苏晓泉
- 作品数：16 被引量：12H指数：2
- 供职机构：中国科学院青岛生物能源与过程研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术经济管理更多>>
- 基于多核CPU和GPGPU硬件的高通量测序数据质量控制系统
- “基于多核CPU和GPGPU硬件的高通量测序数据质量控制系统”是针对传统计算机无法满足对海量高通量测序数据进行质量控制的分析要求，根据高通量测序数据处理中海量数据可并行处理的特点，提出一种基于多核CPU和GPGPU(通用...
- 周茜宁康苏晓泉徐健
- 文献传递
- 活体单细胞拉曼分析平台数字控制系统和方法
- 本发明涉及单细胞分选领域，具体的说是一种活体单细胞拉曼分析平台数字控制系统和方法。系统包括仪器控制模块、细胞图像识别分析模块、拉曼分析处理模块和单细胞筛选控制模块；方法包括：输入样本、数据采集、边缘检测和坐标识别、仪器控...
- 任立辉宁康苏晓泉徐健肖航
- 文献传递
- 基于多核CPU硬件的高通量转录组测序数据质量控制方法
- 本发明是一种基于多核CPU硬件的高通量转录组测序数据质量控制方法。包括：利用多核CPU对高通量转录组测序数据进行并行处理，得到去除低测序质量序列的数据；利用多核CPU对去除低测序质量序列的数据中的rRNA序列进行预测和去...
- 周茜宁康苏晓泉徐健
- 文献传递
- 基于微生物组的口腔“亚健康状态”检测被引量：6
- 2017年
- 口腔亚健康是指口腔处于健康与疾病状态之间的一种状态,其灵敏辨别与准确检测对于维护儿童和成人群体的身心健康均具重大意义。最新研究表明,口腔共生菌群的特异性结构或功能变化可先于口腔临床症状出现,因此具备预测疾病发生的潜力。首先,综述了口腔菌群与口腔内生态位、宿主年龄、疾病状态等的关联,讨论了基于口腔菌群定义与检测牙齿、牙周组织的亚健康状态的现有证据及潜力;其次,以微生物组大数据和单细胞分析为例,探讨了新一代微生物组分析技术的最新进展和应用前景。基于微生物组的口腔亚健康状态检测与机制研究,将为口腔乃至全身的精准医疗与精准护理提供新思路和新工具。
- 黄适滕飞杨芳朱鹏飞苏晓泉马波徐健
- 关键词：口腔菌群亚健康龋病牙周疾病宏基因组
- 元基因组学及其在转化医学中的应用被引量：1
- 2015年
- 微生物群落遍布于人体的每个角落,与人共生并对人体健康产生重要和深刻的影响。与人类共生的全部微生物的基因组总和称为"元基因组"或"人类第二基因组"。研究人体微生物群落及相关元基因组数据,对转化医学领域的基础研究和临床应用具有重要的价值。通过对生物医学相关的高通量元基因组数据进行分析,不仅能为基础医学研究向医学临床应用转化提供新思路和新方法,而且具有广阔的应用前景。基于新一代测序技术产生的数据,元基因组分析技术和方法能够弥补以往人体微生物先培养后鉴定方法的缺陷,同时能有效鉴定和分析微生物群落的组成及功能,从而进一步探究和揭示微生物群落与机体生理状态之间的关系,为解决许多医学领域的难题提供了全新的切入角度和思维方法。文章系统介绍了元基因组研究的现状,包括元基因组的方法概念和研究进展,并以元基因组在医学研究中的应用为着眼点,综述了元基因组在转化医学方面的研究进展,进一步阐述了元基因组研究在转化医学应用领域中具有的重要地位。
- 陈嘉焕孙政王晓君苏晓泉宁康
- 一种基于高通量测序技术的中药制剂生物成分分析方法
- 本发明提供了一种基于高通量测序技术的中药制剂中生物成分分析方法：即基于中药制剂中的生物成分，对中药制剂的处方物种和杂质物种同时进行分析。该方法包括以下步骤：1）对中药制剂中生物成分的基因组DNA进行提取；2）对选定的DN...
- 宁康白虹苏晓泉程新玮赵焕新徐健陈晓华
- 文献传递
- 关于中国微生物组数据中心建设的思考被引量：3
- 2017年
- 近年来,美国、欧盟都陆续启动了微生物组相关的研究项目。但微生物组大数据的收集、存储、功能挖掘和开发利用一直是制约微生物组发展的核心问题。文章分析了我国目前在微生物组数据管理中存在着标准不统一、缺乏跨领域的数据整合、高质量的参考数据库和数据的深度挖掘技术等问题,提出适时启动"中国微生物组"计划,建立中国微生物组数据中心,在微生物组数据标准化的基础上,建立微生物组大数据计算、存储和共享平台,开发微生物组大数据挖掘的新方法,实现我国微生物组数据资源的系统管理和高效利用。
- 马俊才赵方庆苏晓泉徐健吴林寰
- 关键词：大数据
- 服务于微生物群落研究的高性能元基组数据分析平台
- 2011年
- "服务于微生物群落研究的高性能元基因组数据分析平台"是一个服务于新一代微生物群落元基因组研究的应用系统,采用并行化的高性能元基因组分析算法,基于GPGPU CUDA架构和多核心CPU、提供面向互联网的开发共享服务的协同科研平台,从而使得科研工作者、宽带网络、大容量存储设备、高性能计算资源、基因测序仪及其它相关科研仪器、数字文献资源、相关处理算法和工具融为一体,消除了地域、时间、机构之间的边界,提供了全新的科研活动模式。该平台有力的支撑国内外三十多个元基因组研究,进而促进生物能源、环境生物监测与治理、营养与健康等领域针对微生物群落结构与功能的认识与改造。
- 苏晓泉徐健宁康
- 关键词：微生物群落生物信息学协同工作平台
- 服务于微生物群落研究的高性能元基组数据分析平台
- “服务于微生物群落研究的高性能元基因组数据分析平台”是一个服务于新一代微生物群落元基因组研究的应用系统，采用并行化的高性能元基因组分析算法，基于GPGPU CUDA架构和多核心CPU、提供面向互联网的开发共享服务的协同科...
- Su Xiaoquan苏晓泉Xu Jian徐健Ning Kang宁康
- 关键词：微生物群落生物信息学协同工作平台
- 基于元基因组相似度网络的微生物群落数据挖掘
- 自然界中的微生物绝大多数并不是孤立存在的，它们通常以“微生物群落”的形式共存，相互协同，适应环境的变化而繁衍不息；同时，它们的生命活动也对环境产生一定的甚至是深远的影响。我们把一定环境下整个微生物群落中的所有遗传信息的总...
- 苏晓泉徐健宁康
