李德泉
- 作品数：8 被引量：29H指数：2
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家科技攻关计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 基于信息技术的蛋白质识别研究被引量：3
- 2003年
- 随着质谱技术和NMR等仪器测定技术的飞速发展,利用大规模质谱技术可以得到海量蛋白质的质谱数据。同时,利用NMR技术也可获得蛋白质的精确三维结构数据。这些数据以及面向这些数据的分析方法使得蛋白质组研究迅速发展,其基础理论和技术方法,都在不断地进步和完善。利用信息工程技术辅助生物学家开展面向质谱技术的高通量蛋白识别,面向NMR的蛋白质三维结构识别,以及功能发现研究,已经成为蛋白质组中的生命科学与信息科学交叉研究的热点和挑战问题。本文侧重从信息技术的角度对上述问题进行综述,并提出我们解决问题的思路和方法。
- 陈益强高文付岩李德泉陈翔
- 关键词：蛋白质质谱信息技术
- 肽鉴定结果评估模型的特征选择研究
- 在串联质谱鉴定中,高通量的数据库搜索和相似性比对会产生大量的鉴定结果.如何对这些结果进行定量的有效性评估是目前蛋白质组学研究的一个关键问题.从模式分类的角度看,该问题可以理解为根据比对打分特征对鉴定结果进行真阳性和假阳性...
- 李德泉付岩孙瑞祥贺思敏高文
- 关键词：支持向量机生物信息学数据库搜索蛋白质鉴定
- 文献传递
- 蛋白质鉴定中数据库搜索引擎效率优化及结果验证研究
- 质谱技术是当前蛋白质鉴定研究中使用最广泛的技术.而基于串联质谱鉴定肽序列进而鉴定蛋白质序列的数据库搜索引擎是最常使用的工具之一.本文针对数据库搜索引擎应用背景,以构建高通量、高精度的蛋白质鉴定系统为目标,系统地研究了引擎...
- 李德泉
- 关键词：生物信息学搜索引擎蛋白质鉴定数据库索引
- 文献传递
- 基于质谱技术的计算蛋白质组学研究被引量：26
- 2006年
- 蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象,蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质.生物质谱技术已为蛋白质组学研究产生了大规模的质谱数据;而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质组的重要生物学知识为计算蛋白质组学的研究提出了重大需求,如蛋白质鉴定、翻译后修饰、定量分析,以及疾病模式的发现等.本文研究了如何应用计算技术来解决蛋白质组学研究中质谱信息处理的这几个关键问题.
- 孙瑞祥付岩李德泉张京芬王晓彪盛泉虎曾嵘陈益强贺思敏高文
- 关键词：质谱技术蛋白质鉴定生物信息学
- 一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统
- 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列...
- 李由李德泉王乐珩迟浩王海鹏付岩孙瑞祥贺思敏刘超袁作飞王文平秀丽蕴
- 文献传递
- 一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统
- 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列...
- 李由李德泉王乐珩迟浩王海鹏付岩孙瑞祥贺思敏刘超袁作飞王文平秀丽蕴
- 一种使用串联质谱数据鉴定肽的方法
- 本发明公开了一种使用串联质谱数据鉴定肽的方法，包括步骤：将要被鉴定的肽进行实验碎裂以生成实验串联质谱；将数据库中的多个候选肽进行理论碎裂以生成多个理论串联质谱；用径向基函数核分别计算多个理论串联质谱与实验串联质谱的相似度...
- 高文付岩李德泉孙瑞祥贺思敏杨强曾嵘周虎陈益强王晓彪
- 文献传递
- 一种使用串联质谱数据鉴定肽的方法
- 本发明公开了一种使用串联质谱数据鉴定肽的方法，包括步骤：将要被鉴定的肽进行实验碎裂以生成实验串联质谱；将数据库中的多个候选肽进行理论碎裂以生成多个理论串联质谱；用径向基函数核分别计算多个理论串联质谱与实验串联质谱的相似度...
- 高文付岩李德泉孙瑞祥贺思敏杨强曾嵘周虎陈益强王晓彪
- 文献传递
