申小娜
- 作品数：22 被引量：49H指数：5
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项青海省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 野生型鼠疫噬菌体YP060的分离和生物学特性鉴定被引量：9
- 2016年
- 目的从鼠疫疫源地鼠巢中分离1株野生型鼠疫噬菌体（YP060）并分析其生物学特性。方法采用双层琼脂平皿法从云南省鼠疫疫源地鼠巢中分离鼠疫噬菌体；描述其形态特征；了解裂解能力、宿主谱、最佳感染复数、一步生长特性；分析不同温度和pH值、紫外线、氯仿对噬菌体的敏感性。结果YP060形态呈蝌蚪形，头部为正多面体结构，带有一伸缩的尾鞘；对鼠疫疫苗株EV76的最佳感染复数为0．1；潜伏期为50min，暴发期为80min；宿主谱评价显永，YP060仅裂解鼠疫疫苗株；YP060在30～50℃具有较强的热稳定性；pH值5～10范同内均有较强的裂解活性；对紫外线比较敏感；对氯仿不敏感，5％浓度的氯仿对其活性基本没有影响。结论本研究为国内首次从鼠疫疫源地鼠巢中分离到鼠疫噬菌体YP060，该噬菌体具有窄宿主谱和较强的生物学裂解特性。
- 李存香王鹏申小娜张海鹏丁奕博陈邬锦和映天和琼光黄英李振军李伟
- 关键词：鼠疫噬菌体鼠疫菌生物学特性
- 云南玉龙与青藏高原鼠疫菌差异序列的比对研究被引量：2
- 2019年
- 目的观察云南玉龙鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因组上的差异及遗传学特征。方法应用BLAST软件,将鼠疫D106004和Z176003菌株编码序列(CDS)进行差异比对。选取22个差异CDS,设计相应引物22对,在来源不同(青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地和云南齐氏姬鼠、大绒鼠鼠疫自然疫源地)、时间跨度约50年、分布地区包括西藏、青海、四川、甘肃、云南的6种生态型119株鼠疫代表性菌株进行PCR扩增,并将PCR产物测序验证。菌株均来自中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室。结果119株鼠疫代表性菌株的22个差异CDS,PCR扩增产物实际测序结果累计序列长度为2.13 × 10^6 bp;差异CDS在云南玉龙D106004与青藏高原Z176003菌株所属疫源地内119株鼠疫代表性菌株中同源性较高,78.2%(2 047/2 618)序列不存在差异,21.8%(571/2 618)序列上存在缺失、错义、移码3类基因突变差异。差异特征在疫源地6种生态型鼠疫菌株中稳定存在,呈现6种不同的地理分布。结论云南玉龙D106004和青藏高原Z176003菌株,二者同源性较高,亲缘关系相近,基因组上存在的差异较小,但不同生态型菌株的遗传性特征稳定存在.
- 王梅唐新元海荣俞东征梁莹张恩民张志凯申小娜李伟
- 关键词：自然疫源地
- 中国新发鼠疫疫源地菌株全基因组序列测定及其溯源分析
- (Plague)是一种自然疫源性疾病,原本发生在鼠疫自然疫源地内的啮齿类动物之间,通过寄生于啮齿类动物体表的蚤类传播.为了进一步了解这一新发疫源地性质和流行规律，对所分离鼠疫菌及相邻疫源地鼠疫菌进行了全基因组序列测定和分...
- 申小娜
- 关键词：全基因组序列测定亲缘关系
- 从土壤样本中分离鼠疫噬菌体方法的建立被引量：4
- 2018年
- 目的建立由土壤环境中分离鼠疫噬菌体的方法。方法采用点滴法和双层琼脂平皿法分离模拟土壤中的鼠疫噬菌体。结果分别加入5、50、500、1 000μl鼠疫噬菌体的模拟土壤样本,通过点滴法分离噬菌体结果显示,过滤液在稀释前均出现明显的噬菌斑,高压灭菌的模拟土壤样本中鼠疫噬菌体的最小检出量为30 PFU噬菌体颗粒;通过双层琼脂平皿法检测模拟土样中鼠疫噬菌体的结果显示,4个模拟土壤样本在双层琼脂平皿上均出现明显的噬菌斑,且不同浓度模拟土壤样本过滤前后鼠疫噬菌体的效价都会降低两个数量级以上。结论采集的环境样本中野生型鼠疫噬菌体含量很少时,可通过富集提高鼠疫噬菌体的分离率。双层琼脂平板法检测鼠疫噬菌体,既能检测出噬菌体,又能较准确地测定其效价。
- 李存香李伟王鹏申小娜李振军祁芝珍
- 关键词：点滴法土壤
- 初步研究我国土拉菌的亚种及遗传进化关系被引量：3
- 2011年
- 目的研究我国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法对于来源于我国北方地区的10株土拉菌,采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR,根据扩增产物片段长度来判断所属亚种;同时,使用fopA、tul4和16SrRNA引物,进行3种特异基因的PCR,然后测序;这10株土拉菌及网上已公布基因组序列的3株B型土拉菌、1株subsp.novicida,应用MEGA4软件,进行3种特异基因为基础的系统进化分析。结果采用2种型特异引物C1C4和RD1,鉴定10株土拉菌均为B型亚种;根据MEGA4构建的进化树,我国10株土拉菌可以分为2种基因型,410108、410109和410111为B1型,另外7株土拉菌为B2型;而国外的3株B型土拉菌归为B3型。结论我国北方地区分离的土拉菌可能以B型为主,对于土拉菌B型亚种的起源,我国土拉菌可能早于欧美国家。3种基因为基础的系统进化分析可作为土拉菌基因分型的一种可靠方法。
- 王艳华海荣张志凯夏连续蔡虹梁莹申小娜俞东征
