高瞻
- 作品数：26 被引量：58H指数：4
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院输血研究所更多>>
- 发文基金：四川省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学机械工程更多>>
- 2013-2015年乌鲁木齐市全血献血者特征分析
- 目的了解乌鲁木齐市近年来全血无偿献血者特征,并针对这些特征制定相应的献血者招募措施。方法通过乌鲁木齐血液中心的数据中心,收集2013-2015年全血无偿献血人群的人口统计学信息,血液筛查信息,并进行相应的统计学分析。结果...
- 毕新红高瞻张洪斌周吉霞李旭陈羽刘静山华刘鱼王憬惺何苗
- 文献传递
- 2013-2015年乌鲁木齐市全血献血者特征分析
- 毕新红高瞻张洪斌周吉霞李旭陈羽刘静山华刘鱼王憬惺何苗
- 中国5个地区HIV感染的献血者HIV基因型进化与感染阶段及耐药性分析被引量：3
- 2019年
- 目的了解国内不同地区献血人群中HIV基因型、亚型分布与系统发育情况以及不同地区HIV流行病毒株的感染阶段和耐药性。方法收集重庆、新疆乌鲁木齐、河南洛阳、四川绵阳和广西柳州5地区无偿献血者抗-HIV阳性血浆标本176(人)份,采用逆转录巢式PCR对其HIV POL基因片段扩增并测序,同时用HIV Lag试剂盒做感染阶段的测试;应用MEGA 7.0软件构建HIV分子进化树并对其做基因分型,在Stanford University HIV Drug Resistance Database上对HIV不同基因型做耐药性分析。结果本组献血者抗-HIV阳性血浆标本获得HIV POL基因片段成功扩增的比例为44.3%(78/176),其中重庆为37.8%(31/82)、乌鲁木齐为48.5%(16/33)、绵阳为71.43%(10/14)、洛阳为40%(4/10)、柳州为45.9%(18/37)。所有阳性PCR产物(HIV POL基因片段成功扩增的标本)经双向测序后均获得核苷酸序列,共检测出5个HIV基因亚型:B 1.3%(1/78)、CRF07_BC 74.4%(58/78)、CRF01_AE 16.7%(13/78)、CRF08_BC 5.1%(4/78)、CRF55_01B 2.47%(2/78)。所有阳性PCR产物所得序列经分析共检测出7个(9.0%)耐药性突变,包括4个PI accessory(Q58E、I84M)突变,2个NRTI(D67N)突变和1个NNRTI(V179E)突变。既往感染的154例(87.5%)与新近感染22例(12.5%)HIV,在基因型分布上没有展现出明显的差异性(P>0.05)。结论我国献血人群HIV基因亚型多样性较强,以CRF07_BC为主;同时在本调查区域内的献血者中发现CRF55_01B,提示献血人群中或存在HIV感染的男-男性接触者。
- 刘志阳黄杨高瞻王少礼曾沛斌何苗
- 关键词：人类免疫缺陷病毒系统发育
- HIV病毒感染不同阶段的合并感染病原体种类分析被引量：2
- 2020年
- 目的通过二代测序对HIV感染者血液标本进行宏基因组学分析,了解HIV感染者的微生物组,并检测在HIV病毒感染不同阶段的共感染病原体多样性的差异。方法将HIV感染者分为近期感染,长期感染,艾滋病发病期3个实验组和健康组(对照组)一同进行宏基因组测序分析,每组包括30个由血液中心和医院收集的血浆标本。在同一组中将10个样品作为1个单元混合后,提取各组的总DNA和总RNA,进行随机引物PCR、建库上机深度测序,利用Korna的方法分析宏基因组数据。并确定其中的微生物组,分析HIV不同感染阶段的合并感染病原体的差异。结果每个标本通过二代测序获得的5 GB数据,生物信息分析发现HIV长期感染患者中病原体的丰度和多样性明显高于其他3组,主要的合并感染病原体是假单胞菌属、伯克霍尔德菌属以及肠杆菌科等。HIV近期感染中具有威胁性的主要病原体包括假单胞菌属、埃希氏菌属,寡养单胞菌属、伯克霍尔德氏菌和依赖病毒属;长期感染阶段主要病原体有假单胞菌属、埃希氏菌属、沙雷氏菌属、伯克霍尔德菌属和依赖病毒属;埃希氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、寡养单胞菌属及正肝病毒属则是AIDS患者实验组中丰度较高的合并感染病原体。结论在HIV感染的不同阶段,合并感染病原体的丰度和多样性随着感染过程的发展而增加。相较于HIV近期感染和长期感染阶段,艾滋病发病期患者体内合并感染病原体种类较少。本研究调查了不同的HIV感染阶段的合并感染状况,揭示了HIV感染者体内可能存在的病原体,有益于我国的艾滋病防控工作有效开展。
