徐静静
- 作品数：9 被引量：48H指数：5
- 供职机构：中国农业科学院作物科学研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划“十一五”国家科技支撑计划公益性行业(农业)科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 大豆疫霉基因组SSR标记开发被引量：8
- 2009年
- 【目的】开发大豆疫霉基因组SSR标记,为从分子水平深入研究大豆疫霉及其近缘种提供一种理想的分子标记。【方法】用FPCR软件从大豆疫霉全基因组序列中查询SSRs,选择合适的SSR序列用Primer5.0软件设计引物。【结果】从发现的1234个含有2～4个碱基重复单元的完全SSRs中选出260段设计引物,经10个大豆疫霉分离物基因组DNA检测,有213对(81.9%)扩增出SSR特征条带,其中114(53.5%)对引物扩增出多态性。通用性检测表明,14.6%～28.6%引物分别在选择的8个疫霉种中有效扩增。基于10个SSR标记数据进行聚类分析,结果表明表明这些标记可以完全区分大豆疫霉及其它疫霉。【结论】大豆疫霉基因组SSR标记具有高多态性,是大豆疫霉遗传变异、遗传多样性、及遗传图谱构建等研究理想工具。部分大豆疫霉基因组SSR标记在其近缘种中具有通用性,可以用于疫霉菌的系统进化、鉴定、区分及开发近源种的SSR标记。特别开发的SSR标记,在大豆疫霉基因组中具有准确的位置,将极大地方便大豆疫霉菌功能基因的定位和克隆,以及进行疫霉菌的比较基因组的研究。
- 徐静静王晓鸣段灿星武小菲朱振东
- 关键词：大豆疫霉全基因组序列SSR标记
- 基于细胞色素氧化酶基因和激发素基因的大豆疫霉菌特异性PCR引物被引量：1
- 2008年
- 引起大豆疫霉根腐病的大豆疫霉菌(Phytophthora sojae)是危害大豆的破坏性病原菌之一,也是我国重要的检疫性植物病原菌。简单、快速、准确的鉴定和检测技术是阻止大豆疫霉菌传入和病害早期诊断的有效工具。本研究从大豆疫霉菌细胞色素氧化酶基因Ⅱ(coxⅡ)序列和两个激发素(elicitin)家族基因EST序列中开发了3对大豆疫霉菌特异引物:Cox3-F/Cox3-R、PSEL1-F/PSEL1-R和PSEL2-F/PSEL2-R。这3对引物在大豆疫霉菌中分别扩增出450、289bp和370bp的特异性片段,其检测大豆疫霉菌基因组DNA的灵敏度分别为20、2pg/μL和2pg/μL。3对引物能够有效检测大豆疫霉菌侵染的大豆病株,可以用于病害诊断和鉴别。
- 徐静静王晓鸣武小菲朱振东
- 关键词：大豆疫霉菌特异引物病害诊断
- 植物病原菌SSR标记开发与利用被引量：17
- 2008年
- SSR标记具有共显性、高多态性、位点专化性、稳定性好、操作技术简单等特点,是十分理想的分子标记。随着一些简单、经济和高效的SSR分离技术的发展,SSR标记已逐渐在植物病原菌中被开发和利用。本文综述了植物病原菌中SSR标记的主要开发策略及其应用进展。
- 徐静静蔺宇朱振东
- 关键词：植物病原菌SSR标记
- 用SSR标记和巢式PCR快速检测大豆疫霉菌被引量：7
- 2009年
- 【目的】建立快速、准确的大豆疫霉菌检测和病害早期诊断分子技术。【方法】基于大豆疫霉菌SSR标记Psc239设计两对引物Psc239EF/Psc239ER和Psc239F/Psc239R,建立特异性检测大豆疫霉菌的巢式PCR方法。【结果】用36个大豆疫霉菌分离物和25个其他卵菌和真菌分离物基因组DNA评价引物及巢式PCR的专化性,引物对Psc239EF/Psc239ER、Psc239F/Psc239R和巢式PCR反应只在大豆疫霉菌中分别扩增出519、242和242bp的特异片段,在其它卵菌和病原真菌中不扩增片段;用两对引物进行常规PCR扩增,检测大豆疫霉菌DNA的灵敏度均为50pg·μl-1,而巢式PCR的灵敏度为50fg·μl-1;巢式PCR检测土壤中卵孢子的灵敏度为每克土壤0.4个卵孢子;巢式PCR能够特异地从大豆病株和土壤中检测到大豆疫霉菌。【结论】基于SSR标记建立的巢式PCR方法能够用于大豆疫霉菌的快速检测和病害诊断。
