闫正楼
- 作品数：5 被引量：8H指数：2
- 供职机构：上海大学理学院数学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：理学生物学更多>>
- 改进的多尺度随机算法
- 2009年
- 多尺度随机模拟算法(multiscale stochastic simulation algorithm,MSSA)是模拟刚性化学反应系统的有效算法。但该算法对于慢-子系统上分子数目较大的刚性系统是低效的。为了有效地模拟该类系统,本文提出了τ-Leap算法改进的多尺度随机模拟算法(improved multiscale stochastic simulation algorithm withτ-Leap,IMSSτ)。算法将τ-Leap算法应用于IMSS算法来对其中的慢-子系统进行模拟,而舍弃了原方法中Gillespie的精确随机模拟算法(stochastic simulation algorithm,SSA),在精度损失较小的条件下,使模拟速度较IMSS算法提高了95%。数值模拟结果证实了IMSSτ的优点。
- 闫正楼彭新俊周文刘祥王翼飞
- 关键词：化学反应系统
- 加速随机模拟化学反应系统的“最后所有可能的步进”方法被引量：4
- 2008年
- 提出了一种改进的模拟化学反应系统的加速方法,称为"最后所有可能的步进"(FAPS)方法.此方法不仅可以用较少的模拟次数得到整个运行过程中任何时刻物种的统计特性,而且还可以与leap算法相结合,有效地进行大规模的化学反应系统的模拟.数值模拟的结果表明提出的方法可以广泛地应用于多种化学反应系统,并且与已有的方法相比其运行效率有显著的改进.
- 周文彭新俊刘祥闫正楼王翼飞
- 关键词：随机模拟算法化学反应系统
- 基因调控网络的随机算法研究
- 基因调控网络是由一组基因、蛋白质、RNA、小分子以及它们之间的相互作用所构成的一种生化系统。对基因调控网络的算法研究在理论和实践上有着重要的意义。
本文首先给出化学主方程，并介绍几种精确随机模拟算法和快速近似算...
- 闫正楼
- 关键词：基因调控网络随机模拟算法蛋白质相互作用
- 文献传递
- 模拟时滞化学反应系统的自适应τ-Leap算法被引量：3
- 2008年
- 本文发展了一种模拟时滞化学反应系统的自适应τ-Leap算法(DAτ-Leap).该算法将后验τ-Leap算法应用到时滞化学反应系统,能够自动调节τ使得在时间区间[t,t+τ)内发生多次反应事件并且精确地满足Leap条件,从而避免了负分子数目的产生,较大地提高了模拟速度.
- 闫正楼彭新俊周文刘焕王翼飞
- 改进的非齐性空间反应扩散主方程的随机模拟被引量：1
- 2007年
- 提出一种改进的下一子空间算法,与原先的下一子空间算法相比,可以模拟更为复杂空间结构中的生化反应,并在某些情况下还可以降低计算量.该文以一个生化反应系统为例,分别利用原先的下一子空间算法和该文的改进算法进行了模拟.结果表明,在某些条件下该文提出的改进算法可以明显地减少模拟所需的计算量.
- 刘祥周文闫正楼王翼飞
- 关键词：基因调控网络反应扩散方程
