王东
- 作品数：9 被引量：15H指数：1
- 供职机构：军事医学科学院生物工程研究所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 一种多基因串联共表达载体的构建被引量：11
- 2011年
- 为了构建一种可用于串联共表达多个基因的原核表达载体,通过PCR引入点突变,对商业载体pET-22b的酶切位点进行定向改造,设计独特的XbaⅠ/SpeⅠ模块。获得改造成功的载体pET-m22b,测序结果显示启动子、核糖体结合位点、多克隆位点及终止子均位于XbaⅠ和SpeⅠ两酶切位点间。选取不同来源的基因进行串联组合及表达鉴定,四个基因成功组合于同一载体中,表达效果良好,各基因表达效率不受明显影响。研究构建的载体pET-m22b,使多基因的共表达更加便捷,为蛋白复合物的表达与纯化、代谢通路的异源重建及其优化等研究奠定了良好的基础。
- 何彰华王洋赵珺刘晓杰张丽华王东师明磊黄芬尤平赵志虎
- 关键词：共表达串联组合
- 超声处理导致交联DNA序列特异性断裂被引量：1
- 2011年
- 目的:研究在交联状态下超声方法处理DNA是否导致DNA随机断裂。方法:通过建立一种新的Clone-Sequencing筛选技术,利用NCBI等相关网站,结合Vector-NTI等软件分析得到不同断裂位点的核苷酸序列,利用SPSS 18.0软件,对不同断裂位点核苷酸序列的分布进行统计学分析。结果:利用Clone-Sequencing技术得到216个来源于不同染色体位置的克隆片段,通过对其正义链和反义链的5'-DNA断裂末端的分析,得到432个超声断裂位点的核苷酸序列信息。对断裂位点核苷酸序列进行统计分析发现,超声处理后,交联DNA的断裂位点并不像过去认为的完全随机分布,而是存在明显的偏性,即对于所有16种不同的二核苷酸组合,超声处理导致交联DNA更易在5'-ApN-3'寡核苷酸中间的磷酸二酯键处断裂,且其相对断裂频率呈现d(ApN)>>d(GpN)>d(CpN)>d(TpN)的趋势。结论:传统的超声方法处理,交联DNA断裂位点并不是完全随机分布,而是存在着明显的序列偏好性,这一新发现提示,对于目前广泛使用的、涉及交联DNA超声处理的ChIP-Chip或ChIP-Seq等高通量及其衍生技术结果的统计分析,需要引入更加合理有效的分析策略。
- 王东师明磊王洋赵志虎
- 关键词：超声
- 乙醇合成途径的计算机重构
- 2011年
- 目的:用计算机重构乙醇合成途径,为合成生物燃料乙醇提供理论依据。方法:利用KEGG反应、化合物数据提取反应等式,过滤掉42个通用代谢物参与的反应,然后利用剩下的反应构建反应矩阵;利用广度优先搜索算法在反应矩阵中搜索生成乙醇的代谢途径。结果:计算机重构了23 108条乙醇合成途径,以大肠杆菌作为产乙醇基因工程菌为例,通过限制改构菌整合的关键酶数目,分别得到了78条以酒精O-乙酰基转移酶为关键酶的乙醇合成通路和89条以丙酮酸脱羧酶和乙醇脱氢酶为关键酶的乙醇合成通路,并构建了相应的乙醇合成网络图,标注每个反应的酶及编码该酶的基因。结论:通过计算机方法重构了多种乙醇合成途径,可以为利用微生物工业化生产乙醇提供理论依据。
- 王东何涛汪莉王玉民邵卫东
- 关键词：乙醇基因工程菌合成生物学广度优先搜索算法
- 含有分裂型内含肽DnaE基因的表达盒设计、合成及高效表达载体的构建被引量：1
- 2010年
- 目的:建立一种简便、快捷的基因从头设计、优化与合成策略,进行含有分裂型内含肽DnaE基因的表达盒全合成并构建高效表达载体。方法:以免费软件GeneDesign 3.0为主要平台,同时结合Tandem Repeats Finder、UNAFold等不同生物信息学软件,对含有DnaE基因、合适酶切位点的表达盒进行设计与分段合成;合成寡核苷酸片段通过重叠PCR进行组装与克隆。结果:利用建立的设计流程,合成了大小为44～64 nt的14段寡核苷酸片段,通过重叠PCR,实现了14段寡核苷酸片段的一次性组装,经过克隆、酶切鉴定、序列分析得到了序列完全正确的表达载体。结论:建立了一套有效的、基于免费软件的基因从头设计与合成的策略,构建了可以用于环肽小分子文库表达与筛选的表达载体。
- 赵珺王洋师明磊王东田靖耿排力赵志虎
- 关键词：生物信息学
- 对DNA片段进行3’末端生物素标记的方法
- 本发明公开了一种对超声破碎得到的DNA片段进行3’末端生物素标记的方法。本发明提供的方法：甲：采用Klenow片段和/或T4DNA聚合酶对DNA片段进行处理的同时加入生物素标记的dCTP，随后补平；乙：采用Klenow片...
