辛静
- 作品数：19 被引量：59H指数：4
- 供职机构：西南林业大学更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项云南省教育厅科学研究基金更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生更多>>
- 云南火焰兰高通量转录组测序分析被引量：2
- 2021年
- 云南火焰兰(Renanthera imschootiana Rolfe)是濒临灭绝的附生植物,关于其分子水平的研究少有报道。为了获得云南火焰兰相关基因组基础信息,本研究通过Illumina HiSeqTM4000技术对云南火焰兰叶片进行转录组测序,并利用相关生物信息学数据库对其进行序列比对和数据分析。分析结果表明:共获得77888条功能基因(Unigenes),其N50为1348 bp,平均长度为805 bp,Q20和Q30序列分别占98.04%和94.32%。经比对,在Nr、KEGG、KOG、Swiss-prot、GO等数据库中能得到注释的Unigene分别为31298、29356、14852、15697、17645条。在GO数据库中,共得到24473个GO功能,将其分为3个大类和47个亚类,以生物过程这一类别所注释的基因数最多;KOG功能注释信息有17743个,将其分为25个基因功能大类,其中基因数目较多的分别是一般功能基因和信号传导机制的相关基因;在KEGG中涉及的相关通路可将其归为19个亚类,其中以代谢通路较为突出。此外,对云南火焰兰转录组Unigene进行CDS比对和预测,共预测到2317条CDS,其大小主要集中在200-500 bp,占总CDS的79.41%。本研究可为云南火焰兰乃至火焰兰属植物功能基因的挖掘、利用以及遗传育种等方面的工作提供一定的科学依据。
- 辛雅萱辛静瞿绍宏董章宏姚国琼杨琳懿冯发玉唐军荣
- 关键词：转录组UNIGENE
- 高粱泡叶绿体基因组特征分析被引量：3
- 2022年
- 【目的】解析高粱泡(Rubus lambertianus)叶绿体基因组特征。【方法】采用高通量测序技术对高粱泡叶绿体基因组进行测序,经组装和注释后,对其叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性等特征分析,并使用maximum likelihood法构建高粱泡与48个悬钩子属及2个路边青属植物的系统发育树。【结果】高粱泡叶绿体基因组结构为经典四段式结构,其大小为156266 bp,总GC含量为37.2%,大单拷贝区和小单拷贝区长度分别为85849和18855 bp,反向互补重复区长度为25781 bp,共注释131个基因,包含86个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。高粱泡叶绿体基因组密码子中有33个以A、U结尾,18个密码子确定为最优密码子;ENC-plot等绘图分析揭示其密码子偏好性更多地受自然选择影响。系统发育树表明:高粱泡与棕红悬钩子亲缘关系最近,其次是蛇泡筋和锈毛莓。【结论】高粱泡的叶绿体基因组相对较大,且较为保守,并与棕红悬钩子亲缘关系最近。研究结果可为高粱泡乃至悬钩子属植物叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考。
- 赵文植董章宏辛静沈伟祥王飞徐建常晓勇辛培尧
- 关键词：叶绿体基因组密码子系统发育
- 基于SSR标记的紫溪山华山松种子园无性系遗传多样性分析被引量：10
- 2021年
- 【目的】为明确楚雄市紫溪山华山松种子园内各种源无性系的遗传结构及其亲缘关系,对该种子园内6个种源的97个无性系进行SSR遗传多样性分析。【方法】利用改良CTAB法,提取97个华山松无性系DNA,用前期筛选出的26对高多态性引物对所有DNA样品进行SSR-PCR扩增,并统计其多态性条带信息,最后用POPGEN 1.32、NTSYS 2.10和Structure 2.3.1软件对其遗传多样性进行分析。【结果】(1)在群体水平上,6个种源的N_(a)范围为3.7308~4.8077,均值为4.2371,N_(e)为2.9011,H为0.6376,I为1.1865,表明华山松各种源均具有较高的遗传多样性。(2)聚类分析表明:地理距离较近的种源其遗传差异并不一定近,UPGMA聚类图并未将地理位置较近的种源归为一类。(3)华山松的基因流N_(m)均值为4.1503,说明华山松种源间的遗传交流较多。【结论】华山松无性系种源间遗传变异不高,其主要遗传变异存在于种源内,研究结果可为利用该种子园内的不同无性系进行华山松遗传改良提供理论依据及实践指导。
- 辛静高丽云徐剑赵文植王正德李卫英王飞辛培尧
- 关键词：华山松无性系SSR
- 一种华山松基因组SNP的开发方法和应用
- 本发明涉及基因领域，具体涉及一种华山松基因组SNP的开发方法及应用，以SLAF‑seq技术为核心，对209份华山松优良单株进行多态性SNP标记开发，共获得了3469074个SNP标记；经GWAS关联分析后，获得了与胸径相...
