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李雪娟

作品数：10 被引量：47H指数：5
供职机构：陕西师范大学生命科学学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家杰出青年科学基金博士后科研启动基金更多>>
相关领域：生物学农业科学更多>>

合作作者

文献类型

  • 8篇期刊文章
  • 2篇学位论文

领域

  • 8篇生物学
  • 3篇农业科学

主题

  • 8篇基因
  • 7篇线粒体基因
  • 7篇线粒体基因组
  • 7篇基因组
  • 3篇系统发育
  • 3篇比较基因组
  • 2篇鸟类
  • 2篇系统发育研究
  • 2篇线粒体
  • 2篇基因组学
  • 2篇发育研究
  • 2篇高通量
  • 2篇高通量测序
  • 2篇比较基因组学
  • 2篇测序
  • 1篇稻蝗
  • 1篇雪鸡
  • 1篇亚麻
  • 1篇亚麻酸
  • 1篇引物

机构

  • 10篇陕西师范大学
  • 1篇中国科学院
  • 1篇陕西理工大学
  • 1篇第四军医大学...
  • 1篇太原动物园
  • 1篇陕西学前师范...

作者

  • 10篇李雪娟
  • 5篇黄原
  • 2篇任倩俐
  • 2篇林立亮
  • 1篇丁小丽
  • 1篇李霞
  • 1篇王俊红
  • 1篇邱忠营
  • 1篇汪晓阳
  • 1篇沙淼
  • 1篇杨婧
  • 1篇雷富民
  • 1篇刘菲
  • 1篇李琳

传媒

  • 3篇应用昆虫学报
  • 1篇生命科学
  • 1篇遗传
  • 1篇江西农业学报
  • 1篇现代生物医学...
  • 1篇基因组学与应...