- 师明磊赵志虎王东王洋
- 文献传递
- 应用Red重组技术构建四环素抗性多基因串联表达载体被引量：1
- 2011年
- 目的构建一种四环素抗性的多基因串联表达载体。方法设计同源臂引物,通过重叠延伸PCR获取含四环素抗性基因的打靶序列,应用pKD46介导的Red重组系统,在DH5α内替换多基因串联表达载体pET-m28a(+)中的抗性基因序列;再利用同尾酶(isocaudarner)策略,将sfp和accA1两基因串联组合于pET-mt28a(+)中,并进行共表达鉴定。结果获得了含四环素抗性的重组质粒pET-mt28a(+);构建了两基因串联重组质粒pET/sfp/accA1-mt28a(+),且两基因能够在同一载体上协同表达。结论成功构建了一种四环素抗性表达载体pET-mt28a(+),并可介导多基因的协同表达,为红霉素合成通路在大肠杆菌中的重建奠定了基础。
- 何彰华师明磊王洋叶丙雨黄芬张彦范秋声王东肖丽霞张乐之李德彬闫兴赵志虎
- 关键词：RED重组质粒红霉素
- 对DNA片段进行3’末端生物素标记的方法
- 本发明公开了一种对超声破碎得到的DNA片段进行3’末端生物素标记的方法。本发明提供的方法：甲：采用Klenow片段和/或T4DNA聚合酶对DNA片段进行处理的同时加入生物素标记的dCTP，随后补平；乙：采用Klenow片...
- 师明磊赵志虎王东王洋
- 文献传递
- 计算机重构石油烃降解的微生物代谢途径
- 2012年
- 目的:用计算机重构石油烃降解通路,为石油污染的生物修复提供理论依据。方法:利用KEGG反应、化合物数据提取反应等式,过滤掉所有反应中的通用化合物及小分子化合物并构建反应矩阵,然后利用广度优先搜索算法在反应矩阵中搜索降解石油烃的代谢途径。结果:计算机分别重构了256 132条链烷烃降解途径和44条环己烷降解途径,以酿酒酵母作为降解石油烃的基因工程菌为例,通过限制改构菌整合的关键酶数目,分别得到了213条不需要转入关键酶的链烷烃降解通路和6条以氧化还原酶、松柏醇脱氢酶或环己醇脱氢酶和环己酮单氧酶为关键酶的环己烷降解通路,并构建相应的降解网络图,标注每个反应的酶。结论:应用计算机重构了2种石油烃降解途径,可为利用微生物对石油污染进行生物修复提供理论依据。
- 王东何涛邵卫东汪莉王玉民
- 关键词：石油污染生物修复基因工程菌广度优先搜索算法
- 红霉素大环内酯合成通路在大肠杆菌中的重建被引量：1
- 2012年
- 研究在大肠杆菌中重建了红霉素大环内酯(6-脱氧-红霉内酯B,6dEB)合成通路。先将参与6dEB合成所必需的基因分别克隆于多基因串联共表达载体中,获得单基因重组质粒;再利用载体中XbaⅠ/SpeⅠ互为同尾酶的特性实现相关基因的串联组合,获得多基因重组质粒pBJ130和pBJ144。将多基因重组质粒共转化BAP1,获得含6dEB合成通路的工程菌株BAP1(pBJ130/pBJ144),SDS-PAGE检测结果显示通路中各基因均有明显的表达;进行低温发酵,产物粗提后质谱检测到6dEB,其产量约10 mg/L。表明成功实现了6dEB合成通路在大肠杆菌中的重建,为红霉素大环内酯的改造和修饰提供了平台,也为红霉素合成通路在大肠杆菌中的完整重建以及聚酮类抗生素的组合性生物合成提供了参考。
- 何彰华王洋叶丙雨师明磊王东范秋声黄芬赵志虎
- 关键词：共表达SDS-PAGE质谱
