于辉
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：北华大学化学与生物学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- 分子动力学模拟研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白与配体作用的影响被引量：1
- 2014年
- 为了研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白(ABP)与配体结合能力的影响,对ABP、ABP结合树胶醛糖复合物及ABP结合半乳糖复合物以及它们各自的突变体分别进行60 ns的分子动力学模拟.模拟结果表明,108号残基突变前后,电子等排体的两个氨基酸残基,使蛋白与配体间的范德华相互作用发生明显变化,同时导致蛋白的内部运动也发生变化,进而影响蛋白与配体的相互作用.进一步分析表明,突变前后的蛋白构象变化都趋向于两个结构域张开,而与配体的结合可减缓张开程度.
- 冯献礼李卓赵熹于辉刘慧玲黄旭日
- 关键词：分子动力学
- 多尺度分子模拟研究来自于无类囊体蓝藻的五聚体门控离子通道门控机理
- 2011年
- 五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族,在生理学过程中起到重要作用.我们以来自无类囊体蓝藻(Gloebacter violaceus:GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray结构为模型,进行总共1.05μs的粗粒化分子模拟,并结合原子级分子模拟方法,观察到其离子通道的闭合和相应的四级结构扭转.我们发现其位于跨膜区组成通道的M2螺旋通过倾斜-旋转(指向通道中心)的协调运动来完成通道闭合.进一步分析并结合前人的实验结果,我们提出了该离子通道门控过程的可能的"连锁反应"机理:由单独亚基的M2螺旋前部构象变化引发,使该亚基发生整体的构象变化,并且将这种变化传递到了邻近的亚基,进而带动整个通道的构象变化,最终完成通道的闭合.
- 于辉李卓赵熹黄旭日
- 关键词：门控粗粒化
- 用隐函数方法处理不断引发、链增长自由基聚合反应
- 1994年
- 利用图形分析方法给出了不断引发、链增长自由基聚合反应的分子量分布函数，结合反应转化率曲线，利用隐函数方法和数学随机模拟法，得到了分子量分布曲线，利用计算结果讨论了不同终止形式及反应速率对聚合物分子量分布的影响，考虑反应体系的扩散控制，给出了苯乙烯本体聚合的分子量分布，得到与实验事实相一致的结论．
- 黄金满杨梅林沈家骢马驷良于辉
- 关键词：隐函数
- 分子动力学模拟极端嗜热核糖结合蛋白的热力学稳定性被引量：1
- 2012年
- 采用分子动力学模拟方法研究极端嗜热性核糖结合蛋白(tteRBP)的嗜热机理.在常温(300 K)和最佳活性温度(375 K)时,分别对tteRBP分子进行动力学模拟,结果表明,整体分子均保持结构稳定,但分子内部的协调运动不同.在375 K时蛋白整体柔性显著提高,使分子能够局部调整构象以适应极端高温.蛋白结构变化的分析也确认了高温时构象局部微调对蛋白极端高温稳定性的关键作用.
- 冯献礼赵熹于辉王乙博孙铁东黄旭日
- 关键词：RIBOSEBINDING
