本文应用主体网络模型计算模拟了溃疡性结肠炎进程中的免疫动力学．我们的建模研究表明，炎症网络中几种正反馈通路的激活是溃疡性结肠炎产生和发展的主要驱动力．研究表明，尽管溃疡性结肠炎患者的免疫反应主要由抗炎／调节型像M2巨噬细胞以及第二类自然杀伤T细胞（Natural killer T cells）等免疫细胞的行为控制，促炎型免疫细胞包括M1巨噬细胞、Th1和Th17辅助T细胞以及它们分泌的相关因子像肿瘤坏死因子（TNF—α）、白介素IL-12、IL-23、IL-17和干扰素γ等也在溃疡性结肠炎发展过程中保持一定的水平（尽管比另一种慢性肠炎克罗恩氏病中的含量低）．长时间暴露在这些促炎环境中会引起胃肠道粘膜组织的持续损伤，从而导致溃疡性结肠炎．本文研究结果定性地与临床及动物实验一致，对疾病形成机制提供了一种新的理解．
In this paper, we analyse the classifications of critical points on PES with differential dynamics methods, poin out that there are only three types of critical points:attracors, repelants and saddle points; and obtain the conditions of PES topological structures losing their stability （TSLS）. Finally, we obtain the conditions of TSLS and bifurcations of reactive paths on A+B2 reactive potential energy surface.
三磷酸腺苷结合盒式(ATP-binding cassette,ABC)输出转运体是一类典型的蛋白质分子机器,这类分子机器通过门控运动进行“向外打开”(outward-facing,OF)和“向内打开”(inward-facing,IF)构象态之间转换,从而把底物转运输出生物膜外。尽管结构和功能的研究已取得重大进展,但对ABC输出转运体构象门控的分子机制还没有完全理解。由于全原子分子动力学存在长时间尺度问题,因此对ABC蛋白质分子构象变化不能进行完全描述。本文应用粗粒化分子动力学(CG-MD)结合改善的抽样方法,对细菌ABC输出转运体MsbA进行计算模拟研究。本文计算得到的平均力势(potential of mean force,PMF)表明,从OF构象态到IF构象态之间的转变需要经过一个“阻塞态”(occluded state,OC),即MsbA的内门和外门都是关闭的状态。这种阻塞状态对ABC输出功能的方向单一性具有重要意义。我们的CG-MD计算模拟结果显示,随着MsbA的核苷酸结合域(nucleotide binding domain,NBD)的分离,外门的关闭和内门的打开是采用高度协作的方式。基于本文的计算模拟结果,我们提出了一个与目前文献中发表的有很大不同的机械力学模型,揭示了ABC输出转运体通过构象门控运动输运底物的分子机制。
