张天 作品数:10 被引量:17 H指数:2 供职机构: 河北农业大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 河北省应用基础研究计划 国家现代农业产业技术体系建设项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
不同毛色山羊皮肤组织Agouti基因mRNA及其编码ASIP差异表达研究 被引量:7 2014年 旨在探讨Agouti基因调控山羊毛色机制,采用SYBR Green real-time PCR和蛋白免疫印迹方法分别检测了不同毛色山羊皮肤组织中Agouti基因mRNA及其所编码ASIP蛋白的差异表达。结果表明,Agouti基因mRNA在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量依次为白色>黑色>棕色;mRNA表达量在棕色和白色、棕色和黑色山羊皮肤之间均存在显著差异(P<0.05),在白色和黑色山羊皮肤之间差异不显著(P>0.05)。ASIP在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量:白色>棕色>黑色;ASIP表达量在白色和黑色山羊皮肤组织之间存在显著差异(P<0.05),但在白色和棕色、棕色和黑色山羊皮肤组织之间差异均不显著(P>0.05)。研究结果提示,Agouti基因在不同毛色山羊皮肤组织中可能存在不同调控机制。 张天 张丽英 李祥龙 周荣艳 李兰会关键词:山羊 皮肤组织 ASIP 不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析 2012年 该研究采用生物信息学的方法分析了褐家鼠、小家鼠、野猪、猿、猕猴、狨、人、毛猩猩、黑猩猩、犬、牛、家马、大熊猫13个物种Oct-1基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性,亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在13个物种45条基因序列中共检测到481个多态位点,生成20种单倍型,Oct-1基因序列编码区种内、种间存在丰富的遗传多样性。Oct-1蛋白不具有导肽,N端无信号肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋。 张天 李祥龙 周荣艳 李兰会 任玉红 赵驻军关键词:生物信息学分析 不同物种Dock7基因编码区生物信息学分析 2013年 为了研究不同物种Dock7基因的遗传多样性,采用生物信息学的方法分析了人、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、东非狒狒、玻利维亚的灰鼠猴子、虎鲸、家马、白犀牛、雪貂、家牛、大熊猫、佛罗里达海牛、海象、欧洲兔、家猫、家绵羊、星鼻鼹鼠、北美鼠兔、裸鼢鼠、非洲跳鼠、八齿鼠、褐家鼠、小家鼠、袋獾、原鸡、爪蟾27个物种Dock7基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在27个物种68条基因序列中共检测到1855个多态位点,生成28种单倍型,Dock7基因序列编码区种间存在丰富的遗传多样性,而种内变异极小,只在原鸡中发现一个变异位点。在所研究27个物种中,原鸡Dock7基因的氨基酸序列存在信号肽,其他26个物种Dock7基因的氨基酸序列均无信号肽。27个物种都没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是自由卷曲和α-螺旋,Dock7蛋白呈酸性。 刘小辉 李祥龙 周荣艳 李兰会 张天 王建涛关键词:物种 生物信息学分析 不同物种GATA-2基因编码区生物信息学分析 被引量:2 2013年 利用生物信息学方法分析了小家鼠(Mus musculus)、褐家鼠(Rattus norvegicus)、人(Homo sapiens)、黑猩猩(Pan troglodytes)、大猩猩(Gorilla)、倭黑猩猩(Pan paniscus)、猿(Nomascus leucogenys)、狨(Callithrix jacchus)、亚马逊松鼠猴(Saimiri boliviensis)、家马(Equus caballus)、小耳大婴猴(Otolemur garnettii)、家猫(Felis catus)、东非狒狒(Papio Anubis)、猕猴(Macaca mulatta)、犬(Cains lapus)、野猪(Sus scrofa)、大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)等17个物种GATA-2基因编码序列(Coding sequence,CDS),并对该基因的遗传多样性、信号肽、导肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、氨基酸序列进行了分析和预测。