李力
- 作品数：2 被引量：13H指数：2
- 供职机构：华南理工大学生物科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：轻工技术与工程生物学更多>>
- 用于基因芯片数据分析的模块性图聚类方法被引量：2
- 2013年
- 图聚类是一种重要的聚类算法,可有效应用于蛋白质作用网络和芯片数据聚类等领域.文中针对现有基因芯片数据图聚类方法的不足,提出了一种基于模块性指标和子图平滑度的全局图聚类方法.为防止算法陷入局部最优解,引入子图平滑度的定义,打散每次聚类结果中产生的平滑度较低的子图,再对得到的单节点进行下一次聚类,经多次迭代后得到全局最优的聚类结果.采用一组基因组表达数据,将该方法和其他4种常用聚类方法(经典图聚类、k均值、SOM及Fuzzy算法)进行比较,结果表明:该方法在聚类过程中的平均类间重叠度和FOM'值总体上优于其他4种算法,在将数据集分类到最佳聚类数39时,其FOM'值分别比上述4种方法低28.41%、19.21%、9.84%和24.67%;其分类准确度高于Fuzzy法和SOM算法,算法执行效率则与SOM算法相近,比Fuzzy法高5.94%.
- 李力曹以诚毛晓帆
- 关键词：基因芯片模块性平滑度
- 黄曲霉毒素B1致癌毒性相关基因的生物信息学分析被引量：11
- 2013年
- 黄曲霉毒素是广泛存在于食品中的对人类危害最大的、最常见的霉菌毒素,其中黄曲霉毒素B1是致癌毒性最强的一种。为了筛选与黄曲霉毒素B1致癌作用密切相关的基因,利用生物信息学技术对从GEO数据库中下载的三组相关的人基因组芯片实验数据集作系统的聚类分析,并对候选基因进行初步的数据库检索。首先选取数据集中表达比值相差2倍以上的基因做聚类分析,然后对聚集结果中表达趋势最为接近的差异基因作生物信息学数据库的检索,最后发现KRT15、PCNA、MMP1等多条基因与黄曲霉毒素B1关系紧密。通过对三组基因组芯片数据的生物信息学分析,找出了多条可能是黄曲霉毒素B1致癌毒性相关的关键基因,为进一步研究黄曲霉毒素诱导癌症发生、发展的具体机理提供了新的思路。
- 李力曹以诚区镜深毛小帆
- 关键词：黄曲霉毒素致癌物基因表达谱
