秦钧
- 作品数：11 被引量：5H指数：1
- 供职机构：北京蛋白质组研究中心更多>>
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- 四氯化碳诱导小鼠肝脏纤维化的差异蛋白质组学
- 2014年
- 以四氯化碳(Carbon tetrachloride,CCl4)诱导小鼠肝组织纤维化为研究模型,发现并探讨纤维化肝组织与正常肝组织在蛋白质组水平上的差异。实验小鼠(C57 BL/6)随机分为两组,由橄榄油和四氯化碳诱导15周,并分别对这两组肝组织的全蛋白表达谱进行质谱检测,应用GO(Gene Ontology)功能分类分析和KEGG(Kyoto Enyoolpedia of Genes and Genomes)信号通路的富集分析方法对鉴定到的全蛋白表达谱进行差异表达分析。在对照组和实验组中,我们分别鉴定到17 382和20 486条特异性肽段,图谱平均利用率大于50%,共计鉴定到蛋白4 991种(蛋白特异性肽段个数至少为1),其中差异表达蛋白有2 135种(差异倍数大于或等于2),表达上调蛋白1 264种,下调蛋白871种。纤维化肝脏组织中与细胞外基质组成(Extracellular matrix organization)、细胞骨架组成(Cytoskeleton organization)、有机磷酸代谢(Organophosphate metabolic process)、细胞定位(Cellular localization)和细胞组分调节(Regulation of cellular component organization)相关蛋白的表达是上调的;另外,与小分子代谢(Small molecule metabolic process)、蛋白质转运(Protein transport)和有机氮化合物的代谢(Organonitrogen compound metabolic process),以及四吡咯的合成过程(Tetrapyrrole biosynthetic process)有关蛋白的表达是下调的。信号通路富集分析结果表明,纤维化与VEGF和T细胞受体信号调节通路密切相关。结果提示,纤维化的形成不仅是一个复杂的信号转导过程,更是一个炎症与免疫相互促成的结果;增强肝实质细胞的存活,降低相关信号的传递及接收都有可能对纤维化的发生和发展起到抑制效果。
- 郭改改吴红星刘明伟丁琛秦钧杨晓明
- 关键词：四氯化碳蛋白质组学
- 内源转录因子富集柱
- 本实用新型公开了一种内源转录因子富集柱，简称TOT柱。该TOT柱由内向外依次由吸头、套管和离心管套装组成，吸头内部装填连接有转录因子串联结合序列的磁珠，并以膜层进行封闭；套管用于两吸头与离心管固定。本实用新型的TOT柱设...
- 秦钧贺福初丁琛石文昊李恺
- 文献传递
- 应用蛋白质组学筛选宫颈癌患者尿液中的肿瘤标志物被引量：4
- 2016年
- 通过比较健康女性和宫颈癌患者的尿蛋白质组,发现并分析差异表达蛋白,从中筛选潜在的宫颈癌的标志物。研究对象由43名宫颈癌患者(CC)和47名健康女性(HW)组成。用超速离心法沉淀尿蛋白,再用一维凝胶电泳(SDS-PAGE)与液相色谱-质谱联用技术(LC-MS/MS)鉴定尿液中的蛋白质,蛋白质定量采用无标定量。比较患者尿蛋白质组、健康对照的尿蛋白质组和宫颈癌组织蛋白质组,有1910个蛋白质是患者和健康对照共有的尿蛋白,这其中有746个蛋白质也存在于宫颈癌组织蛋白质组。在这746个蛋白质中找到84个上调蛋白和82下调蛋白。通过生物信息学分析发现牛皮癣素(S100A7)和癌胚抗原相关细胞黏附分子8(CEACAM8)是宫颈癌尿液样本独有蛋白质。在验证组的70例样本中,双盲法测试S100A7、CEACAM8以及两者联合诊断宫颈癌的敏感性能达到73%、87%、93%。结果提示,宫颈癌患者的尿蛋白质组与健康女性的尿蛋白质组不同,并且S100A7和CEACAM8可以作为宫颈癌潜在的肿瘤标志物。
- 安龙飞金龙孙凤亮李凯闫成智秦钧张普民吴琛陈欢
- 关键词：宫颈癌生物标志物
- 一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定方法
- 本发明公开了一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定技术。本发明的蛋白质组分离鉴定方法，包括以下步骤：1）从离体的细胞或组织中提取蛋白质混合物；2）采用蛋白酶将待分离鉴定的蛋白质混合物酶切成肽段混合物；3）将酶切获得的肽段混合...