结果表明,在17个物种52条基因序列中共检测到344个多态位点,有25种单倍型,GATA-2基因序列编码区的种内、种间存在丰富的遗传多样性。GATA-2蛋白N端无信号肽,不具有导肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋,理论等电点为9.43,GATA-2蛋白呈碱性。 张天 李祥龙 周荣艳 李兰会关键词:物种 生物信息学分析 不同物种GATA-3基因编码区生物信息学分析 2014年 为了研究不同物种GATA-3基因的遗传多样性,试验采用生物信息学的方法分析了人、黑猩猩、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、猿、猕猴、东非狒狒、亚马逊松鼠猴、小耳大婴猴、白犀牛、美洲海牛、星鼻鼹、八齿鼠、宽吻海豚、小马岛猬、虎鲸、海象、小家鼠、灰仓鼠、野猪、牛、九带犰狳、非洲跳鼠、欧洲兔、北美鼠兔、绵羊、袋獾、狼、非洲象、灰短尾负鼠、荷兰猪、褐家鼠、普通鼠句鼠青34个物种GATA-3基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、氨基酸序列进行了分析和预测。结果表明:在34个物种67条基因序列中共检测到479个多态位点,生成45种单倍型,GATA-3基因序列编码区的种内、种间存在丰富的遗传多样性;GATA-3蛋白不具有导肽,N端无信号肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲、α-螺旋和延伸链,理论等电点为9.47,GATA-3蛋白呈碱性。 张天 李祥龙 周荣艳 李兰会关键词:物种 生物信息学 不同毛色山羊皮肤组织Agouti基因剪接体类型研究 被引量:7 2015年 本研究旨在探讨白色和黑色山羊皮肤组织Agouti基因所具有的不同剪接体类型。采用PCR扩增和5′RACE方法分别获得白色和黑色山羊皮肤组织Agouti基因部分基因组序列及mRNA序列,并进行拼接比对。结果,分别获得了长度为27 793和27 858bp的白色和黑色山羊Agouti基因序列,发现4段序列(88、180、81和79bp)与绵羊mRNA序列相匹配,这些片段与5′RACE所检测到的外显子1可变剪接体长度对应,其中的180、81和79bp为新发现片段。白色山羊检测到It、It′、IA、2C和IE 5种类型剪接体,黑色山羊仅检测到It和It′2种类型剪接体。剪接体之间和剪接体内部均存在长度变异。结果提示,IA、2C和IE可变剪接可能与山羊毛色形成有关。 张天 李祥龙 周荣艳 李兰会关键词:山羊 皮肤组织 不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析 被引量:1 2012年 采用生物信息学的方法分析了褐家鼠、小家鼠、野猪、猿、猕猴、狨、人、毛猩猩、黑猩猩、犬、牛、家马、大熊猫13个物种Oct-1基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在13个物种45条基因序列中共检测到481个多态位点,生成20种单倍型,Oct-1基因序列编码区种内、种间存在丰富的遗传多样性。Oct-1蛋白不具有导肽,N端无信号肽,没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是无规卷曲和α-螺旋。 张天 李祥龙 周荣艳 李兰会 任玉红 赵驻军关键词:生物信息学分析 不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析 该研究采用生物信息学的方法分析了褐家鼠、小家鼠、野猪、猿、猕猴、狨、人、毛猩猩、黑猩猩、犬、牛、家马、大熊猫13个物种Oct-1基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性,... 张天 李祥龙 周荣艳 李兰会 任玉红 赵驻军关键词:生物信息学 转录调节因子 基因编码区 不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析 该研究采用生物信息学的方法分析了褐家鼠、小家鼠、野猪、猿、猕猴、狨、人、毛猩猩、黑猩猩、犬、牛、家马、大熊猫13个物种Oct-1基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/... 张天 李祥龙 周荣艳 李兰会 任玉红 赵驻军关键词:生物信息学分析 文献传递 不同毛色山羊皮肤组织ASIP蛋白表达与Agouti基因剪接体类型研究 利用蛋白免疫印迹技术(Western blotting)对3只白色山羊、3只黑色山羊和3只棕色山羊皮肤组织Agouti基因所编码ASIP蛋白表达量的差异进行研究,结果显示ASIP在不同毛色山羊皮肤组织中表达量为:白色山羊... 张天关键词:皮肤组织 文献传递