高山
- 作品数：19 被引量：123H指数：4
- 供职机构：南开大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生经济管理更多>>
- 基于PacBio平台的全长转录组测序被引量：17
- 2016年
- 当前,绝大多数的转录组数据都是基于以Illumina平台为代表的第二代高通量测序技术获得的,但是第二代测序技术无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接等重要信息,因而大大制约了转录组数据的深度利用.通过以PacBio为代表的第三代测序技术,可以获得更长乃至全长转录组,但由于Pac Bio转录组测序近几年才刚兴起,只有少量的物种基于PacBio平台获得了转录组.PacBio全长转录组测序,在国际上才刚开展但发展很快,其实验与数据分析标准和质量控制方面的研究对于未来的大规模应用至关重要.本研究在国际上首次尝试依据PacBio平台最新试剂(P6/C4)优化实验参数,设计质量控制指标并使全长转录组测序标准化.本文基于一组昆虫(麻皮椿)全长转录组数据,对已取得的部分结果进行报告.
- 任毅鹏张佳庆孙瑜吴振峰阮吉寿贺秉军刘国卿高山卜文俊
- 关键词：PACBIO
- 一种小RNA高通量测序检测微生物的方法
- 本发明涉及一种新的通过RNA捕获‑小RNA高通量测序(RNA capture and sRNA‑seq，RC&sRNA‑seq)检测病毒、细菌和真菌等微生物的方法。该方法可以一次性检测样品中几千种微生物，并可以达...
- 陈泽高山米东姚雪赵强刘燕强王青松阮吉寿
- 文献传递
- MDL1及其定量检测方法
- 本发明公开了人线粒体基因MDL1和MDL1AS转录的RNA的cDNA序列及其定量检测方法，属于生物技术领域。基因MDL1转录的RNA的cDNA序列为：1)SEQ ID NO.1所示核苷酸序列；或2)SEQ ID NO.1...
- 高山姚雪卜文俊阮吉寿程智
- 文献传递
- 下一代测序中ChIP-seq数据的处理与分析被引量：4
- 2012年
- 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与下一代高通量测序技术相结合的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq),已成为功能基因组学、特别是基因表达调控领域研究的关键技术。ChIP-seq实验带来的海量数据向生物信息学研究人员提出了新的挑战。由于此领域数据处理技术的发展大大滞后于实验技术进步,有必要系统地介绍和回顾ChIP-seq数据处理的各个方面,以便更多研究人员进入此领域设计或改进相应的算法。文章结合实例详细介绍了ChIP-seq数据整个流程,并重点讨论了其中的主要问题和关键环节,为这一研究领域的科研人员提供一个快速而深入的认识。
- 高山张宁李勃徐硕叶彦波阮吉寿
- 关键词：下一代测序CHIP-SEQ数据处理转录调控表观遗传学
- 基于BS架构的移动集团产品端到端电子工单系统的设计与实现
- 在中国各电信运营商全业务的竞争形势和格局下，为提升集团客户保有与规模化拓展能力，加强对信息化产品的运营支撑能力，迫切需要加强集团客户多渠道、跨部门、跨地域的业务、服务、账务的一体化运营，切实有效提高集团业务的运营效率和服...
- 高山
- 关键词：软件设计B/S构架
- 在酵母中表达原核碱性磷酸酶
- 本发明涉及一种在酵母中表达原核碱性磷酸酶的方法，用以表达来自海科贝特菌(Cobetia marina)的碱性磷酸酶CmAP。该方法可以用于生产具有高比活力、高稳定性、高糖基化的重组碱性磷酸酶，提高其纯品的单位发酵液产量，...
- 高山贝锦龙徐国峰杨珺汪和睦米东周浩魏东盛梁剑光李鑫
- 文献传递
- 5’非翻译区条形码揭示2019新型冠状病毒毒力
- 2020年
- 2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。在前期研究中,我们在国际上首次报道了有关2019-nCoV的两个重要发现:①Beta冠状病毒B亚群存在大量的可变翻译;②2019-nCoV的S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。本研究在国际上首次报道了2019-nCoV的5’非翻译区分析的结果:Beta冠状病毒可以根据其5’非翻译区条形码分为不同毒力的四个类;这四类对应Beta冠状病毒的四个亚群;已知的2019-nCoV与SARS冠状病毒的5’非翻译区条形码完全一样。作为本研究的最大贡献,我们在国际上首次提出5’非翻译区条形码可应用于病毒的检测、鉴定、分类以及进化研究。这种方法对于冠状病毒的预警和防控至关重要。本研究的最重要发现是内部核糖体进入位点很可能是影响冠状病毒毒力的重要因素。这个发现从分子水平揭示了2019-nCoV的毒力,并且为药物、抗体和疫苗的开发等应用提供直接指导。同时,我们提出一个基础理论方面的假说,起始密码子上游临近的茎环结构在真核生物的蛋白质翻译中起到重要作用。
- 段广有施劲松宣益波陈嘉源刘畅刘畅阮吉寿高山
- 关键词：冠状病毒毒力内部核糖体进入位点
- 在酵母中表达原核碱性磷酸酶
- 本发明涉及一种在酵母中表达原核碱性磷酸酶的方法，用以表达来自海科贝特菌(Cobetia marina)的碱性磷酸酶CmAP。该方法可以用于生产具有高比活力、高稳定性、高糖基化的重组碱性磷酸酶，提高其纯品的单位发酵液产量，...
- 高山贝锦龙徐国峰杨珺汪和睦米东周浩魏东盛梁剑光李鑫
- 代建项目全团队组织管理研究
- 随着我国经济现代化和城市化进程的加速推进，大型公共基础设施建设对国民经济发展的促进作用越来越明显，可以产生巨大的经济效益和社会效益。与此同时，传统的工程项目管理模式在大型建设项目实践中的局限性也愈发突显。 从我国代建制...
- 高山
- 关键词：公共基础设施代建项目
- 文献传递
- 带TRS基序突变的新型冠状病毒威胁更大
- 2022年
- 目的研究冠状病毒转录调控序列(TRS)基序突变,为深入研究冠状病毒的爆发、传播规律以及开发减毒活疫苗等提供理论基础。方法采用进化与分子功能联合分析法,对公开的全部套目病毒基因组数据进行分析。结果冠状病毒基因组内的前导转录调控序列(TRS-L)通常由其5’端非编码区内的前60~70个核苷酸残基组成,长度不同的基因体转录调控序列(TRS-B)位于除ORF1a和1b外的其它基因紧邻的上游,每个冠状病毒基因组的TRS-L和TRS-B共有一段特定的一致性序列,即TRS基序,TRS基序中出现的碱基变化叫做TRS基序突变。TRS基序突变如果发生在TRS-L或多个TRS-B中,会形成超级减毒株。超级减毒株的扩散,可引起无症或轻症感染者增多,潜伏时间长,以及漏检率上升等问题,对SARS-CoV-2的防控提出新的挑战。超级减毒株还会增大与人类长期共存的概率,将长期威胁人类健康。Delta突变株与此前出现的突变株有显著不同,如果不高度重视,可能引起大规模传播。带TRS基序突变的Delta突变株已经在新加坡出现并有扩散趋势,因此新加坡,甚至东南亚可能形成下一波疫情的传播中心。结论各种SARS-CoV-2突变株都将产生TRS基序突变,只有带TRS基序突变的超级减毒株,才能最终失去跨物种传播和大爆发的能力。
- 贝锦龙徐国峰常嘉王欣钰丘栋安阮吉寿李鑫高山
- 关键词：大流行
