业艳芬
- 作品数：9 被引量：79H指数：4
- 供职机构：云南农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程电子电信更多>>
- 诱导稻瘟病菌产生致病性蛋白的方法
- 本发明涉及一种诱导稻瘟病菌产生致病性蛋白的方法，属于植物保护领域。本发明的技术方案是将斜面上保存的稻瘟病菌株接种在普通固体培养基，28℃下扩繁。形成较大的菌落后，转接到50mL的普通液体培养基中，28℃ 150rpm振荡...
- 李成云朱有勇周江鸿杨静苏源周晓罡李进斌王云月刘林业艳芬叶敏
- 文献传递
- 灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成被引量：15
- 2006年
- 本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。
- 刘林李成云杨静业艳芬李进斌周晓罡王云月朱有勇
- 关键词：分子标记
- 拟南芥分泌组的预测及功能分类
- 拟南芥基因组是第一个完成测序的植物基因组。目前,拟南芥分泌蛋白组的预测及功能的分类还没有系统报道, 本文就拟南芥分泌蛋白组的预测及功能分类进行初步研究。组合的分泌蛋白预测软件SignalP v3．0、TargetP v1...
- 杨静李成云刘林李进斌周晓罡业艳芬
- 关键词：拟南芥
- 文献传递
- 稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析被引量：16
- 2006年
- 利用信号肽分析软件SignalP v3．0，亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1．01，GPI-锚定位点软件big—PI Predictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2．0这4个软件分析预测稻瘟菌12595个蛋白序列中有1134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框（ORF）最小值为78bp，最大值为7849bp，平均1231bp。引导它们的信号肽长度介于15—45个氨基酸之间，平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述，主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类，提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。
- 苏源李成云赵之伟周晓罡李进斌杨静刘林业艳芬
- 关键词：稻瘟菌基因组信号肽分泌蛋白
- 稻瘟病菌分泌型小蛋白的多态性分析和基因克隆
- 业艳芬
- 关键词：稻瘟病菌分泌蛋白信号肽
- 酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析被引量：29
- 2005年
- 结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、Big-PI predictor 和 TMHMM v2.0 对已公布的 6 700 个酿酒酵母(Saccaromyces cerevieiae)基因的 N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,在 6 700 个酿酒酵母蛋白中,163 个为Sec-信号肽分泌蛋白,经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中,有 47 个的信号肽没有典型的 N-区,仅有 H-区和C-区,其余 116 个分泌蛋白的信号肽包含完整的 3 个区,即 N-区、H-区和 C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌(Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序,表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和顺序差异很大,两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别采用 BLAST 2SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高,氨基酸组成也非常保守。由此可以推断,编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因(paralogous)。酿酒酵母作为一种模式生物,以其诸多的优点,被认为是表达?
- 杨静李成云王云月朱有勇李进斌何霞红刘林业艳芬周晓罡唐萍
- 关键词：分泌蛋白信号肽白假丝酵母菌酿酒酵母外源蛋白
- 粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析被引量：32
- 2006年
- 利用信号肽预测软件SignalPv3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件bigPIPredictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetPv1.01对粗糙脉孢菌全基因组数据库中已公布的10082个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,在粗糙脉孢菌中有437个蛋白为分泌蛋白,编码这些蛋白最小的可读框(openreadingframe,ORF)为252bp,最大为6604bp,平均1433bp,分泌蛋白信号肽长度介于15～59个氨基酸之间。在437个分泌蛋白中,205个具有功能描述,主要包括各种酶类、细胞能量生成、运转以及自身修复、防卫等多种功能。这些蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种营养的摄取,以及对环境做出响应服务。
- 周晓罡李成云赵之伟苏源张绍松李进斌杨静刘林业艳芬
- 关键词：粗糙脉孢菌信号肽分泌蛋白
- 诱导稻瘟病菌产生致病性蛋白的方法
- 本发明涉及一种诱导稻瘟病菌产生致病性蛋白的方法，属于植物保护领域。本发明的技术方案是将斜面上保存的稻瘟病菌株接种在普通固体培养基，28℃下扩繁。形成较大的菌落后，转接到50mL的普通液体培养基中，28℃ 150rpm振荡...
- 李成云朱有勇周江鸿杨静苏源周晓罡李进斌王云月刘林业艳芬叶敏
- 文献传递
- 稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析被引量：2
- 2006年
- 结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件SignalPv3.0、TargetPv1.1、Big-PIpredictor、TMHMMv2.0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌(magnaporthegrisea)小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。分析结果表明,在1486个稻瘟病菌小蛋白中,119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白。其中116个具有分泌型信号肽,1个具RR-motif型信号肽,2个具信号肽酶II型信号肽。在稻瘟病菌基因组中,分泌型小蛋白的序列是高度趋异的,仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别用BLAST2SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比。结果表明,具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高。同时还采用Sublocv1.0对1486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测,结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的。
- 业艳芬李成云杨静王云月李进斌刘林苏源朱有勇
- 关键词：稻瘟病菌信号肽分泌