年份

  • 1篇2023
  • 2篇2018
  • 1篇2015
  • 1篇2014
  • 3篇2013
  • 1篇2011
  • 1篇2007
共 10 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
线粒体基因组数据的分析方法和软件被引量：6
2013年
线粒体基因组的研究已经普及,其正确的拼接和注释是所有后续研究的基础。本文以Staden Package软件为主介绍了拼接和注释的线粒体基因组的方法,同时介绍了其他常用的拼接软件ContigExpress、DNAMAN、DNASTAR、BioEdit和Sequencher,以及利用不同软件(包括DOGMA、MOSAS、MITOS、GOBASE、OGRe、MitoZoa、tRNAscan-SE、ARWEN、BLAST和MiTFi等)对线粒体基因组中的蛋白质编码基因、rRNA、tRNA和A+T富集区进行注释的方法,最后介绍了利用MEGA5软件分析线粒体基因组的组成、Sequin软件提交序列和线粒体基因组数据绘图工具(CG view、MTviz和OGDRAW)。
李雪娟杨婧王俊红任倩俐李霞黄原
关键词：线粒体基因组注释
7种鸡形目鸟类线粒体基因组的比较及谱系基因组学研究
鸡形目是鸟类中一个重要类群,与人类生活关系密切。虽然已有很多学者采用不同类型数据对鸡形目的系统发育关系进行了研究,但是由于该类群部分分支经历了快速的适应辐射,鸡形目内部的系统发育关系仍存在争议。近年来,线粒体基因组序列被...
李雪娟
关键词：鸡形目线粒体基因组比较基因组学
直翅目昆虫线粒体基因组特征及系统发育研究被引量：9
2018年
目前GenBank数据库共收录167种直翅目昆虫全线粒体基因组序列,涉及蝗亚目9个总科22个科99个物种,螽亚目7个总科12个科68个物种。在此基础上,该文分析了直翅目昆虫线粒体基因组的基本特征,概述了线粒体全基因组在直翅目昆虫系统发育研究上的应用;同时基于线粒体全基因组序列重建了直翅目昆虫的系统发育关系。主要结果如下:(1)直翅目昆虫存在8种线粒体基因组排列类型,其中trnK-trnD重排现象仅发生在蝗总科中,trnN-trnS-trnE重排现象仅发生在蟋蟀总科中,trnM-trnI-(-trnQ)重排现象仅发生在拟叶蟲亚科中;(2)直翅目昆虫全线粒体基因组的碱基组成具有明显的AT偏向性;(3)不同的蛋白质编码基因在直翅目昆虫中的进化速率不同;(4)支持直翅目以及螽亚目和蝗亚目的单系性;(5)不支持沙螽总科单系性;(6)支持蝗亚目各总科阶元的单系性,且各总科间的系统发育关系为:(蚤蝼总科+(蚱总科+(?蜢总科+(蜢总科+(长角蝗总科+(牛蝗总科+叶翅蝗总科)+(锥头蝗总科+蝗总科))))))。
赵乐李雪娟黄原
关键词：直翅目线粒体基因组比较基因组进化
线粒体基因组测序策略和方法被引量：7
2013年
本文综述了线粒体基因组测序策略和方法,在传统测序方法中介绍了基于物理分离线粒体DNA的克隆文库测序方法和基于PCR扩增产物的直接测序方法,后者重点介绍了基于长PCR扩增产物的引物步移法和基于总DNA的引物步移法;应用新一代高通量测序方法有基于总DNA样品的方法,包括需要预扩增mtDNA的多物种平行高通量和无需预扩增mtDNA的高通量方法,基于总RNA样品的转录组测序方法等。在实际工作中,选择哪种方法取决于研究规模、样品大小和保存状态、经费情况等。总的来说,基于长PCR扩增产物的引物步移法尤其适合小规模昆虫线粒体基因组研究,而对于大规模线粒体基因组研究来说,NGS技术无疑是省时省力的最佳选择。
沙淼林立亮李雪娟黄原
关键词：线粒体基因组长PCR高通量测序
复合PCR扩增人mtDNA HVR方法的初探被引量：1
2013年
目的:建立一种高效的扩增线粒体DNA高可变区(mtDNA HVR)的方法。方法:本研究选取5例健康成人静脉血,用人血全基因组DNA试剂盒,提取全基因组DNA,设计引物,用复合PCR方式,对线粒体DNA中的高可变区进行扩增。复合扩增的方式为:用6对套叠引物分开进行两次独立的PCR,扩增mtDNA HVR。第一次扩增用3对引物,目标DNA片段基本涵盖整个线粒体DNA的高可变区,扩增后得到互不重叠的3个短片段,分别为113 bp,126 bp和131 bp。第二次复合扩增用其余的3对引物,目标片段基本重叠在第一次扩增所得的目标片段的区域内,扩增得到3个互不重叠的片段为124 bp,133 bp和93 bp。所有扩增产物经过纯化后测序。结果:复合PCR方式获得的mtDNA HVR基因序列完整,5个样本均出现特异性条带,电泳结果条带单一、清晰。结论:复合扩增PCR方法对mtDNA HVR区的扩增效率高,测序结果稳定,结合6对套叠引物,不但保证了序列的完整性,另外,两次独立的PCR也减少了PCR反应过程中错配的发生,此法也适用于保存时间较久的古代线粒体DNA短片段的研究。复合扩增PCR还展示出了潜在的高产量的特点,相对传统PCR显示了其更多的优势。
李琳邵金陵段小红李雪娟刘振霞
