柳树群
- 作品数：17 被引量：139H指数：5
- 供职机构：云南大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学理学更多>>
- 人基因中密码子前后碱基使用与蛋白质结构被引量：5
- 2000年
- 对62个人基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现多数密码子前后碱基的使用有一定偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦提示 ,同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。结果对于蛋白质结构预测算法以及基因工程的研究有辅助作用。
- 张静顾宝洪石秀凡柳树群刘次全
- 关键词：蛋白质二级结构MRNA同义密码子
- 蛋白质内含子演化分析被引量：1
- 2001年
- 蛋白质内含子是能够自我剪切的一段多肽链 .它在生物三大系统中都存在 ,但它的分布在各物种间以及蛋白质种类之间极不均衡 .蛋白质内含子的演化和扩散也因此引起了人们的极大兴趣 .经过系统搜索 ,从已知的核酸序列中找到 6 9个经典的蛋白质内含子 .同源比较和系统树分析表明 ,蛋白质内含子的演化应综合先天遗传和后天转移两方面的因素 .
- 谢君黄京飞石秀凡邵丹柳树群梁宠荣刘次全
- 关键词：蛋白质内含子亲缘关系
- 蛋白质折叠、动力学以及蛋白质-配体结合的物理化学基础被引量：4
- 2014年
- 蛋白质是生物体的重要组成部分并参与细胞内几乎所有的生物学过程.随着越来越多物种基因组序列的测定,准确理解基因产物的功能并探索蛋白质功能多样性的原因,已经成为当前的研究热点.为了研究蛋白质的功能,已有大量蛋白质的静态三维结构被测定.但是,蛋白功能最终受其动力学行为所控制,这包括折叠过程、构象波动、分子运动以及蛋白质-配体相互作用等.基于自由能图谱理论,本文深入讨论了蛋白质动力学的底层物理化学机制,并回答了以下问题:蛋白质为什么能够折叠、以及如何折叠成其天然三维结构?为什么蛋白质的动力学特征是固有的?其动力学行为如何控制蛋白质的功能?讨论结果将有助于后基因组时代生命科学研究中蛋白质结构-功能关系的理解.
- 李慧敏谢月辉刘次全柳树群
- 关键词：驱动力热力学
- CCR5膜外二硫键Cys20-Cys269对其构象完整性以及功能行使起关键作用
- 2004年
- 人类化学趋化因子受体CCR5是HIV 1病毒进入人体细胞的主要辅助受体。实验表明 ,CCR5分子的N末端区域对化学趋化因子结合以及HIV病毒入侵起关键作用。用同源模建的方法构建CCR5结构模型 ,并对该模型的胞外结构域进行了 1ns高温分子动力学和 2 0 0ps常温分子动力学模拟。结果表明 ,CCR5的胞外结构域整体上表现为一个包装紧密的球形构象 ,二硫键Cys2 0 Cys2 6 9对这一构象的形成以及N末端区域的空间取向起关键作用 ,同时 ,二硫键的存在使N末端1 1 9区域定位在胞外结构域的顶部 ,并增加N末端构象柔性 ,使其有机会伸展到胞外空间去。根据这一结果和现有的实验证据 ,提出了HIV CCR5两步结合机制。
- 柳树群孙之荣
- 关键词：CCR5分子动力学模拟二硫键HIV
- 不同构象状态HIV-1 gp120分子运动特征及构象转换能力研究被引量：1
- 2007年
- 人类免疫缺陷病毒HIV-1包被蛋白gp120通过与宿主细胞表面受体CD4和辅助受体CCR5/CXCR4发生相互作用而侵染细胞.CD4结合状态的HIV-1gp120核心与CD4结合前状态的SIVgp120核心结构已经被X射线晶体衍射技术所测定.但是,静态的晶体结构不足以阐明gp120动态结构特征及其构象转化能力.用同源模建技术构建不同功能状态的gp120结构模型并用CONCOORD模拟方法生成它们的结构装配体,最后利用本质动力学算法提取、分析前4个本征向量所描述的分子运动特征.结果表明,gp120的主要运动模式表现为内部结构域、外部结构域、桥片层以及V3环之间的旋转/扭曲、绕曲/关闭、延长/压缩运动或这些运动方式的组合,这些运动模式与受体结合以及HIV-1病毒免疫耐受性有关.进一步利用本质亚空间重叠算法评估gp120不同构象间的相互转换能力,结果表明,CD4结合前状态(unliganded)gp120向复合物状态(CD4-complexed)转化的能力强于向移除CD4复合物状态(CD4-free)转化的能力,而CD4-freegp120比CD4-complexed gp120具有更强的向结合前状态转化的能力.本研究揭示了gp120动态结构与功能的关系,并为抗HIV药物设计提供了参考和帮助.
