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张笑冰: 作品数：12 被引量：39H指数：3; 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病毒基因工程国家重点实验室更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划国际科技合作与交流专项项目更多>>; 相关领域：医药卫生生物学文化科学更多>>

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志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群基因组组成与进化分析被引量：1: 2005年; 利用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)对志贺氏菌属鲍氏(S.boydii)亚群共18个血清型代表菌株的基因组结构组成进行比较分析,结果显示,该亚群基因组的“共有骨架”包含2552个与非致病性大肠杆菌K12同源的ORFs.比对K12基因组,该亚群所有菌株基因组共同缺失ORFs为199个,主要涉及外膜蛋白编码基因和O-抗原合成相关基因,而属于亚群特异性的ORFs主要以噬菌体基因和未知功能ORFs为主,一些参与铁离子代谢、运输和Ⅱ型分泌系统基因在大多数的鲍氏菌株中存在.以比较基因组杂交法得到的进化分析显示:鲍氏亚群18个血清型代表菌株可分为4组,其中13型与其他菌株有较大的差异.这种分组结果与某些代谢相关的基因分布情况存在对应关系.通过对该亚群“共有骨架”、缺失基因和株特异基因,以及进化分类等方面的分析,以期探索该亚群基因组的进化规律,并为志贺氏菌属鲍氏亚群的致病机理、疫苗研制和药物开发等方面的研究提供重要线索.; 张笑冰王璟彭俊平杨娥宾文杨剑董杰孙立连徐星晔金奇; 关键词：比较基因组杂交比较基因组进化分析志贺氏菌亚群

痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析被引量：20: 2002年; 福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中; 刘红杨帆张笑冰张继瑜杨国威董杰薛颖侯云德袁正宏闻玉梅徐建国陈洪松马大龙王宇杨剑沈岩强伯勤吴洪涛贺秉坤吕渭川金奇; 关键词：全基因组序列痢疾杆菌

酮古龙酸菌WB0104的全基因组分析被引量：11: 2006年; 酮古龙酸菌(Ketogulonigenium sp)可以将L-山梨糖转化为维生素C的前体2-酮基-L-古龙酸,具有重要的工业应用价值．酮古龙酸菌WB0104基因组由一长度为2765030 bp的环形染色体和2个环状质粒(267968和242707 bp)组成,染色体的(G+C)含量为61．69%,含2727个可读框(open reading frames,ORF),它的复制、转录和翻译以及碳水化合物和能量代谢系统是完整的,而修复系统不完全．WB0104中有640个左右的预测ORFs属于转运蛋白,占总预测基因数的四分之一左右,远远高于目前已知的其他细菌,推测与其适应土壤环境因素有关．; 杨帆贾茜熊朝晖张笑冰吴洪涛赵颖杨剑朱俊萍董杰薛颖孙立连沈岩金奇; 关键词：基因组

福氏2a志贺氏菌301株基因组水平的缺失基因分析被引量：5: 2003年; 在完成福氏2a志贺氏菌 301株全基因组序列测定工作的基础上, 以非致病性大肠杆菌K12 MG1655株的全基因组序列为参比对象, 进行比较基因组学分析. 结果显示, 与大肠杆菌基因组相比, 福氏2a志贺氏菌 301株基因组中共有136个长度大于1000 bp的片段缺失, 总长为717253 bp. 这些缺失片段中共包含670个可读框(ORF). 通过对ORFs编码产物的功能预测和分析, 发现这些缺失的ORFs主要编码与细菌代谢相关的酶类、结构蛋白、基因转录调控因子以及与细菌遗传物质水平转移相关的元件. 这不仅从全基因组水平揭示了两种具有不同生物学特性和表型的重要肠道细菌的分子差异, 而且为进一步探索其生理活动过程、致病机制以及肠道细菌间的进化等诸方面的问题提供了有价值的线索.; 张笑冰刘红杨帆杨剑薛颖董杰孙立连杨国威朱俊萍楚雍烈金奇; 关键词：比较基因组学缺失基因细菌性痢疾

痢疾志贺氏菌亚群的比较基因组学研究与进化分析被引量：1: 2005年; 利用大肠杆菌K12MG1655株全基因组ORFs和痢疾志贺氏菌A1型Sd51197株特异性ORFs探针制备的芯片,研究了痢疾志贺氏菌13个血清型代表株的基因组组成.结果显示,该血清群成员的基因组中包含有2654个保守的源于大肠杆菌ORFs;共同缺失了219个涉及前噬菌体基因、分子伴侣、特异性O抗原合成等大肠杆菌原有的基因;并通过水平转移获得了一些特异性基因,如Ⅱ型分泌系统相关组分、铁转运相关因子等.根据基因组组成所作的进化树,发现A1,A2,A8和A10这四型菌与其他痢疾志贺氏菌亲源关系较远.研究所得结果为进一步深入探索痢疾志贺氏菌的生理过程、致病性和进化奠定了基础.; 宾文杨娥彭俊平张笑冰王璟杨剑董杰楚雍烈张景海金奇; 关键词：痢疾志贺氏菌比较基因组学进化分析亚群特异性基因进化树

