陈廷贵
- 作品数：1 被引量：2H指数：1
- 供职机构：中国医学科学院放射医学研究所更多>>
- 发文基金：北京市科委基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测被引量：2
- 2003年
- 通过对有关SARS CoV文献的调研 ,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗 ,对SARS CoV(BJ0 1)重新进行了基因预测和功能推测。比较 12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣 ,选用Heuristicmodels、GeneIdentification、ZCURVECoV和ORFFINDER 4种较好的方法来预测基因 ,然后运用AT Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则 ,同时搜索转录调控序列 ,以提高基因预测的准确性。共预测出 34个ORF ,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的 13个 ,得到 2 1个大于 5 0个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质 ,运用ProtParam分析它们的物理化学特征 ,用SignalP分析蛋白是否有信号肽 ,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列 ,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体 ,以提高基因功能推测的可靠性。根据 4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别 ,将 2 1个可能的新基因按出现可能性分为 4类。同时对结果进行了讨论。
- 陈廷贵吴松锋万平杜春娟荔建琦李栋魏广智李滨王中胜薛晓芳朱云平贺福初
- 关键词：基因预测基因功能