- 秦钧钱小红丁琛应万涛张养军卫军营宋雷江静张姣贺福初
- 文献传递
- 建立健康人尿蛋白质组定量参考范围的方法及健康人尿蛋白质组数据库
- 本发明公开了建立健康人尿蛋白质组定量参考范围的方法和健康人尿蛋白质组数据库，是将统计数量健康人的尿样制成尿蛋白样品，经质谱检测、搜库及定量确定其中的蛋白种类及各蛋白的定量形成一个尿蛋白质组数据，将不同尿蛋白质组数据归集不...
- 秦钧甄蓓冷文川倪晓天路天元王广舜孙长青钟博文
- 文献传递
- 获取肿瘤尿蛋白标志物的方法及得到的肿瘤相关离群尿蛋白库
- 本发明获取肿瘤尿蛋白标志物的方法及得到的肿瘤相关离群尿蛋白库，基于建立的健康人尿蛋白组数据库中人尿蛋白的定量参考范围，从肿瘤患者尿蛋白质组数据集中用超几何分布检验的方法筛选离群蛋白作为肿瘤尿蛋白标志物，并建立肿瘤相关离群...
- 秦钧甄蓓冷文川倪晓天路天元王广舜孙长青钟博文
- sRP技术在微量蛋白质组学分析中的应用
- 2016年
- 目的:发展一种适用于微量临床样本的简单而高效的预分离方法,实现深度覆盖蛋白质组学分析的目的。方法:以H1975细胞系和胃黏膜活检组织等复杂样本为研究对象,比较基于高p H反相色谱微柱(s RP)技术在不同浓度梯度洗脱时的蛋白鉴定数目、蛋白定性与定量研究的重复性及不同组分间的肽段预分离效果,并将s RP技术初步运用到微量胃黏膜活检组织的蛋白质组学分析中,进一步注释鉴定的胃黏膜蛋白的生物学功能。结果:单个复杂样本蛋白鉴定的覆盖深度达到7500左右,时间缩短到8 h之内;在生物学重复性研究中,蛋白定性检测的重复率在90%以上,无标定量检测的相关系数R2则达到0.97;各组分之间的肽段预分离效果很好,最大的重复率也只有11.6%;在胃黏膜组学分析中,累积鉴定到9000多个非冗余蛋白,实现了对人类胃黏膜蛋白质组的深度覆盖。结论:s RP技术操作简单且重复性好,联合高通量质谱技术,实现了对微量临床样品的深度覆盖蛋白质组学分析。
- 杨帅刘明伟冷文川秦钧徐建明
- 关键词：质谱蛋白质组学
- 一种尿蛋白制备方法及尿蛋白质组的检测方法
- 本发明公开了一种尿蛋白质组的检测方法，包括尿蛋白的制备、在蛋白或肽水平的分离、质谱鉴定，其特征在于，所述尿蛋白制备方法包括下面步骤(1)将尿液样品在常温下超速离心一段时间，弃去上清液，保留沉淀；(2)向步骤(1)所述的沉...
- 秦钧冷文川倪晓天路天元甄蓓王广舜孙长青钟博文
- 文献传递
- 用少量样品快速富集、分离、鉴定和定量内源转录因子及其复合物的方法及其专用装置
- 本发明公开了一种用少量样品快速富集、分离、鉴定和定量内源转录因子及其复合物的方法及其专用装置。该方法利用转录因子及其复合物可与序列特异性DNA元件结合的特点，将从生物样本中提取的核蛋白或全蛋白在专用装置TOT柱中与结合有...
- 秦钧贺福初丁琛石文昊李恺
- 文献传递
- 一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定方法
- 本发明公开了一种两维短梯度高效蛋白质组分离鉴定技术。本发明的蛋白质组分离鉴定方法，包括以下步骤：1）从离体的细胞或组织中提取蛋白质混合物；2）采用蛋白酶将待分离鉴定的蛋白质混合物酶切成肽段混合物；3）将酶切获得的肽段混合...
- 秦钧钱小红丁琛应万涛张养军卫军营宋雷江静张姣贺福初
- 文献传递