两株刚果红结合突变型志贺菌大质粒全基因组比较研究: 2005年; 对福氏志贺菌(Shigellaflexneri)5型及志贺氏志贺菌(Shigelladysenteriae)1型两株与刚果红结合突变菌株的大质粒pSF5及pSD1进行了全基因组测序及分析.pSF5全长136694bp,包含165个ORFs,其中133个功能明确,32个功能未知.pSD1全长182726bp,共有224个ORFs,其中181个功能明确,43个功能未知.pSF5中IS序列为53787bp,pSD1中为49616bp,分别占整个基因组的39.3%,27.2%.二者中共有22种不同类型的IS出现,其中ISEc8,ISSbo6在志贺菌大质粒中为首次报道.与pCP301相比,pSF5和pSD1都发生了大范围基因缺失,并在多处发生基因片段倒置等现象.pSF5中除与侵袭相关ipa-mxi-spa基因岛完全缺失外,与O-抗原生物合成密切相关的shf-rfbU-msbB基因也部分缺失,而在pSD1中上述基因则完整存在,但pSD1中与侵袭基因表达调控相关的virF基因缺失.结果表明,在pSF5和pSD1中与侵袭相关的调控因子及侵袭基因的缺失是导致刚果红结合突变的原因之一,但是否是唯一的原因还需进一步的验证.; 唐旭东熊朝晖杨帆张笑冰杨剑陈立宏聂桓燕永亮江艳王璟薛颖徐星烨朱亚芳董杰安黎哲王勋陵金奇; 关键词：刚果红基因组比较突变型质粒

把研究生素质教育融合于课堂教学中: 2001年; 研究生教育是我国教育体系的最高层教育，是一个国家，一个单位教育水平的标志。质量是研究生教育的生命线，是研究生工作的重点。研究生质量包括理论知识、工作能力和整体素质(含文化、道德和政治素质)多个方面，涉及管理、招生、导师等多个层面，其中课堂教学也是对研究生实施综合教育的重要阵地。; 楚雍烈张笑冰; 关键词：研究生素质课堂教学研究生质量人类基因组学科发展史

1966～2005年中国14个省、市C群脑膜炎球菌比较基因组学分析被引量：2: 2007年; 脑膜炎球菌是世界范围内引起细菌性脑膜炎和败血症的主要病原体,在中国一直以A群流行为主,未发生过B群和C群的流行.2003年以来,安徽省出现多次由C群脑膜炎球菌引起的流行性脑膜炎爆发,而且在全国其他省、市也有大量病例出现.多位点序列分型结果表明,序列型(sequence type,ST)4821菌株主要引起了这些爆发.在完成我国C群脑膜炎球菌的代表株053442的全基因组序列测定工作的基础上,我们构建了全基因组DNA微阵列,对1966～2005年分离于中国14个省、市的81株C群脑膜炎球菌进行了比较基因组杂交分析.结果显示:绝大部分菌株的基因组组成相似,部分基因有一定的缺失和变异,而且很多缺失基因是推测的保守基因.为深入了解我国C群脑膜炎球菌的基因组组成特点,为初步揭示其遗传背景奠定了基础.; 彭俊平张笑冰杨娥王璟杨剑邵祝军金奇洪涛(推荐); 关键词：脑膜炎球菌比较基因组杂交

痢疾杆菌染色体中噬菌体插入序列的分析被引量：1: 2002年; Based on the whole genome sequence data of Shigella flexneri 2a 301,phage inserting sequences on the chromosome were selected to analyse their distribution,types, possible function,especially in the pathogenesis,gene transfer and so on.It is the first time to study phage inserting sequences from whole bacterial genome in native field.; 朱俊萍刘红杨帆杨国威张笑冰金奇; 关键词：基因组毒力因子基因水平转移染色体

福氏2a志贺菌301株染色质基因文库的构建: 2001年; 目的　构建福氏 2a志贺氏菌 3 0 1株染色质DNA基因文库 ,为下一步全基因组序列测定打下基础。方法　Murry法提取福氏 2a志贺氏菌染色质DNA ,采用鸟枪法策略 ,分别经 8种限制性内切酶消化后克隆至载体质粒中 ,并经双脱氧链末端终止法测序后计算重组质粒重复率。结果　Murry法提取福氏 2a志贺氏菌染色质DNA大小为 3 0Kb以上 ,共构建 86 3 2个重组质粒 ,质粒重复率为 1 %。结论　本研究在国际上首次成功构建了福氏 2a志贺氏菌株染色质DNA基因文库 ,文库全长为福氏 2a志贺氏染色质的 6倍 ,已足够全基因组序列测定所需。; 杨朵张笑冰朱俊萍金奇楚雍烈; 关键词：鸟枪法

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