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蔡虹: 作品数：33 被引量：175H指数：8; 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>; 发文基金：国家科技重大专项国家科技攻关计划国家重大科学仪器设备开发专项更多>>; 相关领域：医药卫生轻工技术与工程更多>>

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内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段分型特征研究被引量：1: 2016年; 目的研究分离自内蒙古不同鼠疫疫源地、不同宿主和媒介的鼠疫耶尔森菌的差异区段基因型分布特征。方法选取内蒙古3个鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌307株,采用差异区段分析法,设计24对引物进行DFR位点扩增分型,用Bio Numerics软件分析。结果通过差异区段分型方法共发现13种基因型,其中5种基因型（Gnm1-Gnm5）为本研究首次报道。长爪沙鼠疫源地有9种基因型,主要基因型为G11（71.8%,122/170）;达乌尔黄鼠疫源地有6种基因型,主要为G10（44.1%,41/93）和G11（35.5%,33/93）;布氏田鼠疫源地有4种基因型,主要为G14（90.9%,40/44）。3个疫源地均分布有G11型。结论内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段基因型分布具有明显的地理分布特征,对分析内蒙古鼠疫的传播和遗传演变具有重要的分子流行病学意义。; 蒋羽李建云梁莹蔡虹彭遥王宇萌刘芳徐冬蕾王姝懿张志凯海荣张忠兵李伟范蒙光; 关键词：鼠疫耶尔森菌分子流行病学

我国鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性特征研究被引量：1: 2012年; 目的了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性（SNP）特征。方法利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对，选择其中的13个基因片段（19个SNP位点）在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序，并对序列进行UPGMA聚类分析。结果全基因组比对共筛查出3780处序列差异位点。通过对不同SNP位点组合的聚类分析发现我国鼠疫菌具有明显的地理区域性和生态型聚集性特征。结论SNP作为一种比较稳定的遗传标记，可以较好地反映我国不同鼠疫自然疫源地耶尔森鼠疫菌的基因组特征。; 王娜申小娜俞东征夏连续魏建春蔡虹徐冬蕾陈晨崔志刚梁莹徐大琴雒涛海荣; 关键词：聚类分析

青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌遗传特征分析被引量：2: 2018年; 目的研究青藏高原喜马拉雅鼠疫疫源地那曲和比如地区鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)菌株的分子分型特征,确定具有该分型特征的鼠疫菌在青藏高原鼠疫疫源地的分布情况。方法应用板块重排、差异区段分析、间区规律短回文重复、多位点可变数目串联重复序列分析方法对分离自青藏高原地区、四川省、云南省的98株鼠疫菌进行分析。结果那曲和比如地区的鼠疫菌菌株中第57~60板块的排列方式与测序菌株Z176003一致,在其他实验菌株中未发现该重排特征。结论分离自那曲和比如的鼠疫菌菌株具有独特的分子分型特征,该特征在本地区的菌株中普遍存在,且菌株多态性持续分化。; 王宇萌梁莹张恩民马娜申小娜蔡虹张志凯夏连续梁未丽代瑞霞李伟; 关键词：鼠疫耶尔森菌青藏高原

鼠疫菌3种常见质粒的结构特征分析被引量：3: 2015年; 目的研究鼠疫菌基因组中3种常见质粒的基因构成和分布特征。方法应用编码基因序列相似性比对和生物信息学软件自动分析2种方法,分别对国际上已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的鼠毒素质粒(pMT1)、低钙反应质粒(pCD1)和鼠疫菌素质粒(pPCP1)进行整体结构的比较分析。结果 pMT1质粒上存在基因大片段的重新排列,整条质粒被划分成4个主要的基因模块。CO92、KIM和91001菌株分属于东方型、中世纪型和田鼠型3个不同的生物型,他们的p MT1质粒结构各有特点;Nepal 516等其余6株菌均是古典型鼠疫菌,他们的pMT1质粒结构基本一致,且与其他3个生物型鼠疫菌株的p MT1质粒结构不同。pCD1质粒被划分成3个主要的基因模块,但整体结构在不同菌株中并无差异,只有IS100在质粒中的插入位置各不相同。pPCP1质粒上所有编码基因的排列顺序和方向在各菌株中完全相同。结论鼠疫菌pCD1和pPCP1质粒的基因结构比较稳定,而pMT1质粒结构在鼠疫菌的长期进化过程中发生了一定程度的变异。; 梁莹海荣蔡虹; 关键词：鼠疫耶尔森菌质粒