- 李昱辉刘志阳高瞻黄杨陈利民廖璞何苗
- 关键词：HIV感染艾滋病宏基因组学高通量测序
- 乙型肝炎病毒在中国献血者中的真实流行情况:献血前快检联合献血后血液筛查结果分析
- 高瞻黄梅毛伟文秀琼曹汝安何涛王憬惺付萍柯玲吴秉婷刘桂刘静山华刘鱼何苗
- 基于培养组学和宏基因组学的血小板细菌检测方法研究被引量：1
- 2023年
- 目的通过微生物细菌培养组学探究血小板中的可培养细菌组成,将培养组学结果与宏基因组学结果相互验证,以提高血小板中的细菌检出率。方法收集6份健康人血小板标本,采用8种培养基于需氧条件和12种培养基于厌氧条件中对血小板中细菌进行大规模培养和分离,并对筛选获得的单菌落进行16S rRNA基因测序鉴定。采用宏基因组测序技术分析健康人血小板微生物组细菌丰度。结合宏基因组测序和培养组结果,确认血小板中存在的的细菌种类。结果6份血小板标本经培养组学共分离获得90株细菌,隶属于3个门,5个纲,5个目,7个科,9个属,23个种,其中在种水平上得到的单克隆较多的菌株为aurantiaca短波单胞菌(Brevundimonas aurantiaca)(16.7%),Bacillus sp.Y1(15.6%),痤疮丙酸杆菌(Cutibacterium acnes)(14.4%)和短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)(13.3%);血小板标本经mNGS测序发现变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)丰度值较高。培养组学方法与宏基因组测序都检测出的细菌为:厚壁菌门细菌种类:Bacillus sp.Y1、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis)、蜡样芽孢杆菌(B.cereus)、运动芽孢杆菌(B.mobilis)、贝莱斯芽孢杆菌(B.velezensis)、短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)和表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis);放线菌门细菌种类:痤疮丙酸杆菌(Cutibacterium acnes);变形菌门细菌种类:大肠埃希菌(Escherichia coli)和戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis)。结论培养组学和宏基因组学方法相互验证鉴定出了一些细菌,证明血小板中存在细菌。
- 赵梦伊刘安庆赵玉伟戎霞单振刚高瞻黄杨何苗
- 关键词：血小板宏基因组学细菌检测
- 中国5个血液中心献血者抗-HIV蛋白印迹确证试验阳性率和人口地理学特征
- 高瞻王憬惺山华何苗曾沛斌刘鱼廖红文马红丽张洪斌文秀琼李聚林
- 健康人血液微生物宏基因组和噬菌体组的深度挖掘分析
- 2024年
- 目的探索健康人血液中微生物和噬菌体的存在及其可能的相互作用,通过生物信息学深度挖掘探讨血液微生物生态系统的结构和功能。方法收集2012—2018年绵阳市中心血站的1600份献血者血浆标本,通过DNA提取和文库构建,使用Illumina Hiseq 4500平台进行高通量测序后进行生物信息学深度挖掘。采用Bowtie2、Trimmomatic及Kraken等宏基因组分析软件对血液标本中的微生物丰度进行分析;随后进一步使用Megahit、geNomad、CheckV和eggNOG-mapper等软件进行噬菌体组分析,包括序列质控、组装、识别、聚类和功能注释,并通过使用iTOL、BLAST和PhaBOX等软件对发现的血液噬菌体构建系统发育树、物种注释分析以及宿主分析与预测。结果宏基因组测序结果从血浆标本中识别出36个菌门、151个菌目、338个菌科、338个菌属和3757个菌种的微生物。