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酮古龙酸菌WB0104的全基因组分析被引量：11: 2006年; 酮古龙酸菌(Ketogulonigenium sp)可以将L-山梨糖转化为维生素C的前体2-酮基-L-古龙酸,具有重要的工业应用价值．酮古龙酸菌WB0104基因组由一长度为2765030 bp的环形染色体和2个环状质粒(267968和242707 bp)组成,染色体的(G+C)含量为61．69%,含2727个可读框(open reading frames,ORF),它的复制、转录和翻译以及碳水化合物和能量代谢系统是完整的,而修复系统不完全．WB0104中有640个左右的预测ORFs属于转运蛋白,占总预测基因数的四分之一左右,远远高于目前已知的其他细菌,推测与其适应土壤环境因素有关．; 杨帆贾茜熊朝晖张笑冰吴洪涛赵颖杨剑朱俊萍董杰薛颖孙立连沈岩金奇; 关键词：基因组

福氏2a志贺氏菌301株基因组水平的缺失基因分析被引量：5: 2003年; 在完成福氏2a志贺氏菌 301株全基因组序列测定工作的基础上, 以非致病性大肠杆菌K12 MG1655株的全基因组序列为参比对象, 进行比较基因组学分析. 结果显示, 与大肠杆菌基因组相比, 福氏2a志贺氏菌 301株基因组中共有136个长度大于1000 bp的片段缺失, 总长为717253 bp. 这些缺失片段中共包含670个可读框(ORF). 通过对ORFs编码产物的功能预测和分析, 发现这些缺失的ORFs主要编码与细菌代谢相关的酶类、结构蛋白、基因转录调控因子以及与细菌遗传物质水平转移相关的元件. 这不仅从全基因组水平揭示了两种具有不同生物学特性和表型的重要肠道细菌的分子差异, 而且为进一步探索其生理活动过程、致病机制以及肠道细菌间的进化等诸方面的问题提供了有价值的线索.; 张笑冰刘红杨帆杨剑薛颖董杰孙立连杨国威朱俊萍楚雍烈金奇; 关键词：比较基因组学缺失基因细菌性痢疾

红色毛癣菌部分表达序列标签的分析被引量：9: 2004年; 红色毛癣菌是最常见和流行范围最广的一种浅部致病真菌.在构建红色毛癣菌cDNA文库的基础上,获得4002条ESTs.与GenBank数据库中的序列同源性比较表明,其中30%(1226条)与其他生物已知功能的基因产物具有不同程度的同源性,24.81%(989条)仅得到简单的功能提示,45.19%(1787条)与目前已知的任何蛋白质都没有显著同源性,为全新的未知功能基因.对一些与红色毛癣菌生长代谢、信号传导、致病和耐药相关的重要功能基因做了初步分析,阐明了红色毛癣菌的部分重要代谢途径,为进一步探索其生理过程、致病和耐药机理,寻找新的药物靶标提供了重要的分子基础和线索.; 马骊王玲玲冷文川杨剑朱俊萍董杰薛颖万哲李若瑜金奇; 关键词：红色毛癣菌功能基因组 CDNA文库表达序列标签药物靶标致病真菌

福氏2a志贺菌磷酸烯醇丙酮酸盐合成酶基因的克隆与序列分析: 2002年; 目的　克隆福氏 2a志贺菌 30 1株染色体编码与代谢相关的酶类基因 ,分析结构特点并进行同源性比较 ,以期部分阐明其与大肠杆菌生化特性相似的分子生物学基础。方法　鸟枪法随机克隆福氏 2a志贺菌染色体DNA ,经探针杂交和末端核苷酸序列测定筛选出带有磷酸烯醇丙铜酸盐合成酶 (pps)完整基因的阳性克隆 ,利用exonucleaseⅢ制备嵌套缺失体亚克隆 ,采用双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。结果　福氏 2a志贺菌 30 1株pps基因 (全长 2 4 74bp)与大肠杆菌pps基因核苷酸及氨基酸序列的同源性分别为 98.8%和 97.6 %。编码区上游和下游存在较多变异。福氏 2a志贺菌 30 1株pps基因与GenBank中其它菌株pps基因的同源性均低于 5 5 %。结论　福氏; 杨朵金奇杨帆朱俊萍黄海蓉楚雍烈侯云德; 关键词：福氏2A志贺菌基因克隆基因序列分析

柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析被引量：62: 2005年; 对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,Cox.A16)病毒SHZH00-1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox.A16SHZH00-1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5′端非编码区(5′UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3′端非编码区长为83bp。Cox.A16SHZH00-1基因组的结构与Cox.A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AF177911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为98.8%;而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79.1%,氨基酸同源性为94.5%。Cox.A16SHZH00-1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80%。; 李琳琳何雅晴朱俊萍薛颖朱雅芳徐星晔金奇; 关键词：柯萨奇病毒A组16型手足口病同源性中国分离株

肠道病毒71型感染前后宿主细胞蛋白质组的二维液相色谱分离和比较被引量：6: 2005年; 以肠道病毒71型及其宿主细胞为研究主体,建立了一种二维液相色谱分离和分析比较病毒感染前后细胞蛋白表达谱的方法.该方法以高效液相色谱(HPLC)为技术平台,对细胞裂解物先后进行一维色谱聚焦分离和二维反相色谱分离.利用ProteoVue软件将二维色谱数据转换成模拟胶图,再利用DeltaVue软件对感染前后的宿主蛋白表达谱进行比较和分析,找出差异蛋白.二维液相色谱分离法能够根据蛋白的等电点和疏水性建立精确的细胞蛋白表达图谱,每0.2个pH为一个收集区段,在pH8.5～3.9的范围内可见蛋白条带约1 200条.该方法良好的重现性、自动化以及结果分析的简易化,使之在细胞表达谱差异显示中的应用潜力巨大,并且为研究病毒与宿主相互作用提供了新的方法和思路.; 朱俊萍孙立连卫灿东李琳琳金奇; 关键词：蛋白质组肠道病毒71型宿主细胞

痢疾杆菌染色体中噬菌体插入序列的分析被引量：1: 2002年; Based on the whole genome sequence data of Shigella flexneri 2a 301,phage inserting sequences on the chromosome were selected to analyse their distribution,types, possible function,especially in the pathogenesis,gene transfer and so on.It is the first time to study phage inserting sequences from whole bacterial genome in native field.; 朱俊萍刘红杨帆杨国威张笑冰金奇; 关键词：基因组毒力因子基因水平转移染色体

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朱俊萍