徐凌洋
- 作品数：69 被引量：111H指数：6
- 供职机构：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家肉牛牦牛产业技术体系项目中国农业科学院北京畜牧兽医研究所基本科研业务费更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 肉用西门塔尔牛6号染色体上与脾脏重相关的SNP位点及应用
- 本发明提供了肉用西门塔尔牛6号染色体上与脾脏重相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38852378个核苷酸位点，该位点的碱基是G或A。本发明通过优选该SNP的优势等...
- 刘影朱波李俊雅徐玲庄站伟徐凌洋张路培高会江高雪陈燕蔡文涛
- 文献传递
- 一种新型睾丸围测量工具
- 一种新型睾丸围测量工具，包括一个圆柱形的测量腔，所述测量腔的上端开口，上端开口处设有一圈保护套，所述测量腔的上端开口处向内设有多个弹性片，所述弹性片一端与测量腔内壁连接并与测量腔的内壁具有一定的角度，弹性片的另一端连接一...
- 高雪陈燕张路培高会江徐凌洋李俊雅
- 文献传递
- 西门塔尔牛、和牛与荷斯坦牛杂种优势预测及实际杂交效果分析被引量：1
- 2022年
- 旨在利用覆盖全基因组和性状的特异性SNPs标记预测和牛、西门塔尔牛与荷斯坦牛杂种优势,为牛杂种优势利用和选种选配提供参考依据。本研究分别利用牛Illumina Bovine HD 770K和GGP Bovine 100K芯片对464头和牛、1222头西门塔尔牛和43头荷斯坦牛3个亲本群体进行基因型分型,并通过牛QTLs数据库筛选与目的性状对应的QTLs,对比牛参考基因组映射得到与初生重、周岁重、胴体重性状相关的特异性SNPs;然后构建覆盖全基因组和性状特异性SNPs两种标记状态同源矩阵,通过计算杂交组合亲本间的遗传距离来预测品种间杂种优势,并利用配合力分析验证较优组合的实际杂交效果。结果表明,基于全基因组和性状特异性SNPs计算的各杂交组合遗传距离差异不显著。在全基因组水平上,西门塔尔牛♂×荷斯坦牛♀(S×H)与和牛♂×荷斯坦牛♀(W×H)亲本间杂交组合遗传距离分别为0.3461和0.3389;在初生重、周岁重和胴体重性状上,S×H亲本间遗传距离分别为0.3431、0.3487和0.3367,而W×H遗传距离分别为0.3376、0.3407和0.3292;两种SNPs标记计算的遗传距离均为S×H较大,W×H次之。因此,在初生重、周岁重、胴体重性状上,S×H为较优杂交组合。通过分析德系西门塔尔牛♂×荷斯坦牛♀实际杂交群体的配合力,发现10个父系在初生重性状上一般配合力和特殊配合力均为正效应,最高效应值分别达到3.7609和8.9312。西门塔尔牛与荷斯坦牛杂交可在初生重、周岁重和胴体重获得较高的杂种优势。
- 范婷婷王文翔马毅赵国耀徐凌洋陈燕张路培高会江李俊雅高雪
- 关键词：和牛荷斯坦牛杂种优势预测杂交效果
- 一种精细定位性状关联基因组纯合片段的评估方法
- 本发明涉及一种精细定位性状关联基因组纯合片段的评估方法。目的在于利用ROH片段的富集比例，构建协变量进行基于线性模型的GWAS分析，其次，利用ROH单个位点纯合状态，构建协变量，进行单位点关联分析，从而，利用二步法精细准...
- 徐凌洋赵国耀朱波高会江张路培李俊雅
- 一种华西牛全基因组选择育种芯片及其应用
- 本发明提供了一种华西牛全基因组选择育种芯片及其应用，涉及分子育种技术领域。本发明提供了一种用于华西牛全基因组分型的分子标记组合，基因分型对象涉及112177个SNP和3个Indel位点，共包括七类探针。本发明利用上述分子...