- 关键词：土拉弗朗西斯菌系统进化分析基因型聚合酶链反应
- 我国鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性特征研究被引量：1
- 2012年
- 目的了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性（SNP）特征。方法利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对，选择其中的13个基因片段（19个SNP位点）在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序，并对序列进行UPGMA聚类分析。结果全基因组比对共筛查出3780处序列差异位点。通过对不同SNP位点组合的聚类分析发现我国鼠疫菌具有明显的地理区域性和生态型聚集性特征。结论SNP作为一种比较稳定的遗传标记，可以较好地反映我国不同鼠疫自然疫源地耶尔森鼠疫菌的基因组特征。
- 王娜申小娜俞东征夏连续魏建春蔡虹徐冬蕾陈晨崔志刚梁莹徐大琴雒涛海荣
- 关键词：聚类分析
- 青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌遗传特征分析被引量：2
- 2018年
- 目的研究青藏高原喜马拉雅鼠疫疫源地那曲和比如地区鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)菌株的分子分型特征,确定具有该分型特征的鼠疫菌在青藏高原鼠疫疫源地的分布情况。方法应用板块重排、差异区段分析、间区规律短回文重复、多位点可变数目串联重复序列分析方法对分离自青藏高原地区、四川省、云南省的98株鼠疫菌进行分析。结果那曲和比如地区的鼠疫菌菌株中第57~60板块的排列方式与测序菌株Z176003一致,在其他实验菌株中未发现该重排特征。结论分离自那曲和比如的鼠疫菌菌株具有独特的分子分型特征,该特征在本地区的菌株中普遍存在,且菌株多态性持续分化。
- 王宇萌梁莹张恩民马娜申小娜蔡虹张志凯夏连续梁未丽代瑞霞李伟
- 关键词：鼠疫耶尔森菌青藏高原
- 鼠疫菌基因组“默认编码序列”数据库的建立与初步研究被引量：3
- 2010年
- 目的对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立"默认编码序列"数据库。方法应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。结果建立了"默认编码序列"数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种"默认编码序列"的是2465个;存在2种"默认编码序列"的是630个。结论 "默认编码序列"数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。
- 张恩民王琪申小娜陈晨俞东征海荣
- 关键词：鼠疫耶尔森菌
- 鼠疫耶尔森氏菌YopD抗原基因在大肠杆菌中的克隆表达被引量：1
- 2014年
- 目的利用DNA重组技术,在大肠杆菌中获得融合表达的鼠疫耶尔森氏菌YopD抗原基因。方法根据查找文献及基因比对选取了鼠疫菌重要功能蛋白-YopD蛋白。利用分子克隆技术克隆后,在原核系统中进行表达。根据云南玉龙菌株(D106004)全基因组序列设计引物,PCR扩增目的基因片段。采用pET-32a(+)作为表达载体,通过双酶切和连接反应,将目的基因片段定向插入载体中,构建重组表达质粒。IPTG诱导,使重组质粒在其宿主菌E.coli BL21(DE3)中表达。结果在大肠杆菌中成功获得了融合表达蛋白,即重组YopD蛋白。结论以质粒pET-32a(+)作为表达载体,鼠疫菌重要功能蛋白YopD能够在大肠杆菌E.coli BL21(DE3)中稳定高效地表达,为鼠疫潜在诊断靶点及新型疫苗选择的可能性奠定了基础。
- 郭荣申小娜李博陈艳张渝疆
- 关键词：鼠疫耶尔森氏菌克隆表达
- 云南松鼠鼠疫噬菌体的分离鉴定及其流行病学意义被引量：1
- 2020年
- 目的了解云南松鼠是否携带鼠疫噬菌体,并探讨其流行病学意义。方法2015-2018年,在云南鼠疫疫源地和非疫源地的5个调查点进行鼠疫宿主动物调查。对调查中捕获的松鼠,取其脾、肝、肠道标本,低温保存备用。取肠道标本磷酸盐缓冲液(PBS)增菌液,经0.22μm滤膜滤过后加入到含有100μl鼠疫疫苗株(EV76)菌悬液的LB液体培养基中,28℃、220 r/min恒温气浴振荡培养18~24 h,采用双层平板法观察噬菌斑的生长情况,电镜下观察鼠疫噬菌体的形态结构;同时取脾、肝、肠道标本进行鼠疫菌特异标志基因caf1检测。结果共捕获到10只松鼠,其中赤腹松鼠8只,珀氏长吻松鼠2只。共分离出4株鼠疫噬菌体,其中在赤腹松鼠分离出2株,在珀氏长吻松鼠分离出2株;家鼠鼠疫疫源地弥勒县和新平县各分离出1株,野鼠鼠疫疫源地剑川县和洱源县未分离出,非鼠疫疫源地永善县分离出2株。肉眼下观察,家鼠鼠疫疫源地分离出的2株噬菌体产生的噬斑为透明状,生长状态良好;非鼠疫疫源地分离出的2株噬菌体产生的噬斑为半透明状,生长状态欠佳。电镜下观察,噬菌体为较典型的肌尾噬菌体,噬菌体头部直径约40 nm,肌尾约120 nm,肌尾末梢可见尾丝簇。10份松鼠脾、肝、肠道标本caf1检测均为阴性。结论云南松鼠中携带鼠疫噬菌体的比例较高,虽然鼠疫菌特异标志基因caf1检测均为阴性,但由于鼠疫噬菌体的存在,松鼠有可能成为鼠疫菌传播的一种载体。
- 钟佑宏吴鹤松邵宗体申小娜郭英张海鹏董珊珊杨丽华黄英梁云李伟王鹏
- 关键词：赤腹松鼠流行病学
