苏计国
- 作品数：23 被引量：17H指数：3
- 供职机构：燕山大学理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金北京市自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学环境科学与工程医药卫生电子电信更多>>
- p53 DNA结合域与抗癌多肽的拉伸分子动力学研究(英文)
- 2014年
- 研究发现,取自蓝铜蛋白azurin的一段多肽p28能够进入癌细胞,结合到肿瘤抑制因子p53的DNA结合域上,进而增加p53的抗癌能力.本工作中,通过拉伸分子动力学方法,在原子尺度上研究了p28-p53 DBD复合物的解离过程.分析结果显示复合物的解离过程遵循着一定的分离顺序.对解离力的分析以及对沿着解离路径的不可逆做功的计算,使我们能够从复合物的能量地貌中提取有用的信息,而这些信息也决定了复合物的解离过程.
- 许先进苏计国陈慰祖王存新CANNISTRARO SalvatoreBIZZARRI Anna-Rita
- 关键词：P53
- 氨基酸网络特征量在去折叠路径上的变化
- 蛋白质折叠,以及蛋白质结构功能关系的研究,具有重大的科学意义。蛋白质分子,从复杂网络的角度来看,可以视为由氨基酸以及氨基酸之间的相互作用组成的复杂网络。近年来复杂网络方法的兴起,为研究蛋白质折叠以及结构功能关系,提供了全...
- 焦雄苏计国陈慰祖王存新
- 文献传递
- 淀粉蔗糖酶DrAS的工作机理研究与稳定性改造
- 2013年
- 淀粉蔗糖酶(amylosucrase,AS)以蔗糖为唯一底物和能量来源催化合成直链葡聚糖。与AS相比,其它拥有合成直链淀粉样多糖的酶都需要利用昂贵的核苷酸激活糖来进行合成。这使得AS成为一种具有工业应用潜力的工业酶。尽管具有较大应用潜力,但AS较弱的稳定性严重影响了其在工业上的应用。作者对在Deinococcus radiodurans中发现的一种AS(DrAS)的结构及功能进行了较深入的讨论。首先,利用高斯网络模型和各项异性网络模型对其功能型运动和工作机理进行预测。随后,利用迭代高斯网络模型方法对其去折叠路径进行了研究,所得结果可对随后的突变体设计工作提供有益的帮助。最后,根据去折叠路径预测及折叠自由能计算结果,对DrAS的稳定性改造提出了建议。
- 刘明李平刘斌苏计国王存新
- 关键词：同源模建去折叠
- 蛋白质-蛋白质对接及结构预测方法研究
- 王存新陈慰祖李春华苏计国马晓慧常珊焦雄
- 该课题受到国家自然科学基金(30170230，30400087，10174005，10574009)和高等学校博士点基金(20040005013)的资助，在蛋白质-蛋白质对接及结构预测方法学方面进行了一系列基础性研究。蛋...
- 关键词：
- 关键词：蛋白质
- 不同类型氨基酸网络参量与蛋白质折叠的关系被引量：6
- 2010年
- 理论和实验研究表明,蛋白质天然拓扑结构对其折叠过程具有重要的影响.采用复杂网络的方法分析蛋白质天然结构的拓扑特征,并探索蛋白质结构特征与折叠速率之间的内在联系.分别构建了蛋白质氨基酸网络、疏水网、亲水网、亲水-疏水网以及相应的长程网络,研究了这些网络的匹配系数(assortativity coefficient)和聚集系数(clustering coefficient)的统计特性.结果表明,除了亲水-疏水网,上述各网络的匹配系数均为正值,并且氨基酸网和疏水网的匹配系数与折叠速率表现出明显的线性正相关,揭示了疏水残基间相互作用的协同性有助于蛋白质的快速折叠.同时,研究发现疏水网的聚集系数与折叠速率有明显的线性负相关关系,这表明疏水残基间三角结构(triangle construction)的形成不利于蛋白质快速折叠.还进一步构建了相应的长程网络,发现序列上间距较远的残基接触对的形成将使蛋白质折叠进程变慢.