- 辛培尧王正德叶鹏刘成王飞辛静董章宏瞿绍宏
- 文献传递
- 香花枇杷质体基因组序列密码子偏性分析被引量：20
- 2021年
- 选取香花枇杷质体基因组进行密码子使用偏好性的生物信息学分析,用于理解其密码子使用偏性的主要原因,为今后该属植物基因的进化、起源以及转化体系中载体构建等方面研究提供借鉴。利用Codon W 1.4.2、SPSS statistics 17.0、Excel 2016和cusp等软件对筛选出的37条基因编码序列密码子进行最优密码子分析、中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot绘图分析。结果表明,ENC平均值为47.02;GC3与GC1、GC2的相关性均不显著;GCall为39.08%,GC1(48.79%)>GC2(40.18%)>GC3(28.44%);RSCU>1的29个密码子中有28个以A或U结尾;PR2-plot绘图分析显示多数位点偏离中心,落于左下方位置;确定了UUU、UUG、CUU等15个最优密码子。香花枇杷叶绿体基因组中,同义密码子的使用偏性较弱(47.02);密码子的第1、2位碱基组成比较相似,但均不同于第3位;整体A、U含量大于C、G,末位碱基以A、U为主,且嘧啶的使用频率高于嘌呤;香花枇杷叶绿体基因组密码子的使用模式主要受到选择、突变的和其他因素的综合作用影响。
- 屈亚亚辛静冯发玉董章宏瞿绍宏王海洋李斌辛培尧
- 关键词：叶绿体基因组密码子偏性
- 一种用于早期滇杨性别鉴定的方法
- 本发明公开了一种用于早期滇杨性别鉴定的方法，包括以下步骤：步骤一：配制试剂和随机选取滇杨雌雄株幼嫩无病虫害的叶片提取DNA；步骤二：RAPD引物获取；步骤三：将叶样DNA与引物进行PCR扩增，筛选特异性条带的RAPD引物...
- 辛培尧李启少杨沁雨陈棋董章宏辛静沈伟祥赵文植徐剑王正德夏茂甜李卫英王飞李凤冯发玉杨琳懿屈亚亚辛雅萱
- 文献传递
- 云南火焰兰转录组SSR分布及其序列特征分析被引量：7
- 2020年
- 【目的】分析云南火焰兰转录组中SSR分布及其序列分布特征,为大量开发EST-SSR引物及开展火焰兰属乃至兰科植物的SSR遗传多样性分析、种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种提供理论依据。【方法】以云南火焰兰无菌苗幼嫩叶片为材料,利用高通量测序技术进行转录组测序,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并以MISA对获得的Unigene进行SSR位点搜索,然后利用Excel 2010对云南火焰兰转录组中SSR出现频率、平均分布距离、基元类型及其重复类型组成等进行统计分析。【结果】从77888条去冗余的Unigenes序列中搜索到5051个SSR位点,其中有414个属于复合型SSR位点,实际以4637个SSR位点进行分析,SSR出现频率为5.95%,平均分布距离13.53 kb。SSR位点中,二核苷酸为主要重复基元类型,数量最多,占SSR总数的52.21%,其次是三核苷酸重复基元,占39.42%,四核苷酸重复基元~六核苷酸重复基元数量较少。其中,二核苷酸重复基元中的主要重复类型为CT/GA,占SSR总数的20.64%,三核苷酸重复基元的主要重复类型为CTT/GAA,占SSR总数的4.70%。SSR基元各重复类型的重复次数以5~8次居多,占SSR总数的73.35%,其中,占比最多的是6次重复,占SSR总数的26.98%,其次是5次和7次,分别占SSR总数的23.08%和14.02%,且SSR数量随各基元重复次数的增加而降低。云南火焰兰转录组中SSR基序的平均长度是18.28 bp,其中大小为12~20 bp的SSR基序占SSR总数的77.49%,21~30 bp基序占SSR总数的17.88%,大于30 bp的基序占SSR总数的4.63%,且SSR分布频率随基序长度的增加而下降。【结论】云南火焰兰转录组SSR中低级基元类型较丰富,开发出多态性高的SSR引物潜力较高,可用于云南火焰兰乃至火焰兰属植物的遗传多样性及种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种等研究。
- 辛静辛雅萱董章宏瞿绍宏姚国琼李凤屈亚亚唐军荣
- 关键词：转录组SSR
- 组织培养结合秋水仙素诱导滇杨四倍体的方法
- 本发明涉及植物组培技术，尤其是一种组织培养结合秋水仙素诱导滇杨四倍体的方法，其特征在于组织培养时，以滇杨的叶柄作为组培材料，并在滇杨叶柄分化培养基中加入秋水仙素诱导滇杨产生多倍体，处理时间为20-30天，处理完后转入未附...
- 辛培尧何承忠李根前姜华田斌孙正海唐军荣王大玮辛静
- 无毛青藤叶绿体基因组解析及系统发育分析被引量：1
- 2023年
- 【目的】根据基因组浅层测序结果,解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列(SSR)位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料,对其叶绿体基因组进行测序,组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中,GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区(LSC,85 225 bp)、小单拷贝区(SSC,18 779 bp)以及反向重复序列(IRs,26 254 bp)。4个区段中,IR区的GC含量最高(43.3%),LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因,其中,84个位于LSC区,SSC区13个,两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点,碱基组成以A/T碱基类型为主;33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性,并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支,其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外,其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿体基因组的基因构成和顺序较为保守,大多数变异存在于相邻基因间隔区内。【结论】无毛青藤的叶绿体基因组相对较大,且较为保守,并与大花青藤具有较近的亲缘关系。研究结果可为无毛青藤及其近缘种叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考。
- 赵文植杨琳懿曹正英辛静马路遥王飞李卫英辛培尧
- 关键词：叶绿体基因组系统发育
- 无籽刺梨种苗快速扩繁的方法
- 本发明涉及一种植物无性繁殖苗木的方法，特别是一种无籽刺梨种苗快速扩繁的方法，按以下步骤进行：1.腋芽诱导启动培养阶段；2.腋芽快速增殖阶段，将伸长的腋芽切成2厘米长带1-3个叶腋的茎段，接种于增殖培养基上，进行增殖培养，...
- 李永和唐军荣辛静辛培尧林源
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