- 徐静静蔺宇董立明王晓鸣武小菲朱振东
- 关键词：大豆疫霉菌SSR标记分子检测巢式PCR
- 新疆大豆疫霉的来源分析被引量：2
- 2009年
- 应用SSR标记对新疆地区大豆疫霉菌(Phytophthora sojaeKaufmann&Gerdemann)的遗传多样性和与美国、黑龙江、福建等3个不同地理来源大豆疫霉菌的遗传关系进行研究。结果表明,新疆地区大豆疫霉菌遗传多样性相对较低,遗传背景单一,推断为外来生物。与大豆疫霉菌美国分离物和福建分离物相比,新疆分离物与黑龙江分离物的遗传关系最近,表明新疆大豆疫霉菌可能从黑龙江传入。
- 徐静静董立明王晓鸣武小菲朱振东
- 关键词：大豆疫霉菌SSR标记
- 适用于大豆疫霉菌遗传分析的新EST-SSR标记被引量：12
- 2008年
- 【目的】开发大豆疫霉菌SSR标记,为深入了解大豆疫霉菌遗传变异提供理想分析工具。【方法】用SSRIT软件对28197条大豆疫霉菌EST进行SSR搜索,选择含有SSR的合适EST设计、合成引物和PCR扩增。【结果】发现1454条EST含有SSR,其中3个碱基重复基元类型最多,有855个,占鉴定总数的54.3%。设计合成140对引物,用10个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR检测,有111对引物(79.3%)扩增出SSR特征条带。通用性检测表明有33对引物在检测的1个或多个其它疫霉菌或腐霉菌中产生扩增产物。【结论】大豆疫霉菌EST含有丰富的SSR位点,本研究从EST中开发了111个新大豆疫霉菌SSR标记,可有效地用于大豆疫霉菌及其相关种的遗传变异研究。
- 蔺宇徐静静王晓鸣武小菲李彦舫朱振东
- 关键词：大豆疫霉菌SSR标记
- 大豆疫霉多态性SSR标记开发及遗传多样性分析被引量：6
- 2009年
- 用FastPCR软件在大豆疫霉全基因组中搜索到1 234个含2～4个重复基元精确SSRs。选择260个SSRs设计引物,经对大豆疫霉5个分离物的基因组DNA检测,有212对(81.5%)有效扩增出SSR特征条带,112对(52.8%)扩增多态性。用18对多态性SSR引物分析了来自美国、中国黑龙江省和福建省大豆疫霉分离物的遗传多样性,在73个分离物中共扩增出112个等位变异,变异范围为4～9,平均为6.22个,表明选择的引物对具有高的多态性。在3个大豆疫霉群体中,黑龙江省和福建省分离物的遗传距离最近,美国和福建省分离物的遗传距离最远。UPGMA聚类将73个分离物划分为6组,其中8个美国分离物(72.73%)和53个中国分离物(85.48%)被聚类在一起,表明大豆疫霉中国分离物与美国分离物可能具有共同的祖先,中国分离物可能为外来种。
- 徐静静王晓鸣武小菲朱振东
- 关键词：大豆疫霉基因组SSR标记
- 大豆疫霉分子检测及SSR标记的开发
- 大豆疫霉引起的大豆疫霉根腐病是大豆上的重要病害,每年在大豆主产国造成严重的经济损失,该菌也是我国重要的进境检疫有害生物之一。因此,研究大豆疫霉的快速、准确鉴定技术以及开发有效的分子标记系统用于种群变异和进化分析等研究具有...
- 徐静静
- 关键词：大豆疫霉分子检测SSR标记遗传多样性分析
- 文献传递
- 基于半巢式PCR扩增的大豆疫霉菌分子检测方法
- ＜正＞由大豆疫霉菌Phytophthora sojae引起的疫霉根腐病是大豆最重要的病害,目前已广泛分布于世界各主要大豆产生区,每年造成经济损失达数十亿美元。1989年大豆疫霉菌首次在我国东北大豆产区被发现,之后在黑龙江...
- 徐静静王晓鸣武小菲朱振东
- 关键词：大豆疫霉菌分子检测
- 文献传递