在种的分类水平上,丰度排名前11的菌种分别是炭疽芽孢杆菌(Bacillus cereus)、鼠杆菌属乳杆菌(Lactobacillus murinus)、约翰逊乳杆菌(L.johnsonii)、普劳兹氏梭杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)、苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis)、路氏乳杆菌(L.reuteri)、痤疮丙酸杆菌(Cutibacterium acnes)、海迪茨氏菌(Dietzia sp.JS16-p6b)、猪鼻炎支原体(Mycoplasma hyorhinis)、猪肺炎支原体(M.hyopneumoniae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。通过噬菌体组分析鉴定了202个噬菌体操作分类单元(vOTU),物种注释揭示了24种噬菌体类型,通过病毒宿主数据库与宿主分析,完成15个潜在的噬菌体宿主的比对,包括嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)、湖红胞菌(Rhodoferax lacus)、海洋拟变形菌(Pseudoalteromonas marina)、Thalassotalea loyana、海藻糖弧菌(Vibrio alginolyticus)、塔斯马尼亚弧菌(V.tasmaniensis)、溶血弧菌(V.vulnificus)、假单胞菌(Pseudomonas sp.)、农杆菌(Agrobacterium sp.ST15.13/040)、鸡肠球菌(Enterococcus gallinarum)、黄杆菌�
- 朱林王琪琪徐玉莲黄杨高瞻何苗
- 关键词：宏基因组
- 成都市2007—2010年无偿献血者不合格情况分析被引量：13
- 2012年
- 目的:了解成都市近年无偿献血者血液不合格指标的情况。方法:对2007—2010年成都市无偿献血者血液标本的筛查检测结果进行回顾性对比分析。结果:2007—2010年586 694人次献血者血液检测总阳性率为5.27%,血液检测不合格项目由高到低依次为ALT、HBsAg、梅毒、抗-HCV、抗-HIV。男性依次为ALT、HBsAg、梅毒、抗-HCV、>抗-HIV,女性依次为HBsAg、抗-HCV、梅毒、ALT、抗-HIV;30～50岁年龄段ALT、抗-HCV、抗-HIV和梅毒的不合格率明显高于其他年龄段。结论:应根据各地的实际情况,对不同的人群制定科学有效的献血招募策略,积极探索更加实际有效的血液筛查方法提高血液安全质量。
- 廖耘李桂芝高瞻李书平武斐蔚何炯
- 关键词：无偿献血血液检测不合格率
- 重庆地区健康献血人群血液宏基因组分析与新发病原体鉴定被引量：7
- 2016年
- 目的了解重庆地区健康无偿献血人群的微生物组,并调查可能存在的新发/再发病原体的流行情况,本研究利用深度测序的方法对重庆地区5 000人份健康无偿献血者标本进行了宏基因组学分析,以鉴定其中的新发/再发病原体。方法提取5 000人份血浆核酸总DNA,经随机引物扩增后,建库上机深度测序,用本课题组开发的Kraken Py软件分析宏基因组数据,并确定其中的微生物组,鉴定可能存在的新发/再发病原体。结果通过深度测序将获得的1.23 Gb的数据,其中包括2 146 844个有效读长,去人类DNA背景后,结果显示属于细菌的片段47条,属于病毒的片段21条,属于寄生虫的片段333条。最主要的病原体是刚地弓形虫(Toxoplasma gondii),其次是欧猥迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei),仅发现少量指环病毒科(Anelloviridae)的病毒成员如扭转病毒Torque teno virus等。另外,我们还发现在欧美发达国家已经被认为是能够造成输血安全威胁的病原体DNA片段,如疟原虫(Plasmodium spp.),婴儿利什曼原虫(Leishmania infantum)等。结论本研究结果显示了重庆地区健康无偿献血人群的微生物组结构,同时也揭示了这些健康献血者有可能携带的新发/再发病原体,提醒采供血系统工作者应结合当地新发传染病流行情况,合理的制定疫区或是传染病流行季节的筛查模式和献血者招募策略。另外,对于这些潜在风险也不必过于惊慌,因为这仅是微生物基因组片段结果,不代表该病原体仍具有感染性。
- 徐敏毛伟何涛卫昱燕高瞻张玉张春红廖红梅刘鱼曾沛斌王憬惺何苗
- 关键词：献血人群宏基因组学血液安全
