袁作飞
- 作品数：14 被引量：8H指数：2
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
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- 利用开放式质谱谱库搜索鉴定蛋白质修饰
- 叶叮付岩孙瑞祥袁作飞迟浩贺思敏
- 文献传递
- 一种提高单同位素峰判断准确率的方法和系统
- 本发明公开了一种提高单同位素峰判断准确率的方法和系统。所述方法，包括下列步骤：根据选定的串联质谱，确定候选同位素峰簇；根据所述候选同位素峰簇的色谱流出曲线的相似度和强度比值，确定同位素峰簇的起止；根据所述同位素峰簇的起止...
- 袁作飞刘超王海鹏付岩孙瑞祥贺思敏
- 串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法
- 本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图-候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对...
- 邬龙曾文锋袁作飞刘超孟佳明贺思敏
- 文献传递
- 串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法
- 本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图‑候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对...
- 邬龙曾文锋袁作飞刘超孟佳明贺思敏
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- 精准确定串联质谱母离子的单同位素峰质量
- 袁作飞刘超王海鹏付岩孙瑞祥贺思敏
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- 一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统
- 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列...
- 李由李德泉王乐珩迟浩王海鹏付岩孙瑞祥贺思敏刘超袁作飞王文平秀丽蕴
- 文献传递
- 一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统
- 本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列...
- 李由李德泉王乐珩迟浩王海鹏付岩孙瑞祥贺思敏刘超袁作飞王文平秀丽蕴
- 一种对字符串排序和查找的方法
- 本发明提供一种对字符串进行排序的方法，包括：为所要排序的所有字符串中的字符分类，为一个类别的字符赋予一个数值，不同类别的字符所赋予的数值互不相同；结合各个字符所赋予的值，采用哥德尔编码方法对所要排序的各个字符串分别进行编...
- 李由贺思敏付岩袁作飞迟浩王海鹏王乐珩孙瑞祥
- 文献传递
- pParse:蛋白质组学质谱数据深度解析中的母离子快速灵敏检测
- 基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学中的基础技术[1],而母离子检测是深度解析鸟枪法蛋白质组学质谱数据的第一步。针对这个问题,我们在2012年开发了可以校准母离子的同位素峰[2],并导出共洗脱母离子[3]的质谱数据...
- 涂慧君邬龙袁作飞刘超迟浩孙瑞祥贺思敏
- 关键词：蛋白质组学串联质谱
- 文献传递
- 蛋白质基因组学:运用蛋白质组技术注释基因组被引量：4
- 2013年
- 随着高通量DNA测序技术的飞速发展,越来越多的物种完成了基因组测序.定位编码基因、确定编码基因结构是基因组注释的基本任务,然而以往的基因组注释方法主要依赖于DNA及RNA序列信息.为了更加精确地解读完成测序的基因组,我们需要整合多种类型的组学数据进行基因组注释.近年来,基于串联质谱技术的蛋白质组学已经发展成熟,实现了对蛋白质组的高覆盖,使得利用串联质谱数据进行基因组注释成为可能.串联质谱数据一方面可以对已注释的基因进行表达验证,另一方面还可以校正原注释基因,进而发现新基因,实现对基因组序列的重新注释.这正是当前进展较快的蛋白质基因组学的研究内容.利用该方法系统地注释已完成测序的基因组已成为解读基因组的一个重要补充.本文综述了蛋白质基因组学的主要研究内容和研究方法,并展望了该研究方向未来的发展.
- 张昆王乐珩迟浩卜德超袁作飞刘超樊盛博陈海丰曾文锋罗海涛孙瑞祥贺思敏谢鹭赵屹
- 关键词：基因组注释蛋白质组学质谱技术