- 严立成苏计国陈慰祖王存新
- 关键词：疏水作用
- 淀粉蔗糖酶AcAS的工作机理与去折叠性质研究(英文)
- 2013年
- 淀粉蔗糖酶(amylosucrase,AS)是一种葡萄糖基转移酶(E.C.2.4.1.4),隶属于糖苷水解酶13家族.当体系中存在葡聚糖时,AS可以蔗糖为唯一底物催化合成直链葡聚糖.与AS相比,其他拥有合成直链淀粉样多糖的酶都需要利用昂贵的核苷酸激活糖来进行合成.这使得AS成为一种具有工业应用潜力的工业酶.尽管具有较大应用潜力,但是较弱的稳定性严重影响其在工业上的应用.本工作中,以NpAS和DgAS的晶体结构为模板,对氯酚节杆菌(Arthrobacter chlorophenolicus)中发现的一种新型AS(AcAS)结构进行了模建.通过对AcAS与其他AS结构进行详细的比较,推断出AcAS的工作机理.随后,利用高斯网络模型(GNM)对其功能型运动进行了分析.根据GNM的结果,发现AcAS可分为两个运动方向相异的部分.最后,利用迭代高斯网络对AcAS的去折叠性质进行了研究.这些结果对随后的淀粉蔗糖酶的工业开发有一定帮助.
- 刘明李平刘斌苏计国王存新
- 关键词：同源模建去折叠
- 蛋白质折叠及蛋白质功能性运动的研究
- 随着人类基因组计划的顺利完成，以功能基因组学和蛋白质组学为主要研究内容的后基因组时代已经到来。从蛋白质一维序列预测其三维结构，进而从三维结构预测其生物学功能是蛋白质组学研究的重要组成部分。储存在DNA分子中的遗传信息转录...
- 苏计国
- 关键词：蛋白质折叠相对熵
- 文献传递
- 淀粉蔗糖酶AcAS的工作机理研究与稳定性改造被引量：1
- 2013年
- 目的:对新发现的一种新型淀粉蔗糖酶AcAS的结构功能进行深入讨论。方法:用同源模建方法构建AcAS的三维结构;用高斯网络模型和各项异性网络模型,对其功能型运动和工作机理进行预测;利用迭代高斯网络模型方法对其去折叠路径进行预测;根据去折叠路径预测及折叠自由能计算结果设计突变体。结果:模建结果表明,AcAS结构与淀粉蔗糖酶NpAS的结构更相似;AcAS有扭转运动的趋势,其中AcAS的N/C结构域运动性较强,而催化核心的运动性较弱;根据去折叠路径预测,发现N、B和C结构域较易去折叠;通过自由能计算,针对上述3个结构域设计了5株突变体。结论:构建了AcAS的三维结构模型并根据模型探讨了其工作机理;根据去折叠路径预测及折叠自由能计算结果,对AcAS的稳定性改造提出了有益的建议。
- 刘明孙巍岳俊杰苏计国
- 关键词：同源模建去折叠
- 持久性有机污染物4,4'-DDE和CB-153的反向虚拟筛选被引量：4
- 2013年
- 持久性有机污染物(POPs)会导致人类和动植物各种疾病的发生,已经成为一种新的全球性环境问题.研究发现,POPs分子能够特异性地结合到生物体内一些蛋白质受体上,发挥其致病机制.本文运用基于分子对接的反向虚拟筛选方法,从蛋白质结构数据库中筛选出配体分子可能的受体蛋白质,研究了持久性有机污染物4,4-DDE和CB-153潜在的受体蛋白质.结合实验信息,讨论分析了排在前5%的蛋白质受体.值得注意的是,已知的一些蛋白质受体都排在了虚拟筛选结果的前列.该研究不仅有助于进一步了解这些有毒污染物分子的致病机制,还将为设计针对该类污染物分子的生物传感器提供有用的信息.
- 许先进苏计国刘斌李春华谭建军张小轶陈慰祖王存新
- 关键词：持久性有机污染物生物传感器
- Study on relationship between structure and function of protein based on the amino acid network model
- The different amino-acid networks of proteins were constructed according to their different physicochemical pr...
- 王存新陈慰祖焦雄苏计国常珊严立成
- 文献传递
