张娇
- 作品数：4 被引量：8H指数：2
- 供职机构：塔里木大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：环境科学与工程生物学医药卫生更多>>
- 拜城盐山免培养放线菌多样性研究被引量：2
- 2012年
- [目的]研究新疆拜城盐山高盐环境中的放线菌多样性,为今后的开发和利用奠定基础。[方法]应用基于16S rRNA基因序列的免培养技术和系统发育分析方法对拜城盐山样品中的放线菌多样性进行研究。采用SDS-CTAB方法提取样品中的总DNA,利用特异性引物扩增样品DNA中的放线菌16S rRNA基因,并构建放线菌16S rRNA基因克隆文库;通过比较酶切图谱,挑选克隆文库中的代表克隆,进行序列测定和BLAST比对分析。[结果]构建的放线菌克隆文库共包含216个放线菌克隆。克隆序列经过BLAST比对分析,放线菌亚纲中的克隆有171个,占总克隆数的79.2%。酸微菌亚纲45个克隆,占总克隆数的20.8%,与GenBank中已知的微球菌16S rRNA基因序列最大相似度小于92%,是酸微菌亚纲中新的类群。优势放线菌为放线菌亚纲棒杆菌亚目诺卡氏菌科(Nocardiaceae)的红球菌属(Rhodococcus),占克隆总数的51.9%。有24.5%的序列与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,部分序列形成了几个独立的进化分支,可能代表着放线菌新的类群。[结论]拜城盐山存在着较为丰富的放线菌种类,并且潜藏着新类型的放线菌资源。
- 周慧杰周慧杰夏占峰张娇张瑶张利莉
- 关键词：放线菌多样性
- 一种分离高盐环境放线菌的培养基及其应用
- 本发明公开了一种分离高盐环境放线菌的培养基及其应用。培养基由甘露醇1%、丙氨酸0.1%、K<Sub>2</Sub>HPO<Sub>4</Sub>0.1%、MgSO<Sub>4</Sub>?7H<Sub>2</Sub>O0...
- 张利莉陈正军李艳宾关统伟夏占峰张瑶张娇吕玲玲贾晓宇
- 文献传递
- 一种分离高盐环境放线菌的培养基及其应用
- 本发明公开了一种分离高盐环境放线菌的培养基及其应用。培养基由甘露醇1%、丙氨酸0.1%、K<Sub>2</Sub>HPO<Sub>4</Sub> 0.1%、MgSO<Sub>4</Sub>?7H<Sub>2</Sub>O...
- 张利莉陈正军李艳宾关统伟夏占峰张瑶张娇吕玲玲贾晓宇
- DNA提取方法对盐环境放线菌多样性分析的影响被引量：6
- 2013年
- 【目的】研究DNA提取方法对盐环境中放线菌的16S rDNA RFLP(Restriction Fragment LengthPolymorphism,限制性片段长度多态性)多样性分析结果的影响。【方法】采用CTAB-SDS法、玻璃珠法和反复冻融法3种方法提取焉耆盐场土壤样品DNA,利用放线菌特异性引物扩增16S rDNA并分别构建文库。采用HaeⅢ限制性内切酶对阳性克隆进行RFLP分析,选取不同的克隆进行测序、比对并构建16S rDNA序列系统发育树。【结果】3种DNA提取方法构建的16S rDNA克隆文库OTUs-(Operational Taxonomic Unit)数不同,其中CTAB-SDS法获得35个OTUs,玻璃珠法获得19个OTUs,反复冻融法获得14个OTUs。3种方法中有52%的OTUs序列与已知可培养的放线菌或未发表的克隆子序列相似性较低,可能代表着放线菌新的类群;3种方法得到的放线菌均分布于放线菌纲(Actinobacteria)的放线菌亚纲(Actinobacteridae)、酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)和红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)。【结论】DNA提取方法是影响评价放线菌多样性的重要因素。本研究所采用的DNA提取方法各自存在一些优缺点,因此评估盐环境中的微生物多样性时建议采用几种方法组合。而焉耆盐场这一盐环境可能存在丰富的放线菌物种多样性,并蕴藏着新的分类单元有待进一步研究。
- 张娇夏占峰贺江舟孙红专张利莉
- 关键词：DNA提取克隆文库放线菌多样性