关键词：MTDNAMULTIPLEX-PCR
山鹧鸪属鸟类线粒体基因组的比较及系统发育研究被引量：13
2014年
海南山鹧鸪(Arborophila ardens)对生境选择比较严格,种群数量稀少,属于濒危物种。为进一步研究山鹧鸪属的进化和系统发育关系,文章利用Illumina Hiseq2000高通量测序技术获得了海南山鹧鸪线粒体全基因组序列,从比较基因组学角度分析了4种山鹧鸪鸟类的线粒体基因组特征,并探讨了山鹧鸪属鸟类的系统发育地位。研究结果表明:(1)海南山鹧鸪线粒体基因组长度为16 730 bp,编码13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因以及1个控制区;(2)山鹧鸪属物种受到了纯化选择的作用,且在进化过程中积累了更多的非同义替换;(3)山鹧鸪属位于雉科鸟类系统树的基部位置,其中白眉山鹧鸪与红喉山鹧鸪互为姐妹群,海南山鹧鸪位于山鹧鸪属的基部位置,与其他3种山鹧鸪鸟类的亲缘关系较远。
李雪娟黄原雷富民
关键词：海南山鹧鸪线粒体基因组比较基因组学系统发育
高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡全线粒体基因组序列的测定和系统发生分析
雉科作为鸡形目最大的科具有重要的经济和理论研究价值。随分子生物学技术和理论的应用,雉科各类群的系统发生研究有了长足进展,同时对一些传统分类观点提出了新的挑战。现生雉科鸟类经历了一次快速辐射进化事件,这造成了系统树重建工作...
李雪娟
关键词：藏雪鸡藏马鸡线粒体基因组
文献传递
短星翅蝗转录组分析和免疫相关通路及基因的鉴定
2023年
【目的】短星翅蝗Calliptamus abbreviatus隶属于直翅目、星翅蝗亚科,是草原及半农牧区的主要害虫之一,其相关分子生物学信息研究相对较少。本研究拟测序短星翅蝗的转录组数据,基于组装和注释结果,鉴定并挖掘该类群与免疫相关的信号通路和基因。【方法】本研究采用Illumina高通量测序平台,对短星翅蝗雌雄成虫个体进行了转录组测序,对测序数据进行组装和注释等生物信息学分析,并鉴定与免疫相关的通路及基因。【结果】短星翅蝗转录组数据总计获得36804个unigenes,对unigenes进行Nr、Nt、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro七大功能数据库注释,最终21137个unigenes被成功注释。在Toll通路、IMD通路和JAK-STAT信号通路中共鉴定了160个与天然免疫相关的unigenes;在MAPK、TLR等与免疫相关的通路中鉴定出166个unigenes,在解毒代谢相关的通路中鉴定出457个unigenes。短星翅蝗的雌雄分组中(C_abbreviatus_M VS C_abbreviatus_F),总计获得8125个差异表达基因,其中6326个为上调表达基因,而1799个为下调表达基因。差异表达基因KEGG注释中,有22个unigenes注释到JAK-STAT信号通路上,6个unigenes注释到MAPK通路中。另外,还检测到6227个SSR。【结论】本研究获得了短星翅蝗转录组数据,并对其与免疫相关的通路及基因进行了鉴定分析,为该类群基因功能注释、免疫基因筛选及分子标记开发等研究提供了分子基础。
李雪娟任倩俐袁浩张克瑶林立亮
关键词：转录组高通量测序
无齿稻蝗和黄翅踵蝗线粒体基因组与系统发育分析被引量：3
2018年
为了研究无齿稻蝗和黄翅踵蝗在蝗总科的系统发育地位,本研究采用基于长PCR的二次PCR方法对这两种蝗虫的线粒体基因组进行了测定和系统发育分析。结构显示：无齿稻蝗和黄翅踵蝗线粒体基因组全长分别是15 447 bp和15 598 bp,均含有典型的37个基因以及一个控制区,基因排序和数量与其他已知近缘昆虫相同;线粒体基因组A＋T含量分别是75.4%、75.4%。两种蝗虫的蛋白质编码基因中均是除了COX1的起始密码子是ACC,其他都是典型的起始密码子ATN;所有蛋白质编码基因的终止密码子都是典型的TAA或TAG;两种蝗虫t RNA基因中,21个能形成三叶草结构,只有trn^（SAGN）缺少DHU臂;黄翅踵蝗控制区的N链出现一个tRNA-like的结构。由两个外群和24个蝗总科物种构建的系统树结果显示无齿稻蝗与小稻蝗为姐妹群,黄翅踵蝗与飞蝗属和车蝗属与小车蝗属组成的分支为姐妹群。
常会会杨丽平刘菲汪晓阳汪晓阳邱忠营李雪娟
关键词：线粒体基因组系统发育
党参蜂花粉脂肪酸的GC-MS分析被引量：11
2007年
以石油醚为溶剂,提取党参蜂花粉粗脂肪,甲酯化处理后,用气相色谱-质谱联用技术进行分离鉴定,共鉴定出8种脂肪酸,占总含量的76.78%。其中饱和脂肪酸相对含量为23.66%,不饱和脂肪酸相对含量为67.83%,其中亚麻酸相对含量最高,为57.16%。
丁小丽李雪娟
关键词：脂肪酸亚麻酸气相色谱-质谱
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