肖林
- 作品数：3 被引量：11H指数：2
- 供职机构：暨南大学更多>>
- 发文基金：广东省水利科技创新项目国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 基于COⅠ基因的中国及邻近海域部分笛鲷属鱼类DNA条形码研究被引量：9
- 2019年
- 笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5'端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。
- 唐楚林肖林章群周琪徐示王业磷
- 关键词：笛鲷属DNA条形码
- 广东地区汉族人群TLR1基因多态性的测序研究被引量：2
- 2011年
- 目的:人类Toll样受体1(TLR1)在先天性免疫中起着重要作用。本文将着重研究广东地区汉族正常人群中TLR1基因功能区的单核苷酸多态性(SNPs)图谱和频率分布。方法:随机收集50例健康、无亲缘关系的中国广东地区汉族人外周血液,对TLR1基因的启动子区、5'和3'非翻译区、4个外显子区的序列进行PCR扩增和直接测序,找出多态性位点及其频率分布规律。在此基础上对多态性位点进行Hardy-Weinberg平衡分析、中性进化分析和连锁不平衡分析。结果:共发现17个SNPs以及2个插入/缺失多态位点,其中2个是首次发现的新多态性位点。位于编码区的新SNP位点+1 378 A/G为非同义突变位点,能导致460位丝氨酸(Ser)残基替换为甘氨酸(Gly)残基,并且这个氨基酸残基的替换处于TLR1胞外区的LRR结构域中,从而有可能影响蛋白的识别功能。另外,频率最高的SNPs是+743 A/G和+1 518 A/G,其次要等位基因频率均达到48%。所有多态性位点均符合Hardy-Weinberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR1基因不符合中性进化假说,很可能是其调控区受到平衡选择作用的原因。连锁不平衡分析显示多态性位点-6 912 C/TA、-6 876 C/T、-6 399 C/T和-6 375 C/T之间,-6 847 A/G和-6 737 A/T之间,以及-5 984-/CT、-5 531 A/G和-5 490 C/G之间完全连锁。结论:本研究首次报道了汉族正常人群TLR1基因的功能性多态性图谱,发现了一些种族特异性的多态性位点及频率分布规律,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究打下一定的基础。
- 张斌肖林肖文娟刘泽寰
- 关键词：单核苷酸多态性广东汉族人群
- 广东汉族人群TLR1基因单核苷酸多态性及其与毒性弥漫性甲状腺肿易感关系的初步研究
- 肖林
- 关键词：单核苷酸多态性等位基因单倍型
