单文娟
- 作品数：3 被引量：9H指数：2
- 供职机构：南京林业大学森林资源与环境学院国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 杨树部分基因起始密码子AUG侧翼序列特征分析被引量：2
- 2008年
- 对297条杨树基因序列的起始密码子AUG侧翼区序列(-20位点-+6位点)的碱基分布特性进行了统计学分析,并对高表达基因和低表达基因翻译起始位点侧翼序列碱基的保守性和关联性进行了对比分析。结果表明:紧邻起始密码子5′端的-1、-2、-3、-4、-5和-6位点均强烈偏好A,+4位点强烈偏好G,同时高表达和低表达基因的-20位到+4位中某些位点的保守性存在较大差异,其中高表达基因的-6,-3和+4位可能与其高表达的特性有关;通过关联性分析可以看出,在起始密码子侧翼序列的某些特定区域碱基之间的关联性可能也与翻译起始效率有关系;相关性分析表明低表达基因的AUGCAI主要受到"AUG"侧翼区序列的GC含量的影响,低表达基因在"AUG"侧翼区富集GC对翻译有一定影响。
- 单文娟周猛卫巍童春发施季森
- 关键词：杨树保守性
- 基因芯片筛选差异表达基因方法比较被引量：5
- 2008年
- 使用计算机模拟数据和真实的芯片数据,对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析,旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明,所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面,SAM和Wilcoxon秩和检验方法较好;数据分布方面,正态分布的识别效果较好,卡方分布和指数分布的识别效果较差。杨树cDNA芯片分析表明,SAM、Samroc和回归模型方法相近,而Wilcoxon秩和检验方法与它们有较大差异。
- 单文娟童春发施季森
- 关键词：基因芯片杨树
- 基因芯片数据分析方法比较
- 本研究以比较分析基因芯片数据分析方法不同特征为目的，从三个方面进行研究：差异表达基因筛选方法的比较、p值的校正和不同相似性度量方法对聚类分析的影响。
计算机模拟数据分析结果表明所使用的八种差异表达基因筛选方法对...
- 单文娟
- 关键词：基因芯片数据分析差异表达基因基因筛选聚类分析
- 文献传递
