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分子对接结合比较分子相似性指数分析用于雌激素类化合物活性预测和分子机理研究被引量：2: 2008年; 雌激素类化合物通过干扰人和野生动物正常内分泌的功能,对人和野生动物的健康产生严重的负面影响.对雌激素类化合物雌激素活性的分子机理和活性预测一直受到广泛的关注.以44个结构差异较大的化合物为研究对象,发展了基于雌激素受体(α亚型)结构的比较分子相似性指数分析方法(COMSIA),研究雌激素类化合物结构与活性的关系,对雌激素化合物活性进行预测,建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(R2=0.965,Q2LOO=0.599,R2pred=0.825).并且阐明了影响化合物雌激素活性的分子结构特征,揭示了受体结合腔中起关键作用的氨基酸残基以及这些氨基酸残基与配体化合物作用的具体方式。; 杨旭曙王晓栋季力李荣孙成王连生; 关键词：分子对接

应用分子全息QSAR预测多溴二苯醚(PBDEs)的毒性被引量：5: 2010年; 多溴二苯醚(PBDEs)可能会激活芳香烃受体的信号传导通路,从而对人类和野生动物的健康产生负面影响.鉴于多溴二苯醚实验毒性数据有限,发展基于结构的化合物毒性预测模型具有重要的实际意义.本文基于一种新的分子结构表征方法——分子全息,研究了18种多溴二苯醚结构与毒性之间的关系,建立了相关性显著、稳健性强的QSAR模型(r2=0.991,q2LOO=0.917).随机选出14种多溴二苯醚为训练集,其他4种化合物为测试集以验证分子全息QSAR模型的稳健性和预测能力.结果在最佳建模条件下得到模型的统计参数如下:r2=0.988,q2LOO=0.598,r2pred=0.955,预测值与实验值之间的均方根误差(RMSE)为0.155.这表明基于分子全息的QSAR模型可以对多溴二苯醚毒性进行比较准确的预测.本文同时利用分子全息QSAR模型色码图,探讨了影响多溴二苯醚毒性的分子结构特征及分子机理.; 杨旭曙王晓栋张一鸣罗斯李荣孙成王连生; 关键词：多溴二苯醚分子全息定量结构-活性相关毒性预测

简析分子对接模拟中雌激素受体的柔性: 2011年; 根据刚性雌激素受体模型的原位和交叉对接的情况,探讨了配体诱导的受体结构差异或晶体本身的缺陷,导致模拟产生偏差的原因;总结了受体结构和残基位置对模拟的影响,并由此提出部分柔性多重受体构象(PFMRC)对接体系,考虑受体的部分柔性以达到同时提高对接精度和速率的目的.; 李荣王晓栋杨旭曙; 关键词：对接雌激素

零价铁降解氯代有机污染物的QSPR研究被引量：3: 2009年; 利用密度泛函理论B3LYP/6-31G(d)水平计算氯代有机污染物绝热电子亲合能(EAad)、垂直电子亲合能(EAvert)及C—Cl键键离解能(BDE),据此研究零价铁对该类化合物脱氯降解的定量结构-性质关系(QSPR).结果表明,描述符EAad和BDE所建QSPR模型效果均较好,同时EAad可以很好地体现还原过程,BDE则对于降解途径预测具有较大价值.; 秦良罗斯高树梅李荣杨旭曙王晓栋王连生; 关键词：氯代有机污染物电子亲合能键离解能定量结构活性相关

基于雌激素β受体结构雌激素类化合物的三维定量结构-活性关系与分子对接研究被引量：3: 2009年; 雌激素类化合物由于其对人和野生动物健康的负面影响而受到广泛关注.雌激素受体存在α和β两种亚型,由于雌激素β受体(ERβ)与α受体(ERα)两者结合腔中的氨基酸序列存在明显差异,因此配体化合物在与雌激素β受体和α受体的结合活性和模式上也可能存在较大差别.本文以50个与雌激素β受体结合的化合物为研究对象,应用比较分子相似性指数分析(COMSIA)的三维定量结构-活性关系(3D-QSAR)分析方法研究化合物结构与活性之间的关系,比较了原子契合和基于受体结构两种分子叠合方式对模型质量的影响,建立了相关性显著、预测能力强的定量活性预测模型(R2=0.961,qL2OO=0.671,RP2red=0.722),并结合分子对接方法揭示了影响化合物活性的分子结构特征和分子机理.; 杨旭曙王晓栋罗斯季力秦良李荣孙成王连生; 关键词：雌激素Β受体分子对接分子机理

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李荣