通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。
利用网络药理学和分子对接方法研究参附注射液治疗脓毒症的物质基础及其可能的作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台和SwissTargetPrediction数据库得到参附注射液活性成分及其药物靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到脓毒症相关靶点,STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;使用Metascape平台进行基因本体(gene ontology,GO)和基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析;应用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络;应用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接;尾静脉注射LPS建立小鼠脓毒症模型,利用ELISA和Western blot验证参附注射液对脓毒症的治疗效果。结果表明:参附注射液的潜在活性成分共有34个,其治疗脓毒症的关键靶点137个,GO和KEGG分析靶点主要涉及炎症、细胞凋亡和信号转导等生物学过程,通过PI3K-Akt和MAPK等信号通路治疗脓毒症;分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性;体内实验验证结果表明,参附注射液能够抑制脓毒症小鼠血清中的炎症因子TNF-α和IL-6表达;Western blot结果表明,参附注射液可以上调肝组织中ERK表达(P<0.01),下调p-ERK的表达(P<0.01)。该研究发现参附注射液是通过多成分-多靶点-多通路的作用方式发挥抗脓毒症作用,为明确其抗脓毒症的作用机制提供了科学依据。
目的:基于网络药理学方法研究人参抗脓毒症的分子机制,为新药研发及中药人参的拓展应用提供理论依据。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)获取人参的有效成分及有效成分作用靶点;通过GeneCards、DrugBank和OMIM数据库预测脓毒症相关靶点,并运用Uniprot数据库规范靶点的基因名称,利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析,然后采用Cytoscape3.7.2软件构建“有效成分-靶点-信号通路”相互作用网络,最后采用Metascape平台进行GO(Gene Ontology)生物功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集。结果:经筛选获得人参有效成分17种,人参-脓毒症交集靶点43个,其中核心靶点包括AKT1、TNF、CASP3、MAPK8、IL1B、PTGS2、JUN、ICAM1、NOS3、VCAM1、PPARG等。GO分析获得1064条生物过程(P<0.01),KEGG富集得到102条信号通路(P<0.01),其中直接与脓毒症相关的信号通路包括TNF、NF-κB、Th17细胞分化、IL-17以及Toll样受体等信号通路。结论:人参可能通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥抗脓毒症效应。
