刘晓辉
- 作品数：4 被引量：3H指数：1
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 全α类蛋白核心结构的折叠分类研究
- ＜正＞蛋白质结构分类和研究是后基因组时代的一项重要任务,也是探索蛋白质折叠、功能关系的有效方法。创立一种新型的分类体系就意味着对复杂的蛋白质结构有了进一步的理解。蛋白质结构分类可以包括不同层次,如折叠类型、拓扑结构、家族...
- 刘晓辉李晓琴
- 文献传递
- 构建基于折叠核心的全α类蛋白取代矩阵被引量：3
- 2008年
- 氨基酸残基取代矩阵是影响多序列比对效果的重要因素,现有的取代矩阵对低相似序列的比对性能较低.在已有的BLOSUM取代矩阵算法基础上,定义了基于蛋白质折叠核心结构的序列-结构数据块;提出一种新的基于全α类蛋白质折叠核心结构的氨基酸残基取代矩阵——TOPSSUM25,用于提高低相似度序列的比对效果.将矩阵TOPSSUM25导入多序列比对程序,对相似性小于25%的一组四螺旋束序列-结构数据块的测试结果表明,基于TOPSSUM25的多序列比对效果明显优于BLOSUM30矩阵;基于一个BAliBASE子集的比对检验也进一步表明,TOPSSUM25在全α类蛋白质的两两序列比对上优于BLOSUM30矩阵.研究结果可为进一步的阐明低同源蛋白质序列-结构-功能关系提供帮助.
- 刘晓辉李晓琴徐海松任文科
- 关键词：蛋白质结构多序列比对
- α类蛋白折叠类型的氨基酸取代矩阵研究
- 本文发展了BLOSUM矩阵,定义了基于蛋白质折叠类型的序列-结构数据块,提出一种新的基于蛋白质折叠类型的氨基酸残基相互作用取代矩阵——TOPSSUM25,将矩阵TOPSSUM25导入多序列比对程序,对相似性小于25％的一...
- 刘晓辉李晓琴任文科徐海松
- 关键词：蛋白质结构多序列比对折叠类型
- 文献传递
- α类蛋白折叠核心注释数据库及氨基酸残基取代矩阵研究
- 蛋白质序列-结构-功能的关系问题是分子生物学的核心问题之一。在同源蛋白质家族中，大量相似序列的蛋白质具有相似的结构和功能。但是，在许多蛋白质超家族和拓扑结构分类层次中，序列差异很大的蛋白质分子却也具有明显类似的结构和功能...
- 刘晓辉
- 关键词：蛋白质多序列比对氨基酸残基数据库
- 文献传递
