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用距离几何算法和同源建模法对水稻类金属硫蛋白(rgMT)的三维结构建模(英文): 2003年; 水稻类金属硫蛋白(rgMT)的两端是高度保守的半胱氨酸富含区的结构域(CR区),中间是不含半胱氨酸的间隔区,呈典型的三段式结构。本研究分别采用距离几何算法和同源建模相结合的方法对水稻类金属硫蛋白进行三级结构建模。在排列出CR区的所有可能的半胱氨酸-金属硫络合的组合方式,并对每一种组合方式给出一定的限制条件后各生成20个随机构象。根据生成的随机构象是否能形成金属硫络合结构,从900个随机构象中最终选出6个构象(N端4种,C端2种组合)作为可能的结构模型。另一方面,采用GOR方法对间隔区进行了二级结构预测,随后用同源建模法对其建模。将上述建成的三部分模型连接起来后形成rgMT的整体三维构象。结果表明rgMT能像哺乳动物MT蛋白一样,可形成两个独立的、在结构和能量上均没有障锝的金属-硫络合结构。介于所有植物类金属硫蛋白都具有典型的三段式结构,其中的一部分还具有与rgMT相同的半胱氨酸排列方式,所以rgMT三维结构模型的建立对于其他植物类金属硫蛋白的结构研究具有重要的参考价值。; 吕暾刘进元张日清赵南明

植物类金属硫蛋白半胱氨酸富含区结构的建模(英文)被引量：2: 2002年; 详细了解蛋白质的三级结构信息有助于理解其生物学功能。随着植物基因组研究的进展 ,已发现了 50多个植物类金属硫蛋白 (Metallothionein_Like ,MT_L)基因。但至今只有少数几个MT_L蛋白得到了纯化 ,而其结构尚无报道 ,因此有必要建立分析这类蛋白结构特征的方法。本研究根据已知的哺乳动物MT的结构数据 ,分析得出了CXC、CXXC模式和金属硫络合簇结构原子间的距离限制条件 ,并用距离几何算法计算得出预测蛋白可能的构象 ;然后通过统计分析筛选出目标函数值显著较小、构象能低的结构作为这些蛋白半胱氨酸富含区的预测结构 ,由此建成了适合于植物类金属硫蛋白半胱氨酸富含区的结构预测方法。从应用该方法正确地预测出了已知结构的蓝蟹MT的结构来看 ,该方法是可行的。并用该方法预测了油菜MT_L蛋白的半胱氨酸富含区的结构。; 何红珍朱春明吕暾张日清赵南明刘进元

水稻金属硫蛋白ricMT的一级结构特征分析被引量：5: 2000年; 为了获得水稻金属硫蛋白 ric MT的一级结构特征 ,通过等电点和蛋白稳定性预测 ,初步判断 ric MT蛋白是一个不稳定的酸性蛋白 ;并用 ric MT氨基酸序列对 EMBL 蛋白数据库进行检索 ,得到 5 0余个同源性较高的来自动植物的 MT蛋白 ,用二重序列对排分析和氨基酸组成模式分析与已知的蛋白进行比较 ,将 ric MT归属于植物类金属硫蛋白类型。采用多重序列比较法总结出植物类金属硫蛋白的一级结构的三点特征 :相对分子量比动物 MT大 ,平均为 71个氨基酸残基 ;与哺乳动物 MT不同的独特氨基酸组成模式 ;一级结构典型的三段式分布 ,间隔区多数达 3 0～; 吕暾刘进元; 关键词：金属硫蛋白水稻等电点

植物类金属硫旦白结构研究: 该论文系统地研究了植物类金属硫蛋白(MT-Like Protein)的各级结构特点.选择水秀rgMT都把作为植物类金属硫蛋白的代表进行三维建模.对于rgMT代表的两个半胱氨酸富含区使用距离几何方法进行模建.研究了半胱氨酸...; 吕暾; 关键词：金属硫蛋白

植物炭疽病真菌金属硫蛋白的三级结构预测: 2002年; 根据实验测定的Ⅰ类金属硫蛋白 (metallothionein ,MT)三级结构的实验数据 ,给出该类蛋白质的两种特征结构 (CXC、CXXC一级结构 ,半胱氨酸金属络合簇三级结构 )的原子间距离约束条件 ,然后运用距离几何算法计算出一系列可能的构象 .从这些构象中经统计分析筛选出目标函数值显著较小的结构作为所预测蛋白质的三级结构模型 .用已知结构的蓝蟹MT对方法进行检验证实其可行性后 ,对植物炭疽病真菌金属硫蛋白CAP3进行了三级结构预测 .; 何红珍吕暾赵南明张日清刘进元; 关键词：植物炭疽病金属硫蛋白

基于半胱氨酸排列方式的植物类金属硫蛋白的分类与命名法(英文)被引量：2: 2000年; 随着植物基因组研究的进展 ,在基因文库和蛋白文库登录的植物类金属硫蛋白基因已超过 5 0个 ,接近金属硫蛋白总数的 1/ 3,而且有不断上升的趋势。鉴于目前植物类金属硫蛋白命名与分类随意性太大 ,很有必要建立一个统一合理的命名与分类法。对植物类金属硫蛋白一级结构进行详细分析后 ,发现该蛋白两端富含半胱氨酸的区域内半胱氨酸的排列方式颇具规律性 ,进而提出了以半胱氨酸排列方式为基础的分类及命名法 ,并阐述了采用这种方法的理由及其可行性。; 刘进元吕暾赵南明

猕猴桃金属硫蛋白的结构建模被引量：4: 2000年; 应用距离几何算法对金属硫蛋白的半胱氨酸富含区进行了结构预测，并结合同源模块法成功地完成了对猕猴桃金属硫蛋白三级结构的建模．结果表明，植物金属硫蛋白也像哺乳动物金属硫蛋白一样具有独立形成两个金属硫络合簇的结构基础，本方法可应用于其他同类蛋白的三级结构建模．; 朱春明吕暾张日清赵南明刘进元; 关键词：金属硫蛋白猕猴桃

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吕暾