基因和抗原检测技术在鼠疫监测中的应用与评价被引量：6: 2007年; 目的对鼠疫特异性基因和抗原检测新技术进行鼠疫监测现场的应用及评价。方法检测来自鼠疫自然疫源地的各类标本中鼠疫菌DNA和F1抗原,采用多重PCR、胶体金免疫技术和酶联免疫吸附试验,与鼠疫菌培养和反向间接血凝试验进行平行对照。结果使用5种方法平行检测鼠类、蚤类标本1798份,共判定鼠疫标本132份,总阳性率为7．34%;与单纯鼠疫菌培养阳性相比（113份,阳性率为6．28%）,其中鼠疫菌培养与基因、抗原检测的总阳性率为7．34%,与单纯检菌阳性率比较检出率提高16．81%,符合率达到97．13%。结论在鼠疫监测中增加基因与抗原联合检测,可以提高鼠疫的确诊率。; 海荣俞东征史献明张忠兵唐永娇王鹏夏连续魏绍振徐兵秦迎旭张志凯石国祥徐冬蕾蔡虹张恩民魏建春耿英芝黄德惠赵斌汪立茂马凤琴黄富王月张涛张建华; 关键词：鼠疫耶尔森菌基因抗原

高等级生物安全实验室紫外线杀菌评估模式的研究被引量：4: 2009年; 目的:评价在高等级生物安全实验室中常见紫外线杀菌操作的安全性,为建立操作技术标准提供实验证据。方法:用pUC19质粒转化大肠杆菌DH5α构建模式菌。用模式菌模拟高等级生物安全实验室中可能遇到的几种紫外线杀菌情况,并对紫外线照射后的细菌存活情况进行评价。结果:当菌量较少时,紫外线能在10 m in内完全杀灭生物安全柜中的细菌,而在30 m in内完全杀灭实验室中距紫外灯2 m内的细菌。对于大量细菌,紫外照射的效果不佳。在生物安全柜中,紫外线持续照射10 m in可以完全杀灭滴落在生物安全柜、操作者隔离服或乳胶手套表面的细菌。结论:对大量细菌的污染,单纯的紫外线照射具有风险,不建议高等级生物安全实验室将紫外照射作为唯一杀菌方法。; 朱晓宇蔡虹梁莹张晓媛海荣夏连续; 关键词：紫外线杀菌

4种病原菌特异基因片段阳性蜱的16SrRNA基因克隆文库分析: 2009年; 目的建立16SrRNA基因克隆文库分析蜱媒菌群的方法，观察该方法对蜱寄生病原菌的检测效率以及对细菌群落多样性分析和对病原菌的筛检能力。方法用伯氏疏螺旋体、汉赛巴通体、嗜吞噬细胞无形体和查菲埃立克体4种病原菌特异基因设计引物，扩增蜱标本提取的核酸，以上述4种病原菌特异基因片段扩增均阳性的蜱核酸提取物做模板，用16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序，建立16SrRNA基因克隆文库，将测序结果与数据库进行比对，计算克隆文库Coverage值和Shannon—Wiener多样性指数。结果测出103个有效序列，检出16种已知种属的细菌，其中8个是优势类型（克隆子数〉5个）；检测到伯氏疏螺旋体、汉赛巴通体和立克次体3种病原菌，但这3种病原菌均不是优势类型（克隆子数均〈5个）。Coverage值为96．11％，Shannon—Wiener多样性指数为2．40。克隆序列分析结果表明，蜱寄生细菌主要为仅、1变形菌纲，占56．25％（9／16）。结论16SrRNA基因序列分析可以对蜱标本进行菌群相对定量研究，可以同时检出多种病原菌．是一种较好的细菌菌群多样性分析和病原菌筛检方法。; 张守印孙继民贺金荣付秀萍张景山张建华蔡虹马凤琴海荣俞东征; 关键词：RRNA基因多样性