- 李俊雅陈燕高翰葛菲高会江高雪张路培徐凌洋朱波王泽昭
- 基于转录组分析挖掘平凉红牛背最长肌肉质性状候选基因
- 2023年
- 旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因,以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛,测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量,分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组,每组3个重复。通过主成分分析和比较转录组分析筛选具有显著因子载荷基因(significant factor loading genes,SFLGs)和差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并进行富集分析。利用所有样本的转录组数据和表型数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选与表型相关的目标基因模块(r>0.35且P<0.05)与Hub基因(hub genes,HGs)。针对蛋白质、脂肪和水分含量3个性状分别鉴定到91、81和80个SFLGs(第一主成分PC1和第二主成分PC2)和18、85和338个DEGs,其中PC1和PC2共有的SFLGs分别有8、4和3个,具有显著因子载荷的DEGs分别有1、3和2个,富集分析结果与相应的表型相关。通过WGCNA分别筛选出2个目标基因模块及10、14和26个HGs,均鉴定到MYADML 2和ZBTB 14等关键候选基因,其可能在影响三者比例方面发挥重要作用。本研究通过鉴定影响3种常规营养成分含量的候选基因,挖掘到与肉质性状相关的关键基因。研究结果将为平凉红牛的育种工作提供理论基础,同时也为其他肉牛的品质育种提供参考。
- 王文翔杜丽丽胡俊伟张琰翔马铭昊段蕊钱聪王欣玥李三禄张长庆张路培高雪高雪徐凌洋李俊雅
- 关键词：平凉红牛背最长肌营养成分含量转录组
- 西门塔尔牛与我国地方黄牛的杂种优势预测分析被引量：5
- 2021年
- 旨在利用覆盖全基因组和与性状相关的SNPs标记分析西门塔尔牛和地方黄牛两个亲本群体的遗传结构,通过亲本种群之间的遗传距离预测不同杂交组合在生长、胴体和肉质性状上的杂种优势。本研究选择来自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的1222头西门塔尔牛和8个地方黄牛品种190头共组成8个杂交组合,对亲本群体进行遗传结构分析。利用牛770K SNP芯片对两个亲本群体进行基因型分型,通过牛QTL数据库筛选与目的性状对应的QTLs,对全基因组SNP位点进行映射分析得到与性状相关的SNP标记。利用两种SNP标记构建状态同源矩阵,计算各杂交组合亲本间的遗传距离。结果,所有亲本群体聚成3类,西门塔尔牛聚成一类,北方黄牛(蒙古牛、西藏牛和柴达木牛)聚成一类,南方黄牛(昭通牛、平武牛、南丹牛、文山牛和凉山牛)聚成一类。西门塔尔牛与北方黄牛在PCA图上的距离较近,说明两者之间亲缘关系相对较近,遗传背景差异较小。在各性状中,遗传距离最大的亲本组合都是西门塔尔牛与南丹牛杂交组合。除了大理石花纹评分性状是西门塔尔牛与昭通牛之间的遗传距离最小,其余性状遗传距离最小的亲本组合都是西门塔尔牛与平武牛杂交组合。据此推测,各性状杂种优势较优的可能组合是西门塔尔牛与南丹牛杂交组合。
- 范婷婷陈燕张路培徐凌洋高会江李俊雅高雪
- 关键词：地方黄牛SNP标记杂种优势
- 一种固定性能强的牛体保定装置
- 本实用新型公开了一种牛体保定装置，包括底座，底座顶部的两侧均固定连接有立柱，立柱的顶端固定连接有顶板，顶板底部的一侧固定连接有电动伸缩杆，电动伸缩杆的底端固定连接有颈部固定装置，两个立柱中间的中部固定连接有固定板，固定板...
- 高会江张路培李俊雅高雪陈燕徐凌洋
- 文献传递
- 一种肉牛脂肪酸组分候选标记多组学筛选方法及其应用
- 本发明提供了一种肉牛脂肪酸组分候选标记多组学筛选方法及其应用，涉及肉牛育种技术领域。本发明提供了一种肉牛脂肪酸组分候选标记多组学筛选方法，基于转录组，表观组等多组学数据对鉴定到的遗传标记或者候选基因进行功能上的进一步解析...
- 徐凌洋张天留王添祯高会江李俊雅
- 牛亚科物种TRs分布特点及着丝粒区卫星DNA进化研究
- 2021年
- 旨在研究牛亚科物种间串联重复序列(tandem repeats sequence,TRs)的分布特点及着丝粒区卫星DNA的进化关系。本研究基于普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛、独龙牛6个牛亚科物种的基因组序列,研究了不同物种间TRs的组成、分布及结构特点,并分析了6个牛亚科物种染色体着丝粒区卫星DNA的进化关系。结果表明:1)TRs在牛亚科物种中平均占比为2.03%,平均长度54.93 Mb,其中普通牛的占比最高3.42%(93.00 Mb),瘤牛最低1.42%(37.88 Mb)。2)微卫星DNA在3类TRs中位点数最多,为483405,占TRs总位点数85.64%,高于小卫星DNA(43026,7.62%)和卫星DNA(38180,6.75%)。3)通过对微卫星DNA丰度和平均长度分析发现,二碱基微卫星DNA在牛亚科物种中丰度最高,为70.93 loci/Mb,且以AC拷贝类别为主。4)通过构建着丝粒区1.715和1.723卫星DNA的系统发育树发现,1.715卫星DNA普遍存在于牛亚科物种的基因组中,而1.723卫星DNA在牦牛中不存在,两类卫星DNA在不同物种间或不同染色体上存在不同程度分化,具有较明显的种间特异性。TRs在牛亚科6个物种中平均占比为2.03%,微卫星DNA为TRs主要序列,且二碱基微卫星丰度最高,并以AC拷贝类别为主;1.715卫星DNA普遍存在于6个牛亚科物种的基因组中,但在物种间或染色体间存在不同程度分化。本研究结果为牛亚科物种间TRs分布特征及进化关系研究提供了重要理论依据。
- 张瑞马钧陈燕张天留范婷婷朱波张路培徐凌洋高会江李俊雅高雪
- 关键词：牛亚科串联重复序列卫星DNA进化
