王龙
- 作品数：17 被引量：29H指数：3
- 供职机构：中国科学院计算机网络信息中心更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金中国科学院知识创新工程青年人才领域前沿项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学医药卫生电子电信更多>>
- 空间天气MHD模型的并行自适应和磁场无散计算的初步应用
- 2009年
- 近年来,并行自适应方法受到并行计算学界的普遍关注,特别是在磁流体和流体计算领域。本文将介绍如何在并行自适应工具包PARAMESH的基础上实现磁流体并行自适应计算。我们在工具包的基础上实现了中心迎风差分的CT格式、相应的插值算法和误差控制等功能模块。特别是为了保持磁流体计算所要求的磁场散度为零的限制,我们实现了无散度磁场重构。最后给出的三个磁流体算例表明,我们的计算能自动地捕捉磁流体模型的奇性变化,并可保持散度为零。这一工作将为国内空间天气预测的研究和应用打下良好的基础。
- 王龙董廷星呼延奇
- 关键词：自适应磁流体
- 近交系ES鼠胚胎发育及印迹异常的研究
- 四倍体补偿技术可绕过嵌合体小鼠阶段,直接获得完全 ES 细胞来源的小鼠(ES 鼠),缩短了基因修饰小鼠的研发周期、提高了研发效率。然而近交系 ES 鼠的获得率却较低,这在一定程度上限制了它的应用。在体外培养和传代过程中,...
- 匡颖邓涛王龙孙瑞林徐国江王铸钢费俭
- 关键词：胚胎发育基因印迹
- 文献传递
- 基于Charm++运行时环境的异构计算应用容错研究被引量：3
- 2016年
- 容错问题是大规模并行程序长时间运行中不可回避的问题,超级计算机中异构计算部件的加入使得该问题更加复杂。考察由CPU和GPU组成的异构并行系统中应用程序的容错,利用Charm＋＋并行编程模型和CUDA的并行计算架构,对大规模计算宇宙学软件WIGEON进行重构。针对异构并行系统中存在的fail-stop硬件故障,设计并实现了内存检查点的应用容错机制。支持计算恢复后对产生变化的CPU/GPU资源配置进行自适应负载调整。通过在高性能计算机Mole8.5上的实验和分析,验证了异构容错方案的高效性和可行性,故障恢复时间仅需1-4 s。此外,使用分布式冗余数据改进了Charm＋＋现有内存检查点存储模式,对比原有Double-in-Memory机制,性能未受影响,且最多降低了50%的额外内存使用量。
- 孟晨曹宗雁王龙迟学斌
- 关键词：容错异构负载均衡
- 二维扩散方程的GPU加速被引量：4
- 2009年
- 近几年来,GPU因拥有比CPU更强大的浮点性能备受瞩目。NVIDIA推出的CUDA架构,使得GPU上的通用计算成为现实。本文将计算流体力学中Benchmark问题的二维扩散方程移植到GPU,并采用了全局存储和纹理存储两种方法。结果显示,当网格达到百万量级的时候,得到了34倍的加速。
- 董廷星王龙迟学斌
- 关键词：GPUCUDA二维扩散方程计算流体力学
- 空间天气磁流体模型的并行自适应无散计算
- 2009年
- 介绍如何在并行自适应工具包PARAMESH的基础上实现磁流体并行自适应计算,并在工具包的基础上实现了中心迎风差分的CT格式、相应的插值算法和误差控制等功能模块;特别是为了保持磁流体计算所要求的磁场散度为零的限制,实现了八波方法。最后给出的三个磁流体算例表明,其计算能自动地捕捉磁流体模型的奇性变化,并可保持散度为零。该工作将为国内基于磁流体的空间天气建模研究和应用打下良好的基础。
- 王龙张绍华呼延奇
- 关键词：自适应磁流体
- GPU异构平台上的第一性原理计算
- 平面波赝势密度泛函方法是材料科学计算中最常用的方法,但是其CPU代码计算时间长并且扩展性差,限制了其在超级计算机上的绝对速度。本文综述了使用图形处理器加速第一性原理计算软件的发展,讨论了VASP (VIENNA AB-I...
