刘岳
- 作品数：14 被引量：10H指数：2
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- α/β、α全和全β蛋白中的Cation-π相互作用
- 乔辉李晓琴徐海松刘岳
- 关键词：蛋白质结构
- α/β、全α和全β蛋白中的Cation-π相互作用
- ＜正＞蛋白质的三维结构是由各种弱的相互作用所维持的。氢键、盐桥以及疏水效应在蛋白质折叠和结构的稳定性当中都起重要作用[1]。在组成蛋白质的氨基酸当中,带正电荷
- 乔辉李晓琴徐海松刘岳
- 关键词：蛋白质结构
- 文献传递
- Protein fold recognition Using Hidden Markov Model
- The determination of protein structure by its amino acid sequence is one of the core issues in biology.With th...
- 李晓琴任文科刘岳闫金丽
- 文献传递
- 利用隐马尔科夫模型识别蛋白质折叠类型
- 李晓琴仁文科刘岳闫金利
- 70种蛋白质折叠类型的单模型识别
- 2009年
- 蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是生命科学研究中的核心问题之一,被称为第二遗传密码。随着生物大分子数据库中蛋白质序列数目的增多,发展有效的方法。
- 李晓琴刘岳仁文科乔辉
- 关键词：蛋白质结构HMM
- 70种蛋白质折叠类型的单模型识别
- ＜正＞蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是生命科学研究中的核心问题之一,被称为第二遗传密码。随着生物大分子数据库中蛋白质序列数目的增多,发展有效的方法,从
- 李晓琴刘岳仁文科乔辉
- 关键词：蛋白质结构HMM模型
- 文献传递
- 70种蛋白质折叠类型的单模型识别
- 李晓琴刘岳仁文科乔辉
- 关键词：蛋白质结构HMM模型
- 蛋白质折叠类型的分类建模与识别被引量：8
- 2009年
- 蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是当今生命科学研究中的核心问题之一.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,折叠识别是蛋白质序列-结构研究的重要内容.我们以占Astral 1.65序列数据库中α,β和α/β三类蛋白质总量41.8%的36个无法独立建模的折叠类型为研究对象,选取其中序列一致性小于25%的样本作为训练集,以均方根偏差(RMSD)为指标分别进行系统聚类,生成若干折叠子类,并对各子类建立基于多结构比对算法(MUSTANG)结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM).将Astral 1.65中序列一致性小于95%的9505个样本作为检验集,36个折叠类型的平均识别敏感性为90%,特异性为99%,马修斯相关系数(MCC)为0.95.结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,基于RMSD的系统分类建模均可实现较高准确率的识别,为蛋白质折叠识别拓展了新的方法和思路,为进一步研究奠定了基础.
- 刘岳李晓琴徐海松乔辉
- 关键词：系统聚类隐马尔科夫模型
- 蛋白质折叠类型分类方法及分类数据库
- 李晓琴仁文科刘岳徐海松
- 双绕蛋白质的分类与识别被引量：1
- 2010年
- 蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容。双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型。选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM)。将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876。结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别。
- 刘岳徐海松乔辉李晓琴
- 关键词：RMSD系统聚类隐马尔科夫模型
