胡文明
- 作品数：4 被引量：9H指数：2
- 供职机构：扬州大学农学院江苏省作物遗传生理重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划江苏省普通高校研究生科研创新计划项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 等位基因功能差异的统计遗传学分析及应用被引量：3
- 2014年
- 等位基因的变异在各种生物中都是普遍存在的,并对基因的表达起着重要的调控作用。为了探索关联分析中品种数目(A)、平均等位基因多态信息含量(B)和候选基因总贡献率(C)对候选基因分析结果的影响,本研究采用经验贝叶斯(E-Bayes)方法探讨了上述因素对候选基因检测功效、遗传效应估计值的准确度和精确度以及假阳性出现频率等的影响。结果表明:(1)随着A、B和C的增加,候选基因的检测功效和效应估计值的准确度和精确度明显提高,假阳性出现的频率降低。(2)B对检测功效有显著的影响。在B值保持较高的水平时,即使品种的数目保持较低的水平以及候选基因的总贡献率较低时,平均检测功效也可达到80%;当B值为中等水平时,需要较大品种数目才能使平均统计功效超过80%;当B值较小时,品种数目即使达到100,3种贡献率水平下的统计功效最高也未达到50%。(3)B对候选基因效应估计值的准确度和精确度有显著的影响。随着B的增加,候选基因效应估计的准确度和精确度增加。(4)B因素对假阳性频率也有显著影响。在实例分析中检测到4个基因与稻米糊化温度显著关联。因此,在进行等位基因功能差异的统计遗传学分析时等位基因多态性是主要的影响因素,同时较多的品种数和较高的贡献率对候选基因的统计功效、效应估计值的准确度和精确度也有重要影响。
- 胡文明阚海华王伟徐辰武
- 关键词：等位变异
- 基于QTL定位分析策略的一般配合力遗传基础研究被引量：6
- 2013年
- 【目的】一般配合力(GCA)是评价亲本利用价值的重要指标。研究GCA的遗传基础及GCA相关QTL(QTLGCA)定位的可行性,为杂交育种提供技术参考。【方法】以双亲杂交衍生的重组自交系(RIL)为被测系、若干个随机选择的纯系为测验系的NCII交配设计以及QTL定位策略,系统研究GCA的遗传组成、影响QTLGCA定位的因素以及QTLGCA与性状本身QTL之间的关系。【结果】若性状受1对等位基因控制,RIL的GCA以及QTLGCA定位均与控制性状本身基因位点的加性效应、显性效应以及测验系等位基因的频率有关;若性状受2对加/显性的等位基因控制,则GCA估计及QTLGCA定位均与基因间是否连锁无关,其影响因素与性状受一个基因控制时相同;若性状受2对互作基因控制,GCA及QTLGCA定位均与测验系等位基因频率和性状本身QTL的主效应以及基因间互作效应有关,此外,GCA效应估计还与基因间是否连锁有关。【结论】无论是GCA效应估计还是QTLGCA定位,测验系等位基因频率和性状本身QTL效应大小都是重要的影响因素。此外,QTLGCA与性状本身QTL的差异还取决于性状的遗传结构以及QTL定位方法的选择。
- 胡文明徐扬张恩盈徐辰武
- 关键词：一般配合力QTL定位
- 等位基因功能差异的统计遗传学分析及应用
- 等位基因的变异在各种生物中都是普遍存在的,并对基因的表达起着重要的调控作用。为了探索关联分析中品种数目（A）、平均等位基因多态信息含量（B）和候选基因总贡献率（C）对候选基因分析结果的影响,本研究采用经验贝叶斯（E-Ba...
- 胡文明阚海华王伟徐辰武
- 关键词：等位变异
- 文献传递
- 玉米株高性状QTL的贝叶斯定位分析
- 2013年
- 为探索控制玉米株高的主效QTL、互作QTL及其遗传结构,通过基于贝叶斯理论的R/qtlbim QTL定位分析软件包,对一个玉米F2:3群体株高性状进行QTL分析。通过一维扫描,初步检测到8个主效QTL,分别位于第3～7染色体上,单个QTL的贝叶斯因子(以2logBF衡量)为2.237～6.196。通过二维后验概率扫描发现大量较弱的互作信号,多数集中在3～7染色体上。通过贝叶斯因子分析,获得控制玉米株高的最优遗传结构,该遗传结构包含6个主效应QTL,QTL间不存在互作效应。逐步回归拟合分析表明,该遗传结构达到极显著水平,可解释37.383%表型变异,6个QTL均达到极显著水平,单个QTL的表型变异贡献为3.924%～10.776%。这表明,株高的遗传结构相对较为简单,QTL互作对株高的影响较小,可忽略不计。
- 胡文明汤在祥张恩盈徐辰武
- 关键词：玉米株高数量性状基因座位贝叶斯统计