4种鼠疫F1抗原/抗体检测方法的初步评价被引量：8: 2010年; 目的客观评价血凝试验、胶体金试验、ELISA和PCR4种检测方法的灵敏性。方法对于血清学方法中的F1抗体检测,评价检出的全菌免疫兔抗血清最低稀释度;F1抗原检测,评价检出的最低浓度。对于分子生物学方法,评价同时检出fra基因和pla基因的模板最低浓度。结果对于F1抗体检测,间接血凝试验检出的最低稀释度是1∶64,胶体金试验是1∶1000,ELISA是1∶204800。对于F1抗原检测,反向血凝试验检出的最低浓度是2ng/ml,胶体金试验是50ng/ml。fra、pla基因同时检出,模板的最低浓度是0.21ng/μl。结论在以抗体IgG为主的血清中,ELISA法对于F1抗体检测的灵敏性较高。反向间接血凝试验对于F1抗原检测的灵敏性较高。为减少误诊率,采用PCR诊断鼠疫菌要求最低模板浓度是0.21ng/μl。; 王艳华海荣夏连续蔡虹梁莹俞东征; 关键词：鼠疫耶尔森菌血凝试验酶联免疫吸附试验聚合酶链反应

炭疽芽胞杆菌基因组中串联重复序列拷贝数的分析: 2006年; 目的研究炭疽芽胞杆菌基因组中多位点串联重复序列遗传标记的遗传变异规律。方法根据文献上发表的串联重复序列位点,利用已发表的13对引物,对88株炭疽芽胞杆菌基因组DNA进行PCR扩增,扩增产物进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳,利用凝胶影像分析软件对PCR产物DNA片段的碱基含量进行测算,计算出串联重复拷贝数。对部分PCR扩增产物DNA片段进行测序,利用DNAStar软件进行序列比对,分析不同菌株间的串联重复序列遗传变异规律。结果(1)炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列位置,同一菌株具有相对稳定的串联重复拷贝数。(2)88株炭疽芽胞杆菌DNA上的13个串联重复序列遗传标记中,有的串联重复序列拷贝数变异较小,有的却存在着复杂的多态性;(3)有些串联重复序列单位内的核苷酸数目不变,但核苷酸的排列组合有差异,不过其重复单位内都包含着一个相同的稳定不变的核心核苷酸序列。结论炭疽芽胞杆菌基因组DNA中串联重复序列可以精确定位,测定结果可以数值化,并且串联重复序列在菌株DNA中具有相对的稳定性,因此,串联重复序列是研究炭疽芽胞杆菌遗传特征的较好指标,具有鉴别炭疽芽胞杆菌菌株间差别的能力。; 田国忠俞东征海荣魏建春马凤琴蔡虹张建华郑玉红付秀萍张志凯张恩民徐冬蕾; 关键词：炭疽芽胞杆菌串联重复序列

一种区分田鼠型与非田鼠型鼠疫耶尔森菌的PCR-RFLP方法: 2014年; 目的建立一种快速区分鉴别田鼠型与非田鼠型鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子分型方法。方法设计特异引物对93株不同来源、不同生物型鼠疫菌的天冬氨酸酶基因(asp A)进行PCR扩增,用限制性内切酶Hpy CH4Ⅳ对扩增产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析;直接测序法检测asp A基因多态性。结果 asp A基因扩增产物经Hpy CH4Ⅳ酶切后呈现2种基因型:田鼠型鼠疫菌(38株)均为101、126 bp 2个条带;非田鼠型鼠疫菌(55株)均为227 bp单一条带。测序结果证实酶切识别位点发生突变导致带型差异。结论初步建立了鼠疫菌PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)法asp A基因分型方案,通过Hpy CH4Ⅳ酶切带型差异区分高毒力的非田鼠型菌株与低毒力的田鼠型菌株,适用于疫源地流行病学调查。; 郑霄夏连续海荣张志凯蔡虹尤鑫平静李伟; 关键词：鼠疫耶尔森菌聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分子分型

蔡虹

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