- 柳树群符云新刘次全
- 关键词：HIV-1GP120同源模建构象转换
- 人类基因中同义密码子的偏好与密码子-反密码子间的结合强度密切相关吗?被引量：42
- 2000年
- 分析了78个人类基因(19 967个密码子)中同义密码子的偏好使用情况, 计算了同义密码子的相对使用度和各种二核苷酸在密码子2,3位和3,4位的相对出现频率. 同时计算了密码子-反密码子碱基以Watson-Crick 配对时的堆积能. 结果显示人类基因对同义密码子的选择在所有密码子家族中都呈现明显一致的偏好：即偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子, 恰好是以C结尾的密码子; 避免使用结合作用中度的密码子. 依据结果和数据分析, 推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中isochore和genome signature 的影响外, 还和密码子-反密码子结合强度密切相关. 这些因素共同作用于人类基因, 从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象.
- 石秀凡黄京飞梁宠荣柳树群谢君刘次全
- 关键词：同义密码子人类基因
- Characterizing the Molecular Motions and Free Energy Landscapes of HIV-1 gp120
- Background: Acquired immune deficiency syndrome (AIDS) has caused catastrophic consequences to human society.D...
- 桑鹏杨力权季星来符云新柳树群
- 关键词：GP120DYNAMICSEQUILIBRIUMESSENTIALDYNAMICSLANDSCAPE
- 翻译过程中mRNA的拓扑形态及其链构象分析被引量：1
- 2002年
- 对ｍＲＮＡ发夹结构和单链结构的理论模型构建，以及基于对Ｘ射线晶体衍射和ＮＭＲ实验数据的模拟研究显示，在翻译过程中，核糖体上ｍＲＮＡ解折叠后的单链拓扑形态，与ｍＲＮＡ本身的发夹结构密切相关，均呈现为不同程度的螺旋与卷曲相间的构象．通过包括翻译速度在内的调节作用，这种构象可能会影响到新生肽链的折叠．
- 柳树群刘次全
- 关键词：翻译过程发夹结构链构象解折叠
- SARS-CoV蛋白质组的生物信息学及其进化关系被引量：8
- 2003年
- 一种新的冠状病毒SARS-CoV是引起严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)的病原体,对由SARS病毒全基因组序列推导出的所有蛋白质逐一进行分子量、等电点、分子消光系数等物理化学性质计算,以及跨膜区和亚细胞定位预测,辅以保守序列家族数据库搜索,预测SARS-CoV功能未知蛋白质的功能,同时,通过SARS-CoV与其他冠状病毒蛋白质同源序列比较和进化距离计算,分析SARS病毒的分类地位以及与其他冠状病毒的进化关系。结果表明,尽管SARS病毒是不同于其他3组冠状病毒的一种全新冠状病毒,但在进化关系上更靠近牛冠状病毒BoCoV和鼠肝炎病毒MHV。为实验测定SARS病毒蛋白质组以及抗SARS疫苗研制提供了参考和帮助。
- 柳树群过涛季星来孙之荣
- 关键词：生物信息学进化严重急性呼吸综合征冠状病毒
- 食线虫真菌体壁降解蛋白酶的晶体结构解析和催化活性的关键结构特征
- 食线虫真菌分泌的体壁降解蛋白酶在侵染线虫过程中可以降解线虫体壁的蛋白质成分,帮助真菌入侵。食线虫真菌体壁降解蛋白酶包括碱性蛋白酶和中性蛋白酶,分别来源于捕食类和内寄生类真菌。晶体结构比较和酶学性质分析表明体壁降解蛋白酶对...
- 梁连铭杨金奎柳树群张克勤
- 关键词：食线虫真菌晶体结构同源模建二硫键
- 文献传递