- 贾伟乐曹宗雁付继芸王龙
- 关键词：第一性原理计算GPU量子力学电子结构密度泛函理论
- 文献传递网络资源链接
- GPU集群下第一原理非局部映射势能计算
- 2013年
- 平面波赝势密度泛函(PWP-DFT)计算是材料计算中应用最广泛的方法,其中映射计算是PWP-DFT方法求解自洽迭代中重要的一部分。针对映射势能计算成为软件加速的瓶颈,提出了针对该部分的图形处理器(GPU)加速算法,其中考虑GPU的特点:1)使用了新的并行机制求解非局部映射势能;2)重新设计了数据分布结构;3)减少内存的使用;4)提出了一种解决算法中数据相关问题的方法。最终获得了18～57倍加速,使每步分子动力学模拟最终降为12 s。详细分析了该模块在GPU平台上的测试时间,同时对该算法在GPU集群上的计算瓶颈进行了讨论。
- 付继芸贾伟乐曹宗雁王龙叶煌迟学斌
- 关键词：第一性原理密度泛函理论GPU加速
- 超软赝势密度泛函分子动力学计算中的若干优化算法被引量：3
- 2015年
- 基于密度泛函理论的第一性原理计算是科学计算中重要的领域,被广泛用于材料计算和量子化学等研究。我们在PEtot软件的基础上研发了GPU加速软件PWMat,本文主要介绍:1)针对超软赝势密度泛函算法部分的GPU算法优化与实现,取得了2-3倍的加速;2)针对超软赝势密度泛函分子动力学计算部分的若干算法优化,包括原子受力求解算法的修正、电荷密度和波函数的插值算法的改进等。其中原子受力的收敛精度获得了1-2个数量级的提高,电荷密度的收敛精度获得了2-4个数量级的提高。
- 高岩涛贾伟乐王龙汪林望
- 关键词：密度泛函第一性原理GPU分子动力学
- Ultra-Mat:基于平面波的第一原理异构计算软件
- 2014年
- 基于平面波的第一原理计算方法是目前材料科学中最常用的方法,但传统的CPU并行计算遇到可扩展性瓶颈,无法改善其求解的绝对速度。系统地介绍了利用图形处理器(graphic processing unit,GPU)加速技术开发的大规模第一原理材料计算软件:Ultra-Mat。该软件对第一原理平面波算法进行了系统的算法设计和软件实现:(1)通过采用并行方案,实现了快速傅里叶变换(fast Fourier transform,FFT)的GPU局部操作;(2)设计了基于数据压缩的混合精度算法,显著减少了电子结构计算部分的MPI(message passing interface)通信;(3)完成了逾90%代码的GPU实现,目的是最大限度地减少中间流程,以避免CPU-GPU切换引发的数据传输,这是GPU应用中公认的性能瓶颈。测试结果显示Ultra-Mat具有很好的计算性能,对于512原子的GaAs系统,在电子结构计算部分,使用256 GPU卡相比4096 CPU核心有18倍的加速。
- 贾伟乐曹宗雁王龙迟学斌高卫国汪林望
- 深腾7000高效能计算机系统及关键技术
- 祝明发肖利民贺志强迟学斌朱鹏张健刘轶王龙史小冬李志杰阮利崔吉顺杨琪宋冬梅邱同亮
- 该成果属于计算机信息技术领域。面向国内对百万亿次级计算机的迫切需求，开展千核及以上规模应用，改变了中国高性能计算在百核级规模上徘徊的局面。主要取得以下成果：1．研制成功深腾7000百万亿次高性能计算机系统。该系统通用CP...
- 关键词：
- 关键词：计算机系统高性能计算机
