邴志桐
- 作品数：14 被引量：27H指数：2
- 供职机构：中国科学院近代物理研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部人文社会科学研究基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学哲学宗教文化科学更多>>
- 数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响被引量：1
- 2010年
- 蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)是生命体结构和生命活动的基础和特征,控制着生命活动的各个过程.PPI网络是研究蛋白质相互作用的有效手段.随着高通量实验技术的发展,越来越多的PPI数据得以使用,收录蛋白质相互作用的数据库数据每年都有变化.本文对DIP数据库从2003年到2008年的PPI网络数据分别计算度分布.为提高可信度,对注释蛋白质数据库交集进行抽样,分别探讨对不同年份的数据和注释数据库抽样对PPI网络度分布的影响.结果表明,从2003年到2008年的数据增长对PPI网络度分布没有明显影响,而且拟合度分布最优的函数并不是以往所认为的幂率分布(power-law),而是广延指数(stretched exponential)函数,数据库交集抽样同样得到广延指数(stretched exponential)函数分布最优且可信度的高低并不影响PPI网络的度分布.
- 齐记邴志桐杨孔庆
- 关键词：蛋白质-蛋白质相互作用度分布
- 整合多基因预后指数作为卵巢癌分型标志物的Meta分析
- 邴志桐汪永锋田金徽陈耀龙葛龙李秀霞姚亮令娟杨克虎
- 阿特拉津对发育期SD大鼠免疫功能的影响被引量：3
- 2009年
- 研究了除草剂阿特拉津对发育期雌、雄SD大鼠免疫功能的影响.选用雌雄SD大鼠(80±10 g)各32只,分别分为4组,每组8只.根据体重比设置对照、低、中、高剂量处理组(0,25,125,250 mg/kg)进行(阿特拉津)染毒,30 d后测定雌雄大鼠脾脏、胸腺和体重的相对比值.同时取外周血,培养细胞后测定淋巴细胞转化率和半数溶血素值.结果表明:对雌雄大鼠,阿特拉津对脾脏均没有影响,但对胸腺具有显著的损伤作用(P<0.05),使其发生退行性病变;淋巴细胞转化率(刺激指数SI值)在中、高剂量组的雌鼠和雄鼠中均显著下降(P<0.05),且雌雄间差异显著(P<0.05).对半数溶血素值的测定结果表明:中、高剂量组与对照组相比均明显下降(P<0.01).阿特拉津对大鼠的免疫系统具有显著的毒性效应,推测雌雄间的差异与雌激素水平有关.
- 邴志桐李研超司万童张迎梅
- 关键词：阿特拉津SD大鼠淋巴细胞转化率
- 肠粘连引起肠梗阻的基因水平研究
- 2013年
- 目的通过分析基因层面的差异表达，以探讨与肠梗阻相关的发病基因和治疗靶基因。方法在基因表达公共数据库（geneexpressionomnibus，GEO）中收集到10个样品的基因表达数据，其中小鼠粘连小肠组织术后1、3、7、和14d时间点的基因芯片数据共8个，小鼠正常小肠组织芯片数据2个，应用基因本体论（geneontology，GO）富集分析和微阵列显著性分析（significanceanalysisofmicroarray，SAM）方法，分析10个样品的基因表达情况，并对差异表达的基因进行功能注释和生物学分析。结果肠粘连的发生伴随着大量应答刺激的基因表达上调，且这些基因产物都分布在细胞膜上。分析术后不同时间点的基因表达情况发现，Hmgcs2基因的表达上调出现在术后3～14d，融助5基因的表达上调出现在术后14d。结论粘连的发生可能与应答刺激的基因及其分布于细胞膜上的基因产物有关，Hmgcs2和s抚幼5基因可能与因粘连而导致的其他并发疾病的发生有关。这为发现肠梗阻潜在的治疗靶点提供了依据。
- 颜禄斌崔鸿斌李斌德李来元李刚邴志桐沈阳
- 关键词：肠梗阻基因芯片
- 随机抽样对蛋白质相互作用网络度分布的影响被引量：2
- 2011年
