理区,加利福尼亚海域、太平洋中部与东南海域分区明显。Mantel test分析显示200~1000 m水层温度与生物地理区内的生物组成差异显著相关,层级聚类和网络分析显示溶解氧含量和流速亦为显著因子。通过T检验和Wilcoxon秩和检验分析表明200~1000 m和1000 m以深的部分八放珊瑚属对温度、溶解氧含量、盐度及流速等特定环境因子存在显著偏好,这可能是导致不同生物地理区八放珊瑚组成差异的重要原因。; 王婷婷韦杰鸿徐雨窦方坤徐奎栋赵峰; 关键词：网络分析大数据

基于多基因联合分析缘毛亚纲纤毛虫单系性问题: 18S rRNA基因已被公认为一个较为有效重建纤毛虫系统发育关系的分子标记,然而仅凭该基因不足以解决所有类群的亲缘关系问题,如本研究关注的缘毛亚纲纤毛虫单系性问题.基于该基因序列信息,之前不同的研究组运用不同的序列比对方...; 詹子锋徐奎栋

原生动物生态学与多样性专题研讨: 徐奎栋龚骏宁应之杨军

探秘深海海山: 2019年; 海山是深海大洋中的重要生态景观。据统计,海面下高度500~1 000米的海丘和超过1 000米高的海山,约占全球21%的海底面积。全球有30 000多座海山,但人类仅对其中约1%做过调查,也就是说,约99%的海山仍鲜为人知,这对舰船航行构成了极大威胁。海山特殊的地理特征和水文条件,造就了独特的生物群落和生态系统,是大洋渔业资源和海底矿产资源丰富的区域。与深海平原相比,海山具有生物多样性高、生物量高和特有种比例高等特点,而且生物种类多,生长缓慢,寿命长.; 徐奎栋; 关键词：深海大洋

南麂列岛砂质潮间带底栖硅藻多样性与群落结构的时空变化被引量：2: 2017年; 为了解南麂列岛国家级海洋自然保护区砂质潮间带底栖硅藻多样性与群落结构的现状及近20多年来的变化,于2013年11月至2014年8月,对南麂列岛火焜岙砂质潮间带的底栖硅藻进行了4个季节的采样和研究,并与1981–1993年有关的历史资料进行了比较分析。本研究共鉴定底栖硅藻49属120种,海岸曲解藻(Fallacia litoricola)、史氏双壁藻(Diploneis smithii)、稀疏双壁藻(D.parca)等17种为目前的优势种。Shannon多样性指数在2.388–3.445之间,以春季最高,秋季最低;在空间分布上依次为:中潮区>低潮区>高潮区。相似性分析(analysis of similarities,ANOSIM)表明底栖硅藻群落在不同潮区间差异显著,而季节差异不显著。BIOENV分析显示盐度与底栖硅藻群落结构的相关性最高。本研究结果表明,南麂列岛砂质潮间带的底栖硅藻群落结构近几十年来已发生了明显变化。与1981–1993年南麂列岛的3次调查数据相比,目级阶元减少了2个,科级阶元增加了7个,而属级和种级阶元较过去的29属55种有了显著增加,这可能是分类研究强度增加所致。但分类学多样性降低,平均分类差异指数Δ+由过去的79.79降至71.41;且过去记录的大个体固着类群被现今的小个体固着类群和间隙运动类群(epipelon)所取代,这可能是火焜岙过去人类活动频繁、有机质过量排放的长期效应所致。; 李宇航陈万东蔡厚才孙忠民徐奎栋; 关键词：底栖硅藻多样性群落结构优势种南麂列岛

莱州湾和牟平近海夏季小型底栖生物群落组成及环境状况分析被引量：5: 2018年; 为探究莱州湾和牟平近海小型底栖生物群落组成及影响因子,作者于2016年7月在这两个海域采集了沉积物样品,并结合沉积环境因子进行了小型底栖生物群落组成分析。结果表明,在莱州湾和牟平近海各仅检获了7个小型底栖生物类群,且莱州湾的小型底栖生物平均丰度和生物量均明显低于牟平近岸海域。莱州湾线虫和桡足类平均丰度分别占小型底栖生物的91.9%和6.3%,牟平近海分别占92.1%和4.2%。对两个海域小型底栖生物群落组成与环境因子进行Pearson相关性分析,结果显示:小型底栖生物丰度与底层水溶解氧含量呈显著正相关;表层小型底栖生物丰度比与沉积物中叶绿素a含量、脱镁叶绿素含量、沉积物有机质含量以及水深呈显著正相关,与中值粒径和底层水温度呈显著负相关。本研究显示,基于不同沉积物类型中的参考比值,线虫和桡足类丰度比值(N/C)可用于莱州湾和牟平近海沉积环境有机污染状况的评估。研究还发现,牟平海域的小型底栖生物丰度和生物量呈现由近岸向外海增加的异常趋势,且小型底栖生物的数量和类群多样性较十年前显著降低,显示沉积环境受到了明显干扰。; 蒲思潮史本泽张光涛徐奎栋; 关键词：小型底栖生物丰度

DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响: 2022年; 环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g),DNA洗脱法(2 g),RNA直接提取法(2 g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。; 李龙召黄平平徐奎栋赵峰; 关键词：EDNA 纤毛虫分子多样性

长江口邻近海域夏季底栖纤毛虫的多样性与群落结构特点被引量：2: 2020年; 采用Ludox-QPS方法,研究了2011年8月采自长江口邻近海域9个站位沉积物中纤毛虫的群落结构及分布特点,并结合沉积环境进行综合分析。结果表明,表层8cm沉积物中底栖纤毛虫的平均丰度为(2782±1493)cells/10cm^2,生物量为(10.06±6.41)μgC/10cm^2。长江口海域北部站位的丰度和生物量呈从近岸向外海增加,南部的站位呈现相反的分布趋势。在垂直分布上,62%的底栖纤毛虫分布在表层2cm,12%分布在5—8 cm。本研究共检获纤毛虫106种,隶属于15纲/亚纲,24目,69属,前口纲在丰度及生物量上均为最优势类群(丰度占45.5%,生物量占56.4%),核残迹纲在生物量上居第二位。就食性来看,肉食性纤毛虫物种数最多(44种),其丰度和生物量所占比例也最高(40.3%,66.8%),但在长江口外站位(M1站),菌食性纤毛虫为最优势摄食类群。分析表明,研究海域底栖纤毛虫群落结构与底层水盐度最相关。聚类分析结果显示,由于较多量的伪钟虫属(Pseudovorticella)和原领毛虫属(Prototrachelocerca)种类出现导致长江口北部L1站的纤毛虫群落结构不同于其他站位。本研究所获底栖纤毛虫的丰度和生物量较东海离岸海域已有研究结果均高,表层8cm沉积物中纤毛虫的丰度约是上层30m水柱中浮游纤毛虫的116倍,生物量约是后者的150倍。基于目前黄东海有关底栖纤毛虫物种多样性的已有报道,其多样性在长江口离岸海域高于近岸潮间带,且在离岸海域东海低于黄海。; 孟昭翠徐奎栋; 关键词：长江口多样性现存量

近海水体环境DNA沉降对沉积物中纤毛虫分子多样性评估的影响被引量：2: 2020年; 在陆架海区沉积物中,DNA高通量测序技术可检获大量浮游寡毛类和舞毛类等非底栖纤毛虫,这些源于水体的环境DNA(eDNA)如何影响对沉积物中纤毛虫分子多样性的评估,以及影响程度如何尚不明确。本研究选取了黄海冷水团中的两个站位,通过提取水体和沉积物中DNA和RNA,并采用直接提取法和洗脱法提取沉积物DNA,结合DNA和cDNA测序技术,探讨了水体和沉积物中纤毛虫分子多样性的关系。研究表明,基于洗脱DNA法、直接提取DNA法和cDNA法获得的沉积物中纤毛虫OTUs数分别为451、312和324个,其中211个OTUs同时由三种方法检获;而164个OTUs仅通过洗脱DNA法检获,其中89%为相对丰度低于0.1%的稀有类群。直接提取DNA法所获的寡毛类和舞毛类序列数占比达46%,而在洗脱DNA法和cDNA法中占比仅为12%和10%。沉积物中检获的43%—71%的舞毛类和寡毛类OTUs与浅层水(<40m)共有,仅19%—29%与深层水(>40m)共有,且这些共有的OTUs可同时在浅层水中检获。本研究发现,对沉积物中纤毛虫分子多样性评价造成影响的浮游类群主要来自浅层水,洗脱DNA与cDNA测序均可显著降低浮游类群eDNA的影响。鉴于洗脱DNA法较之cDNA法操作更简便,且避免了反转录过程导致的偏差,因此推荐用于对近海沉积物中纤毛虫等真核微生物的分子多样性研究。; 黄平平赵峰赵峰; 关键词：纤毛虫海洋沉积物分子多样性

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