- 蛋白质相互作用(PPI)网络,是目前系统研究蛋白质层面细胞活动的重要工具,PPI网络的度分布是研究复杂网络性质的重要物理量。随着蛋白质相互作用数据量不断的增加,其数据的可靠性是否会对PPI网络的度分布造成影响,并不确定。本文对四种模式生物的PPI网络数据,按照5%的增长比率,随机删除PPI网络的边,来检验随机抽样对PPI网络度分布的影响。结果表明,各种实验数据的误差不会对真实PPI网络的度分布造成干扰,且在目前描述网络度分布的五种函数中,广延指数函数拟合程度最优。
- 熊杰邴志桐杨磊
- 关键词：蛋白质相互作用网络度分布无标度网络
- 基于Oncomine芯片数据库分析低密度脂蛋白受体相关蛋白4在甲状腺乳头癌中的表达及意义
- 2021年
- 目的研究低密度脂蛋白受体相关蛋白4(LRP4)在甲状腺乳头状癌(PTC)中的表达和意义。方法挖掘Oncomine数据库中关于LRP4的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,探索其在PTC中的表达及意义。结果Oncomine数据库中共收集了400项不同肿瘤中关于LRP4的研究,与正常组织相比,LRP4表达明显增高的有11项,表达明显降低的有7项。共3项研究中的5个数据集包含135例样本涉及LRP4在PTC组织与正常组织中的表达,对这5项研究结果进行Meta分析显示,LRP4在所有差异表达基因中的中位数值排名为11,P=3.06×10^(-8),提示LRP4在PTC中高表达。LRP4在PTC组织中的表达量均明显高于正常组织,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。LRP4高表达与低表达患者的生存情况比较,差异无统计学意义(P﹥0.05)。结论通过对Oncomine基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘显示,LRP4在PTC组织中高表达,提示LRP4可能是PTC的致癌基因,为PTC的靶向治疗提供了方向。研究未发现LRP4的高低表达与PTC患者的生存有关。
- 冯鑫源田昀灵傅松波邴志桐赵楠洪成恩王素媛龚文倩吴啸天
- 关键词：甲状腺乳头状癌
- 蛋白质相互作用网络度分布的研究
- 随着系统生物学研究技术的快速发展，有关蛋白质相互作用的数据越来越多，利用这些数据，构成了庞大的蛋白质相互作用（PPI）网络。
2000年酵母大规模蛋白质相互作用网络图谱的成功描绘，蛋白质相互作用特别是大规模蛋白...
- 邴志桐
- 关键词：蛋白质相互作用网络无标度网络
- 文献传递
- ^(18)F标记BAY-588分子靶向肺腺癌预后标志物SLC2A1的计算模拟研究
- 2024年
- 肺腺癌(Lung adenocarcinoma,LUAD)是一种发病率、致死率较高的疾病,目前针对肺腺癌的预后诊断的准确性和个体化水平有待进一步提高。基于生物信息学和正电子发射计算机断层成像技术(Positron Emission Tomography/Computed Tomography,PET/CT)建立预后模型和发掘靶向药物对该疾病的治疗具有重要意义。本研究采用Lasso-Cox算法对TCGA、GEO数据库中的肺腺癌转录组数据进行分析,筛选出与患者预后相关的基因,建立高性能的LUAD预后预测模型。该模型能够准确地区分高低风险患者,其一、三、五年生存率AUC值分别为0.821、0.693、0.701。基于该模型对ChEMBL数据库进行筛选,发现一种具有潜力的候选化合物BAY-588,对其进行18F放射性同位素标记的模拟计算,并揭示其可用于PET成像,为肺腺癌的诊断和治疗放射性药物的研发提供了科学证据。
- 李洋高菲妃原凌燕杨琼刘家玮邴志桐
- 关键词：肺腺癌预后分子对接
- CT、MRI和PET-CT三种方法检测潜在恶性胃肠间质肿瘤的网状诊断Meta分析
- 卢存存魏孔源葛龙邴志桐田金徽杨克虎
- 新型天然肿瘤放射增敏剂筛选体系的建立和应用
- 刘阳邴志桐李强张秋宁张录卫金晓东原凌燕孙超刘雄
- 1.项目所属科学技术领域：
项目属于系统生物学、生物信息学、计算化学、药理学等与放射医学应用的交叉研究领域。
2.主要技术内容：
1)构建多维度信息学分析系统；2)基于GPU超算集群融合深度学习技术，建立秒级大规模...
- 关键词：
- 关键词：肿瘤治疗放射增敏剂
